武昌首義后，同盟會高要支部加快了策劃駐肇清軍的反正步伐。

高要同盟會負責人陳子忠以其老戰(zhàn)友姚雨平指派同盟會會員、虎門講武堂時的同學曽傳范到肇慶做清軍的策反工作。曽傳范在同盟會高要支部的領(lǐng)導下，利用其與駐肇清軍巡防營統(tǒng)領(lǐng)（相當于團長）隆世儲的同鄉(xiāng)關(guān)系開展策反工作。曾對其分析形勢，曉以大義，策動其駐肇3個營反正。經(jīng)多次奔走游說，隆終于答應相機起事。

同盟會高要支部得知高要人譚潤黎與駐新興巡防營管帶（相當于營長）李耀漢有師生之誼，故又通過譚潤黎策動其學生李耀漢反正。譚曉以大義，李終被說服。又兼武昌首義成功，李的意志更堅，而且表示負責聯(lián)絡(luò)隆世儲一致行動。

農(nóng)歷辛亥年九月十九日（公元1911年11月9日）隆世儲率駐肇慶府3個營，李耀漢率駐新興巡防營1個營，共4個營，還有革命黨人組織發(fā)動的民軍顏啟漢3個營、熊長卿2個營和孔祥輝的二三百人共同在肇慶舉事，宣布獨立，脫離清廷，歸附民國。清廣肇羅道王良弼遁逃，知府賴清鞬、知縣吳鴻飛被民軍捉捕。

11月中旬，隆世儲設(shè)肇羅軍政分府于原肇慶府署，接管行使肇慶府的軍政職權(quán)，結(jié)束了清朝在肇慶的封建統(tǒng)治。

清軍在肇慶反正后，12月8日，隆世儲率部分官兵參加廣東的早期北伐，由周之貞接管肇羅軍政分府職權(quán)，李耀漢接管所遺營勇，并經(jīng)廣東水陸軍務督辦朱執(zhí)信批準，李耀漢將所部擴充為巡防營標統(tǒng)（即團），李華秋、邱可榮、翟汪、蕭士計分任各營管帶（即營長）。

1912年3月，陳炯明設(shè)廣東總經(jīng)略處，同時，肇羅軍政分府改稱肇羅經(jīng)略處，周之貞仍任肇羅經(jīng)略。并沿用前清做法，將部隊編為鎮(zhèn)統(tǒng)（相當于師），協(xié)統(tǒng)（相當于旅）、標統(tǒng)（相當于團）三級建制編定軍隊，并將肇慶巡防營改為“肇軍”。肇軍分為三標：李耀漢為第一標統(tǒng)，駐防高要、德慶、四會、新興一帶；賀蘊珊（前清三羅巡防營管帶）為第二標統(tǒng)，駐防羅定、東安（即云浮縣）、西寧（即郁南縣）一帶；趙定國（前清督標右營參將）為第三標統(tǒng)，駐防陽春、陽江、恩平、開平、臺山一帶，肇軍正式成立。

周之貞以民軍督辦名義遣散顏啟漢、熊長卿、孔祥輝等民軍。

袁世凱篡奪大總統(tǒng)職位后，廢除孫中山時期的《中華民國臨時約法》。1913年5月1日，廣東都督胡漢民通電反袁，被袁免職，由陳炯明繼任。孫中山策動廣東都督陳炯明獨立反袁，袁則任命廣西龍濟光為廣東宣撫使。德慶縣知事羅邁同李耀漢反對廣東獨立，大開方便之門，助龍從水路經(jīng)肇慶入粵，并將陳炯明封鎖封川江口之江防炮艦奪獲，泊于該地的安南、瑞和等艦也同時倒戈擁袁。

羅因助龍入粵有功，受已入廣州就任廣東宣撫使的龍濟光重用，接管周之貞擢升為肇羅綏靖處督辦（其時，經(jīng)略處改稱綏靖處）。

羅邁將肇軍擴充成5個團15個營，翟汪、李華秋分任統(tǒng)領(lǐng)（團長），三羅賀蘊珊辭職，陳均義繼之，兩陽（陽江、陽春）趙定國辭職，古日光代之。各轄3個營。

李耀漢升任肇軍總司令，彭華絢為參謀長。李耀漢公開打出“肇軍”旗號，修筑炮臺，加固肇慶城墻，疏浚城壕，加強肇慶防衛(wèi)，并不斷拓展地盆，師至順德、香山（今中山）一帶。肇軍活躍在廣東歷史舞臺。

1916年5月，在廣東先后成立了兩廣都司令部、軍務院，將討袁軍隊整編，肇軍被編為第四軍，總司令李耀漢，參謀長彭華絢，第三旅旅長李華秋，第一團團長溫其鍇。第二團團長邱可榮，第四旅旅長翟汪，第三團團長古日光，第四團團長陳均義，炮兵團團長黎章鴻。

1916年10月，李耀漢又被任命為廣東省長兼廣東督軍，他乘機擴充軍隊，把肇軍發(fā)展成10個團。并抓住時機，著力加強部隊建設(shè)，提高肇軍素質(zhì)，在肇慶創(chuàng)辦了肇軍講武堂，舊址在西校場（今市第五中學與衛(wèi)生學校一帶），訓練下級軍官。學員約四、五百人，分學員班和軍士班，并分成四個學員隊。學制半年�！爸v武堂為肇軍培養(yǎng)了大批軍事干部和骨干，肇軍的戰(zhàn)斗力得以很大提高�！贝四苏剀姷娜�盛時期。

肇軍在1919年的粵桂戰(zhàn)爭中被桂軍沈鴻英部和林虎部所敗而一蹶不振。率肇軍東山再起的是陳銘樞。1920年9月，陳銘樞乘桂軍在西江的防務空虛，率駐陽江的原肇軍的4個營在李耀漢的策動下，興兵重打“肇軍”旗號，配合孫中山指揮的粵軍，攻克肇慶，將桂系逐出廣東，趕回廣西。陳銘樞被任命為粵軍第1軍第1師第4團團長，戴戟為中校團副，第1營營長陳濟棠，第2營營長李時欽，不久由謬培堃新成立的一個營編入第3營。連長也有蔡廷鍇、黃質(zhì)勝、香翰屏、范德星、黃質(zhì)文、李佛成、李林、張君嵩、李桂高、沈超如等一批擁孫派軍人，并在肇慶組織粵軍俱樂部，取名“廣東軍警同袍社”。

是年底，陳銘樞任西江善后處處長（是時，陳炯明在廣東創(chuàng)設(shè)10個善后處），原肇軍統(tǒng)領(lǐng)陳銘樞成了肇慶民眾的父母官。這樣，東山再起的肇軍成為粵軍（后來編成國民革命軍第4軍）第1師的重要組成部分。第1師后來相繼在師長梁鴻楷、鄧鏗、李濟深的悉心整訓，成為頗具戰(zhàn)斗力的擁孫派的中堅力量。在駐肇的第1師中，還有郭學云、戴戟、繆培堃、陳式恒、李振球、李潔之等一批擁孫派將領(lǐng)，第1師成為粵軍中的一支勁旅。國民政府將所部改稱國民革命軍時，原粵軍第1師改編成國民革命軍第4軍，軍長李濟深。第4軍在北伐戰(zhàn)爭中成為“鐵軍”而彪炳青史。而肇軍出身的高級將領(lǐng)北伐名將陳銘樞、抗日名將蔡廷鍇、被譽為“南天王”的陳濟棠更是顯赫一時。