逾年改工部虞衡司主事。歷遷都水司主事、營(yíng)繕?biāo)締T外郎、郎中，嘉慶九年(1804)順天鄉(xiāng)試同考官。授江南道、云南道、河南道監(jiān)察御史，出任九省軍門(mén)總糟郎堂等職。奉命巡查京城，抽查通州運(yùn)京漕米。擢云南道掌印監(jiān)察御史，轉(zhuǎn)河南道。屢上章疏，以能言聞名。

牟昌�？贾斜攀亢蛉睍r(shí)，照常參加田間勞動(dòng)，沒(méi)有一點(diǎn)進(jìn)士味。一日京城下來(lái)圣旨宣召，他正在田間干活，接了圣旨之后，還把家中沒(méi)干完的農(nóng)活繼續(xù)干完才準(zhǔn)備赴任。在離家赴任的那天早晨，他把牲口欄和豬圈收恰了一遍，看看水缸中沒(méi)有水了又挑了兩把水，才對(duì)家中人說(shuō)道:"就干到這里吧，以后再也不做這些事了。"

牟昌裕做官后，開(kāi)始當(dāng)翰林，后來(lái)出任監(jiān)察御史，一直為官清廉，家中沒(méi)有修察院府。這時(shí)，棲霞知縣徐秉謙為了討好牟昌裕，便撥出一筆公款，要在北宮村為牟昌裕家修建一處察院府。牟昌裕知道后，專(zhuān)程回鄉(xiāng)阻止，知縣徐秉謙不但無(wú)功，還險(xiǎn)遭彈勃。

嘉慶初年，牟昌裕山監(jiān)察御史出任糟運(yùn)總督，朝廷為了保持糟運(yùn)的順利，讓牟昌裕文官掛武職，以掌管供京郡生存的全部酒運(yùn)(由南方通過(guò)大運(yùn)河常年往北京運(yùn)糧)。牟昌裕上任后，通過(guò)嚴(yán)厲整訪，制定出新的章法，使過(guò)去搗鬼貪污的官吏再也不敢搗鬼了。嘉慶九年，歲次甲子暮春，牟昌裕趁回京向朝廷復(fù)命之際，游玩了白去觀--安葬棲霞名十丘處機(jī)的著名道觀。當(dāng)他看到丘處機(jī)的畫(huà)像時(shí)，隨之命道長(zhǎng) 取來(lái)文房四寶，為丘處機(jī)畫(huà)像題了詩(shī)，云:

丘處機(jī)畫(huà)像贊日:

飄然瓊佩與霞踞，我見(jiàn)先生以況如。

此日胸襟真灑落，昔年鳳格沖太虛。

生成天漢排金馬，消盡英聲打木魚(yú)。

莫道吾鄉(xiāng)靈杰少，此才不肯讀儒書(shū)。

歲次甲子暮春

九省軍門(mén)總潛鄙堂

棲霞縣牟昌裕敬書(shū)

劉大觀《玉磬山房詩(shī)集》卷三《留都集》《贈(zèng)牟松巖》詩(shī)云：“戰(zhàn)勝紛華者，隨時(shí)得所安。性如松樹(shù)古，家比布衣寒。瘦馬宮門(mén)立，殘書(shū)雪夜看。期君于捷徑，定識(shí)此生難�！薄队耥嗌椒吭�(shī)集》卷六《鹺城集》《贈(zèng)牟松巖》詩(shī)云：“清平門(mén)下士，凜凜抱初心。至死操難變，因勞病乃深。殘書(shū)還夙契，孤子泣愁霖。滯我虞都水，凄涼讀訃音�！�