1960年5月參加革命工作，1956年6月加入中國(guó)共產(chǎn)黨。1960年5月至1981年5月在北京大學(xué)數(shù)力系工作，歷任辦公室主任、副系主任、黨總支副書(shū)記。1981年6月至1986年5月歷任北大附中黨總支書(shū)記兼副校長(zhǎng)、北大二附中校長(zhǎng)，1986年5月任北京大學(xué)人事處處長(zhǎng)，1992年7月兼任校長(zhǎng)助理，1994年8月增選為北京大學(xué)黨委常委，1994年9月任北京大學(xué)總務(wù)長(zhǎng)，1995年7月任北京大學(xué)副校長(zhǎng)，2002年4月退休。曾任海淀區(qū)第八、九、十、十一屆人大代表。1987年當(dāng)選為北京市黨代表會(huì)議代表。

馬樹(shù)孚工作期間多次獲得北京大學(xué)優(yōu)秀共產(chǎn)黨員稱(chēng)號(hào)，1986年北京市教委表彰為優(yōu)秀共產(chǎn)黨員，1995年8月榮獲“全國(guó)優(yōu)秀教育工作者”稱(chēng)號(hào)并授予獎(jiǎng)?wù)拢?997年7月獲得北京市教育工會(huì)“職工之友”稱(chēng)號(hào)。