巴縣人，幼家貧，擬從父業(yè)鬻紙而隱啜泣。母蔡氏憐之，令就學(xué)。

同治十二年（1873）中舉，出張之洞門(mén)下。以考選二等，任達(dá)縣訓(xùn)導(dǎo)。光緒十四年（1888），張之洞總督兩廣，召清蔭為書(shū)局纂校。二十七年（1901），選山東濟(jì)寧州判。逾年，為山東大學(xué)堂監(jiān)督，議敘同知。

宣統(tǒng)元年（1909）調(diào)補(bǔ)學(xué)部實(shí)業(yè)司主事，任政法學(xué)堂庶務(wù)長(zhǎng)。擢員外郎，晉郎中。三年（1911），革命軍興，棄官歸鄉(xiāng)。數(shù)月以疾卒于家，年六十二歲。

生性勤敏，能吃苦耐勞。嘗偕其友華陽(yáng)喬樹(shù)楠辦東川義賑，以轉(zhuǎn)運(yùn)屬樹(shù)楠。自任散給，烈暑小舟奔走于頑石危浪之中，活人無(wú)數(shù)。共事者或持酒食慰勞，清蔭曰：“此豈吾輩甘旨時(shí)耶！”在學(xué)堂，未明即起而漏盡乃休，雖筐篋瑣細(xì)必親躬。著有《爾雅略例》、《讀段注說(shuō)文記》、《巴渝方言證》、《說(shuō)文禮經(jīng)互證表》、《禮制匯表》、《諸經(jīng)摘要》、《宋元諸儒粹語(yǔ)》。詩(shī)文雜著刊行于世者名《四本堂集》�！栋涂h志》有傳。