清光緒二十二年（1896 年）生于一小商之家。自幼勤奮好讀，于上海南洋中學畢業(yè)后，因成績優(yōu)異，于民國12 年（1923年）被選送日本公費留學，攻讀于東京帝國大學農(nóng)機系。在校期間，以現(xiàn)代科學分析方法，對中國皮蛋進行研究，有《皮蛋之研究》、《落葵之研究》等論文。民國14 年東京大地震中，衣服、書籍、器具全部被毀，并被日本青年打傷，一度回鄉(xiāng)休養(yǎng)，曾于縣城城隍廟向群眾講析地震情況，宣傳科譜知識。

民國15 年，王兆澄畢業(yè)于東京帝國大學，回國后于民國22 年至民國25 年在中央大學任教授。民國29 年至民國32 年在復旦大學任教，民國34年至37年在浙江大學任教。此外，還曾任教于南通學院、湖南大學、四川大學等高校。曾協(xié)助上海民族資本家吳蘊初興辦味精廠，為揚州某藥店配制“消治龍”藥膏，經(jīng)上海某制藥廠生產(chǎn)銷售。又運用生物化學知識在湖北棗陽縣鹿頭鎮(zhèn)公社實用農(nóng)校培植過果木。在上海研制數(shù)種維生素，還曾運用化學方法制作調味醬油�？箲�(zhàn)期間，曾資助過抗日團體，并曾在湖南桃源縣為抗日軍隊研制壓縮餅干。

民國37年8 月，王兆澄受國立師范學院代院長謝扶雅之聘，由浙江大學轉國立師范學院（時設于湖南衡山之麓的南岳鎮(zhèn)）任博物系主任、教授。當時，國民黨統(tǒng)治已搖搖欲墜，國立師范學院的青年學生在中國共產(chǎn)黨地下組織的領導下，組織各種進步學社，開展革命活動。民國38 年5 月，國民政府眼見湖南解放在即，企圖將國立師范學院遷至廣州，中共黨組織領導學生開展了“反遷院”斗爭，原任院長被嚇跑。由于地下黨的支持和進步師生的擁戴，王兆澄被推為代理院長。為了進一步開展護校、護產(chǎn)斗爭，中共地下黨組織師生群眾成立了應變委員會，王兆澄被推為主任。應變委員會始終在黨組織的掌握之下，其主要部門的負責均為共產(chǎn)黨員。

民國38 年8 月，長沙和平解放，國民政府為了強迫國立師范學院南遷，斷絕該院經(jīng)費，強行疏散學生。黨組織通過應變委員會召開全院師生員工大會，派學生代表數(shù)十人赴衡陽向民國省政府及中央銀行請愿，據(jù)理力爭，要求撥款維持師生員工的生活。湖南省政府托辭應由國師負責人及財會人員出面方可撥給經(jīng)費。王兆澄毅然率領該院出納組主任張震中、會計估理員周凱等4 人赴衡陽領取經(jīng)費1．3 萬元（銀元）。此時，國民黨白崇禧軍隊潰退衡岳一帶，兵荒馬亂。王兆澄為保證運款安全，同意張震中通過在衡陽國民黨空軍的熟人，請其運輸兵團派車運款，并于啟程之前設晚宴招待運款官兵。8 月10日，王兆澄等運款回南岳，行至九澗橋附近，埋伏此地的一群持槍匪徒突然竄出，強令停車，將王兆澄等5 人趕下汽車，綁縛于樹，車上銀元被悉數(shù)擄去，然后將王兆澄等5 人全部槍殺。匪徒持槍欲射時，王兆澄大呼：“我是院長，要殺殺我，不要殺別人！”匪徒離去時，會計周凱尚未氣絕，臨終對趕來現(xiàn)場的國師同事說：“兇手就是在衡陽國軍中的熟人”�？梢娺@是國民黨軍隊針對國師師生反遷院斗爭制造的一起血案。

王兆澄一生專心治學，潔身自好。平時篤信基督教，待人和善。國立師范學院師生及所在地群眾將王兆澄等5 人厚葬于南岳衡山之白龍?zhí)�，并為之立碑，長沙名士駱鴻凱撰《五人基碑記》。