萬歷己酉科舉人。以才優(yōu)授山東濟(jì)東學(xué)教諭，改任湖廣棗陽縣學(xué)教諭，轉(zhuǎn)北京國子監(jiān)學(xué)政，升戶部主事，晉戶部郎中。后出任云南大理知府。不久，升云南瀾滄道，轉(zhuǎn)洱海道。擢升云南按察使，署左布政（因官員出缺以他官暫理其事，稱為“署”）。崇禎末年致仕歸家。洪啟胤長期在云南少數(shù)民族地區(qū)任官，在加強(qiáng)地方財(cái)政管理，減輕百姓負(fù)擔(dān)，加強(qiáng)邊防建設(shè)，促進(jìn)云南邊陲社會安定等有顯著政績，多次受皇帝誥封。崇禎初年的一次加封誥文稱，啟胤任云南按察使期間，加強(qiáng)邊防則“設(shè)兵戢盜，峻堞睿濠”。管理錢糧則“剔肩勞怨”“志若冰霜”。他的夫人尤氏“隨官耐冷歷五載不異”，“退舍而勵素絲（紡絲）竟陰”。足見為官清廉。他還“思汰冗清”，裁減官員，減輕百姓負(fù)擔(dān)。誥封啟胤為“通奉大夫”（從二品），尤氏賜“恭人”。清朝定鼎以后，順治丁亥年（1647），貝勒王抵泉州，慕其才“召治兩廣軍門事務(wù)”，啟胤二次婉謝。貝勒王乃推薦啟胤子洪承撰授予潮洲通判（后因除霸害有功升韶慶道）。洪啟胤出仕前曾在家設(shè)館教書。書館靠近一條水溝，故俗稱水溝館，是明代英都有名鄉(xiāng)學(xué)。他慧眼識英才，免費(fèi)收家貧綴學(xué)的洪承疇為徒，承疇在啟胤的悉心教導(dǎo)下，學(xué)業(yè)進(jìn)步很快。他有一篇作文，表現(xiàn)了治國平天下的抱負(fù)，啟胤閱完，欣喜地寫下批語：“家駒千里，國石萬鈞”。

后來，洪承疇果然成為緯武經(jīng)文的開清重臣。民四版《南安縣志》有傳。