1668年，雨森芳洲出生于 近江國 伊香郡雨森村（今 滋賀縣長浜市高月町雨森）的一個家庭里，父親是一名町醫(yī)者。12歲左右前往 京都學習 醫(yī)學。18歲時投奔 江戶 木下順庵門下，學習 朱子學。同為木下門人的 新井白石、 室鳩巢、祇園南海皆稱贊其才能。當時對馬藩正在尋找對朝鮮中繼貿(mào)易管理財政的優(yōu)秀人才，因此在 1689年， 木下順庵推薦雨森芳洲擔任對馬藩的仕官。 1692年，雨森前往對馬藩赴任。在此期間，雨森芳洲在 長崎學會了 漢語。

1698年，雨森芳洲被任命為朝鮮方佐役（朝鮮擔當部補佐役） ，于 1702年渡海到達 釜山。 1703年至 1705年期間滯留 釜山的 倭館，學習了 朝鮮語。在此期間，雨森協(xié)助 朝鮮方面編纂 日本語辭典《倭語類解》，同時自己編著了 朝鮮語入門書《交鄰須知》。而這本《交鄰須知》在后來的 明治時期曾經(jīng)被 日本政府定為 朝鮮語學習書籍，廣為使用。

1711年，雨森隨 朝鮮通信使趙泰億赴 江戶，慶祝 德川家宣就任 幕府將軍。 1719年，又隨 朝鮮通信使洪致中到 江戶，慶賀 德川吉宗就任將軍。在同行的 朝鮮人申維翰所著的《海游錄》里，可以知道雨森芳洲在使團中扮演著相當重要的角色。

1720年，雨森隨 日本使團赴 釜山，慶賀 朝鮮景宗的即位。然而，由于對對馬藩從 朝鮮秘密輸入 人參的政策不滿的緣故，雨森芳洲辭去了朝鮮方佐役的官職，并將家督之位讓給了兒子顯之允。 1727年，雨森在對馬藩開設 朝鮮語學校，專注于著書和教授 儒學。

1729年，雨森曾作為 江戶幕府的特使前往 釜山 倭館。 1734年，擔任對馬藩主宗方熙的 側(cè)用人，著有藩政管理相關書籍《治要管見》和對 朝鮮外交心得的《交鄰提醒》。 1755年，在對馬嚴原日吉的別邸中逝世，享年88歲。 謚號 一得齋芳洲清府君，葬于日吉的長壽院。其子顯之允死后，葬于芳洲墓之側(cè)。