民國元年（1912年）十月督辦隴秦豫海鐵路事宜，任隴海鐵路局局長，兼任國內(nèi)公債局董事，漕運(yùn)局總辦。由于他當(dāng)時在金融界頗負(fù)聲望。

一九一五年公舉他任交通銀行董事長。

一九一六年八月兼管同成鐵路事宜，執(zhí)行督辦職權(quán)，被策令為上大夫，加少卿銜。

一九一七年公舉為中國銀行董事，又創(chuàng)辦北京新亨銀行和上海永亨銀行。

一九一八年創(chuàng)辦了北京中央醫(yī)院（一說由伍連德于1918年建成北京中央醫(yī)院，現(xiàn)北京大學(xué)人民醫(yī)院，并出任第一任院長，但不久即受到排擠，施肇基的胞弟施肇曾擔(dān)任了院長）。

一九一九年一月全國商會公舉為國際稅法平等會赴歐總代表。一九二二年，上海佛教凈業(yè)社成立，被推為董事長。其后復(fù)于凈業(yè)社香光堂側(cè)捐資建造智照堂一座，作為靜修之所。一九二三年，在印光法師勸導(dǎo)下，發(fā)心修建杭州梵天寺，一九二五年起，當(dāng)選為上海世界佛教居士林林長，介紹趙樸初到佛教協(xié)會。翌年，與王一亭、關(guān)絅之、黃涵之等發(fā)起成立上海佛教維持會，維護(hù)佛教。一九三四年，復(fù)與葉恭綽、王一亭、關(guān)絅之，黃涵之等聯(lián)合發(fā)起成立中國動物保護(hù)會，宣傳保護(hù)動物。此外還獨(dú)立捐資刻印儒教十三經(jīng)，發(fā)揚(yáng)中國傳統(tǒng)文化。設(shè)立施氏義莊，以瞻家族。

兼辦京鐵路工程

一八九八年回國后，任湖北漢陽鐵廠提調(diào)，兼辦京漢鐵路工程；一九〇一年，勸辦順直善后賑捐出力，補(bǔ)以道員用；一九〇六年，又因在秦晉、山東勸辦賑災(zāi)出力，以道員仍留江西補(bǔ)用外，并加二品頂戴；是年五月調(diào)任滬寧鐵路總辦，兼任招商輪船總局董事，復(fù)經(jīng)蘇、浙兩省公舉，任滬杭甬鐵路總辦，兼任滬寧鐵路議員；一九一一年，調(diào)任京漢鐵路南段會辦。

創(chuàng)辦江豐農(nóng)工銀行

一九一九年在故鄉(xiāng)震澤鎮(zhèn)創(chuàng)辦江豐農(nóng)工銀行，注冊資本國幣二十萬元，本人入股十萬元，蘇州費(fèi)仲琛入股五萬元，其余五萬元由蘇州的龐衡裳、震澤的倪次阮、侄兒施和伯入股，肇曾任董事長。當(dāng)時用資金扶持了家鄉(xiāng)蠶絲業(yè)的發(fā)展。 肇曾又在較長時間內(nèi)從事外交職業(yè)。一九二○年至一九二二年任駐澳大利亞領(lǐng)事；一九二三年任駐印度尼西亞巴東領(lǐng)事；一九三二年任駐倫敦領(lǐng)事；一九三三年任駐新加坡領(lǐng)事；后又任駐吉隆坡領(lǐng)事；澳大利亞惠靈頓領(lǐng)事，兼任駐葡屬帝汶島領(lǐng)事，直至一九三六年結(jié)束海外領(lǐng)事生活。

創(chuàng)辦《無錫國學(xué)專修館》

一九二一年在無錫學(xué)宮舊址，與陸勤之等捐款創(chuàng)辦了《無錫國學(xué)專修館》，聘請前南洋大學(xué)（上海交通大學(xué)前身）校長唐文治任館長，是一所繼承中國文化，保持國粹的高等學(xué)府，分文學(xué)、史學(xué)、哲學(xué)三個�？啤Ｏ群笃刚埩酥�名的學(xué)者任教，如：陳石道、金松苓、錢基博、周予同、呂思逸、郭紹虞、周谷成等，并請國學(xué)大師章太炎等來校講學(xué)。該校治學(xué)態(tài)度認(rèn)真嚴(yán)肅，博采眾長，反對人云亦云，提倡勇于探索的創(chuàng)新精神。因此培養(yǎng)的人才輩出。該校還兼刊刻十三經(jīng)讀本，采輯近代諸家注釋，并將唐館長平生著述附諸其后，保持國粹。該校圖書館收藏圖書十余萬卷，其中多元明精本，很有歷史價值。抗日戰(zhàn)爭中被搶劫一空，殊深惋惜！一九三一年國際聯(lián)合會教育科派唐克爾·培根來中國考察該校后，贊佩不止。一九四九年后，經(jīng)院系調(diào)整，該校改為：中國文學(xué)院，后并入蘇南文教學(xué)院。

一九二二年，為增強(qiáng)故鄉(xiāng)震澤至浙江南潯間運(yùn)河的水上運(yùn)輸，他與南潯富紳龐萊臣君合資，各捐一萬元，沿運(yùn)河邊筑成一條纖道。又于一九二三年與從兄子英及龐萊臣君“捐資重建潯震石塘十二里，接筑平望、梅堰塘工，倡捐巨金，首尾五載工竣，水漱不淫，桑土以安�！�

創(chuàng)辦震澤鎮(zhèn)初級中學(xué)

一九二三年為資助創(chuàng)辦震澤鎮(zhèn)初級中學(xué)，他與胞弟肇基捐資二萬銀洋，施肇曾任董事長，施肇基任名譽(yù)董事長。抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)后，震中被迫關(guān)閉，肇曾又于一九三八年在上海出資購買“覺園”創(chuàng)辦育英中學(xué)和附屬育英小學(xué)，并吸收震中大部分失業(yè)教職員工。此外，他還捐資為圣約翰大學(xué)建造禮堂。

創(chuàng)辦上海閘北水電廠股份有限公司

一九二四年，創(chuàng)辦了上海閘北水電廠股份有限公司，任董事長，還任久安實(shí)業(yè)股份有限公司董事。一九二六年又在故鄉(xiāng)創(chuàng)辦了震豐繅絲廠。同時任上海光華大學(xué)校董。一位長者還記憶猶新地稱贊他：“凡鄉(xiāng)里興辦教育事業(yè)、社會公益等善舉，無不樂助”。

由于他的業(yè)績，一九一三年獲二等嘉禾勛章；一九一六年獲二等文虎勛章；一九一八年獲二等寶光嘉禾勛章；一九一九年獲一等大綬嘉禾勛章。

在他大半個世紀(jì)生涯中，從事勸募賑災(zāi)、鐵路交通、創(chuàng)辦金融、興辦教育、維護(hù)佛教和外交等事業(yè)中，無不留下他的光輝足跡。他已載入出版的：《中國近代名人錄》及《民國人物大辭典》中。

施肇曾在上�！坝X園”住宅渡過晚年，于一九四五年十月二十四日病故，終年八十一歲。骨灰安葬在上海萬國公墓內(nèi)。