人物簡歷
1991年本科畢業(yè)于湖南醫(yī)科大學(xué)(現(xiàn)中南大學(xué)湘雅醫(yī)學(xué)院)臨床醫(yī)療系六年制全英文授課英語醫(yī)學(xué)班。直升該校研究生院，1994年獲醫(yī)學(xué)碩士學(xué)位。2000年獲中南大學(xué)醫(yī)學(xué)博士學(xué)位。2000-2005年為美國范德堡大學(xué)（Vanderbilt University）博士后。2005年8月回國就職于上海生物信息技術(shù)研究中心，創(chuàng)建應(yīng)用醫(yī)學(xué)課題組。有六年制醫(yī)學(xué)本科的完整臨床醫(yī)學(xué)教學(xué)和實(shí)習(xí)訓(xùn)練，研究方向經(jīng)歷了由腫瘤免疫學(xué)、腫瘤分子機(jī)理實(shí)驗(yàn)研究到腫瘤生物信息學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)生物信息學(xué)的逐步延伸和拓展，融合了醫(yī)學(xué)、實(shí)驗(yàn)?zāi)[瘤學(xué)和生物信息學(xué)的交叉背景。
研究方向
腫瘤生物信息學(xué)：包括腫瘤基因組測(cè)序分析；腫瘤相關(guān)分子標(biāo)記物的篩選；腫瘤病因、亞類、療效、預(yù)后等分類預(yù)測(cè)；腫瘤調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究等。
蛋白質(zhì)組學(xué)生物信息學(xué): 包括蛋白質(zhì)翻譯后修飾的功能研究；蛋白質(zhì)功能注釋及信號(hào)傳遞網(wǎng)絡(luò)分析；蛋白質(zhì)基因組學(xué)等。
目前工作方向包括多組學(xué)數(shù)據(jù)分析及整合、腫瘤免疫治療、臨床預(yù)后預(yù)警建模及人工智能輔助決策系統(tǒng)研究。同時(shí)致力于精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)生物信息平臺(tái)研發(fā)、以及生物信息學(xué)人才培養(yǎng)。
學(xué)術(shù)成就
曾獲湖南省科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)，湖南省醫(yī)藥衛(wèi)生科學(xué)技術(shù)進(jìn)步一等獎(jiǎng)，美國癌癥協(xié)會(huì)（AACR）年會(huì)年輕學(xué)者獎(jiǎng)。帶領(lǐng)課題組承擔(dān)了十多項(xiàng)國家和地方科研項(xiàng)目，包括科技部973，863，傳染病重大專項(xiàng)，國家自然科學(xué)基金等，帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)開發(fā)了十余項(xiàng)生物信息學(xué)軟件。截至2020年8月國內(nèi)外已發(fā)表學(xué)術(shù)論文超過140篇，其中國際雜志SCI論文的總影響因子約500分，引用次數(shù)超過4200次。2006年上海市浦江人才。曾獲上海市自然科學(xué)一等獎(jiǎng)，湖南省科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)等。上海領(lǐng)軍人才，上海市先進(jìn)工作者。
代表性軟件工具
dbPepNeo: 腫瘤新抗原肽數(shù)據(jù)庫
Ineo-Epp：腫瘤新抗原免疫原性預(yù)測(cè)
ProGeo-Neo：蛋白質(zhì)基因組學(xué)流程預(yù)測(cè)腫瘤新抗原
OmicsBean-Cancer：腫瘤多組學(xué)數(shù)據(jù)分析及制圖
dbPHCC：肝癌預(yù)后分子及預(yù)后建模
ShanghaiScore：多中心肝癌術(shù)后病人預(yù)測(cè)及輔助治療建議
dbDEPC3.0：腫瘤差異表達(dá)蛋白質(zhì)分子標(biāo)記物
SysPTM2.0：全翻譯后修飾數(shù)據(jù)庫
PhoSigNet：人磷酸化介導(dǎo)的信號(hào)通路網(wǎng)絡(luò)
PhoPepMass：質(zhì)量比對(duì)磷酸化肽段鑒定庫
SyStemCell：干細(xì)胞分子標(biāo)記物數(shù)據(jù)庫
