生于貧寒之家，幼年隨父務農(nóng)。1921年投身河工，先后充當汛兵、工班班長、汛目，后升任北六分段第三防守汛汛長。1937年年5月，黃河由花園口改道入淮，山東河務機構(gòu)撤銷，他回家務農(nóng)。1947年春，黃河復歸故道，河工百廢待興，于祚棠加入人民治黃隊伍。在利津修防段(初稱治河辦事處)先后任工程股股員、副股長、工程隊隊長等職。1950年8月加入中國共產(chǎn)黨。在黨的培育下，于祚棠滿懷熱忱，勤奮工作，為人民治黃事業(yè)做出了卓越貢獻。

1949年秋汛中，王莊堤段險情嚴重，急需石料拋護，但全段卻只存300立方石料，杯水車薪，無濟于事。于祚棠憑多年治黃經(jīng)驗，斷然以萬余條麻袋裝入紅泥3400余立方拋至河中，代替石料護根，保證了埽壩的安全。墾利一號壩、左家莊兩地搶險員工如法仿效，相繼化險為夷。]947—1949年，于祚棠在治黃斗爭中，多次扭轉(zhuǎn)險局，保障黃河安全。三年內(nèi)榮立一等功3次、特等功1次。

1950年，蘇北潮河決口屢塞不成，應華東水利部的邀請，于祚棠率領(lǐng)工程隊赴工。他根據(jù)當?shù)亍坝湍唷焙拥椎奶攸c，改以秸料進占，迅速合龍成功。1951年春堵復王莊凌汛決口，他不顧寒水刺骨，帶領(lǐng)工人下水打樁編柳，緩溜落淤。1955年五莊堵口興工，他率領(lǐng)工人、民工苦練操作技術(shù)，在風雪中晝夜施工，兩眼熬得紅腫，仍不肯休息，直堅持到合龍。多次受到省地黃河部門表彰和嘉獎。

于祚棠憑多年經(jīng)驗，在治黃工作中注意對河勢工情進行調(diào)查研究，堅持防患于未然的治河思想，對河道治理和修防提出了許多合理建議和主張，使國家和人民避免了許多損失。

于祚棠在治黃戰(zhàn)線上享有盛名，曾榮獲全國勞動模范及山東省勞模、黃委會勞模等稱號。1950年9月被選為全河代表，赴京出席全國第一屆工農(nóng)兵勞模大會。1954年起，又連續(xù)當選為山東省第一、二、三屆人大代表和利津縣各界人民代表會議代表及人民代表大會代表。

1956年，上級批準他退休養(yǎng)老，還鄉(xiāng)后仍關(guān)心治黃工作，遇有大的險工，仍盡心竭力，出謀獻策，不避勞瘁。1980年6月14日病逝，終年82歲。