馬東波屬于1999遼小虎那批隊(duì)員之一，但他上到一隊(duì)的時(shí)間比肇俊哲等人還要早3年， 1995年， 18歲的馬東波正式被調(diào)入一隊(duì)。師從蔣立升。2005年年底，只有28歲的馬東波，在自己職業(yè)生涯黃金時(shí)期，黯然選擇退役。退役之后，2006年，馬東波參加了亞洲教練員培訓(xùn)班，2008年1月，在唐堯東的推薦下，馬東波得到了再次加盟中國頂級聯(lián)賽的機(jī)會(huì)，他將以河南建業(yè)隊(duì)守門員教練的身份再戰(zhàn)中超，短暫執(zhí)教后離開，2009年，他的父親患病，馬東波一心照顧家里，期間，他婉拒了很多俱樂部的邀請。 父親在2011年因病去世，2012年6月，復(fù)出，擔(dān)任遼足U17梯隊(duì)守門員教練。重新回歸遼足。

2005年4月10日，遼連之戰(zhàn)，作為遼寧隊(duì)主力門將馬東波成為同省德比大戰(zhàn)中不折不扣的第一主角。他在20分鐘之內(nèi)的兩個(gè)失球令遼足在開場30秒鐘便建立起來了1：0領(lǐng)先優(yōu)勢頓時(shí)灰飛煙滅，主教練王洪禮當(dāng)即用替補(bǔ)門將劉旸將馬東波換下。首發(fā)隊(duì)員在沒出現(xiàn)意外傷病的情況下只打了20分鐘便被換下場，這在遼足歷史上也是不多見的事情。賽場之內(nèi)的失常表現(xiàn)，以及賽場之外主教練王洪禮在賽后新聞發(fā)布會(huì)上的一句“馬東波表現(xiàn)失�！保�還因?yàn)槟趁�主力�?duì)員在賽后指出“我們這場球被人開了盤，馬東波那兩次撲救太假”，馬東波似乎更被聯(lián)系到了某些骯臟交易中……雖然隨后俱樂部及王洪禮都出面證明了他的清白，而且馬東波在接下來的遼沈大戰(zhàn)中首發(fā)，頂著巨大壓力發(fā)揮依然穩(wěn)健，2：0戰(zhàn)勝金德。但因傷病淡出主力陣容。

隨后馬東波從主力陣容當(dāng)中消失，一段時(shí)間內(nèi)跟隨預(yù)備隊(duì)訓(xùn)練，曾經(jīng)傳出了遼足俱樂部對其三停的說法，但是俱樂部上下都對此堅(jiān)決否認(rèn)。而馬東波在去年年底向遼足俱樂部主動(dòng)提出退役，雖然俱樂部三番五次試圖說服其歸隊(duì)，但是馬東波去意非常堅(jiān)決，臨別留下一句意味深長的話，“中國足球?qū)嵲谔珡?fù)雜。”