明朝建國后，北方的蒙古族，依然威脅明朝的安全。明朝在中國東北部建立建州衛(wèi)，到了明朝后期，建州衛(wèi)都御史努爾哈赤統(tǒng)一了分散的女真族，一方面與明修好，一方面整治圖強。明朝萬歷四十四年（1616），在今遼寧建國，名后金。后金強盛嚴重威脅明朝安全。天啟四年（1624），努爾哈赤在遼西發(fā)動進攻，明軍大敗。

嘉靖后期，義烏兵打敗倭寇之后，義烏青年人產(chǎn)生尚武精神，傅啟耀也受影響，從小練習武藝。天啟年間，朝廷在關外軍事失利后，下令在國內(nèi)招募武將，傅啟耀應征召到北京，被朝廷破格錄用。

遼東是明朝九邊之一，是負山阻海的京師屏障，地位十分重要。萬歷年間，明朝在遼東設有總兵、參將、守備等武官率重兵把守建州衛(wèi)等地遏制異族內(nèi)犯。萬歷三十六年（1608），朝廷任命熊廷弼為遼東巡撫御史。熊廷弼到任后實地察看地理形勢，認定建州女真“所志在我土地”，提出鞏固遼東邊防，加強對努爾哈赤的防御。朝廷為此任命傅啟耀為山海守備。

天啟二年（1622）正月，努爾哈赤調(diào)動5萬人馬，分三路南犯。由于巡撫王化貞麻痹輕敵，不聽熊廷弼指揮，以致全線潰敗，兩人退入關內(nèi)，因此都問成死罪。傅啟耀調(diào)防天津鎮(zhèn)海，任援鮮指揮使。雖然倭寇的侵襲朝鮮已在明軍的援助下徹底打敗，但建州后金強大起來以后也經(jīng)常侵擾朝鮮。朝鮮是明朝的保護國，明朝對它有保護的責任。傅啟耀擔任援鮮都司為援助朝鮮作準備。

英勇善戰(zhàn)的義烏將領，總是奉命去對付最艱難的局面。不久，傅啟耀被任命為游擊將軍，隨從主帥，遠征廣東。

崇禎十六年（1643），朝廷命傅啟耀到江西，鎮(zhèn)守虔州和吉州，因功升副將。

崇禎十七年（1644），李自成進軍北京，崇禎帝煤山自縊，明朝滅亡。李自成為拒守清軍，進攻山海關。吳三桂開關迎清軍，清軍進入北京，建立清朝。明朝南京官員擁立亡命江淮的福王朱由崧為帝，改元弘光，組建抗清軍隊，傅啟耀奉調(diào)守京口。京口在今江蘇鎮(zhèn)江東部，是長江下游的軍事重鎮(zhèn)，是通向北方的門戶。傅啟耀被任命為都督同知。弘光元年（1645）四月，清軍大舉南遷，五月占領南京，朱由崧逃竄。

傅啟耀乘船沿長江溯流西進，到了今安徽繁昌縣西部的長江重要港口獲港鎮(zhèn)，將“楚師”打敗后南下。清順治二年（1645）閏六月，原安南伯鄭芝龍等迎唐王朱聿健在福州稱帝。傅啟耀帶了全家老小遷到福建。清軍南下直趨福州，朱聿健出奔。傅啟耀全家老小被清軍殺害，時為清順治三年（1646）。

乾隆四十一年（1776），傅啟耀受朝廷賜謚“烈愍”，入祀縣忠義祠。