1960年5月參加革命工作，1956年6月加入中國共產(chǎn)黨。1960年5月至1981年5月在北京大學數(shù)力系工作，歷任辦公室主任、副系主任、黨總支副書記。1981年6月至1986年5月歷任北大附中黨總支書記兼副校長、北大二附中校長，1986年5月任北京大學人事處處長，1992年7月兼任校長助理，1994年8月增選為北京大學黨委常委，1994年9月任北京大學總務長，1995年7月任北京大學副校長，2002年4月退休。曾任海淀區(qū)第八、九、十、十一屆人大代表。1987年當選為北京市黨代表會議代表。

馬樹孚工作期間多次獲得北京大學優(yōu)秀共產(chǎn)黨員稱號，1986年北京市教委表彰為優(yōu)秀共產(chǎn)黨員，1995年8月榮獲“全國優(yōu)秀教育工作者”稱號并授予獎章，1997年7月獲得北京市教育工會“職工之友”稱號。