彼時(shí)風(fēng)雨飄搖中的大明王朝已是內(nèi)外交困，千瘡百孔。崇禎十七年（1644）三月二十日，李自成率軍攻入北京，崇禎自盡殉國(guó)。消息傳至天津，時(shí)任天津巡撫馮元飏“陳師鞠旅，以圖戰(zhàn)守，其副使原毓宗降，奪公之兵”（黃宗羲《馮元飏神道碑銘》）。彭孫貽《平寇志》記載備詳：“毓宗誘防海兵劫餉……倡紳士立黃旗，上書u2018天祐民順u2019，小民各書u2018民順u2019二字于戶。（總兵）曹友義率牙兵五百斬關(guān)出，毓宗率兵遮之，友義單騎走。毓宗逼元飏迎賊，不應(yīng)。總兵婁光先、副將金斌、指揮楊維翰皆從毓宗納款�！笨梢娫�毓宗實(shí)是天津守軍降闖的發(fā)起人和組織者。

關(guān)于原毓宗降闖的原因，有兩種說法。一說原毓宗早為李自成策反。計(jì)六奇《明季北略》云：“津道原毓宗，秦之蒲人，赴官時(shí)遇賊，賊禮之厚，留母為質(zhì)，因縱之，許內(nèi)應(yīng)�！惫试�毓宗在天津“張皇賊勢(shì)相離間”，公開倡降，使得軍心渙散，“兵以無餉故，為原毓宗誘去”，而馮元飏“集將士誓師，無一至者”。另一說見于《國(guó)榷》、《平寇志》，稱李自成攻下北京后，“厚遇其母，招毓宗，毓宗馳使入都納款”。兩說的共同點(diǎn)都是由于其母雷氏，也就是這半截誥命的封贈(zèng)對(duì)象之一，被李自成扣作人質(zhì)，原毓宗為全孝而不得不降。

四月底，清軍在吳三桂引領(lǐng)下入關(guān)，李自成曾派人準(zhǔn)備進(jìn)踞天津，此時(shí)原毓宗又動(dòng)搖起來，未開門接納。清軍進(jìn)駐天津后，多爾袞令“天津等處流寓及在籍各官，著吏部詳查履歷，確核才品，其堪用者，作速催來，即與起用”。原毓宗卻似乎消失了，直至順治三年（1646）他才被清廷授職，任正五品的山西按察使司僉事井陘道，較他原來在明朝的官職低了整整一級(jí)，可見其最初并不為清廷看重。順治七年至十年任從四品常鎮(zhèn)兵備道，之后原毓宗官運(yùn)亨通，逐步進(jìn)入中樞，歷任正四品順天府丞、正三品宗人府丞、正二品兵部右侍郎、左侍郎。順治十五年（1658）五月，“兵部左侍郎原毓宗奏請(qǐng)給假遷葬，允之。”自此原毓宗在家鄉(xiāng)蒲城終老，康熙二年（1663）猶撰《東岳廟創(chuàng)建閻羅·碑記》，卒年不詳。