出師廓爾喀
乾隆四十七年（1782）以武生員身份效力綠營軍，薦升慶寧營千總。乾隆五十七年（1792），隨�？蛋渤鰩熇獱柨Γń衲岵礌枺酃κ跒o寧（今屬四川冕寧縣）營守備加都司銜。
乾隆六十年（1795）閏二月，松桃廳苗族起義軍攻入秀山縣。馬瑜隨四川總督和琳帶兵堵剿，攻克各路賊寨，賞戴花翎。五月，擢冕山營都司。十月，擢督標(biāo)左營游擊，生擒首領(lǐng)吳半生。
獲號巴圖魯
嘉慶元年（1797），命赴達州軍營。嘉慶二年（1798），賜“達春巴圖魯”名號。嘉慶三年，殲滅白蓮教起義首領(lǐng)齊王氏、姚之富于沙狐嶺，余賊竄匿。時瑜首先偵探，官兵得以分路截剿。上嘉其奮勇，授參將。四月，剿白號賊高均德于雛南．六月，追擊于鐵釘埡賊二百余名。均德與其黨冉文壽等竄踞大神山。七月，官兵分路進剿，瑜攻其東面，克之。文禱等由龍鳳坪道走箕山坡下。九月，克箕山。賊匪羅其清退據(jù)大鵬山寨。十月，合兵圍剿。瑜等冒雨攻寨，毀其南門廠槍斃其父從國，其清遁。十二月，生擒于巴州檬子灘河中。事聞，詔以升缺促先補用。文禱自箕山竄入通江之麻壩寨，負隅抗拒。瑜隨刻都統(tǒng)德楞泰等分兵三路，毀寨而入，生擒冉文禱及其子添受并賊黨千余人，奪獲牛馬器械無算。加副將銜。三月。補四川哪副將。七月，追賊人楚。十月，擒高均德于大市川。五年正月，川北川西賊勢猖撅，仍隨德楞泰統(tǒng)兵入川。二月，攻江油之烏龍寨；生擒綠號首道。詔給功牌。三月，進攻重華堰，。賊伏于火石灰者萬余，瑜等分號環(huán)擊，擒首道冉添元等。下肺敘。復(fù)剿賊于劍州之石門寨。賊搶渡撞河。瑜偕副都統(tǒng)賽沖阿等擊走之。四五。追賊至開封廟，乘賊搶渡嘉陵江，斬殺二千七百余人，殲藍白號賊于麻柳場。閏四月，剿藍號賊于七孔溪。瑜伏兵山下，俟賦過溝時擊之。五月，攻長池壩賊巢，得旨嘉獎一六月，擢貴州安義鎮(zhèn)總兵。七月，調(diào)重慶鎮(zhèn)總兵。八月，賊至長壩，方渡河，瑜領(lǐng)馬步兵掩至，白號首道：度向瑤赴水死。九月，殲賊于母子還。六年正月，逆賊徐添德并黃號股匪白溝陽北竄。瑜追至乾為，擒斬甚眾，余匪油安。瑜源精兵八百。間道出野豬坪，雪夜奮擊。二云，剿黃細龍紹周千五里還。復(fù)蹴之于官渡河，淹溺搞。四月，黃。白、藍三號賊匪自陜?nèi)氤�，與徐添德合。瑜隨德楞泰追擊于陜之黃石扳。斬獲二千余名。五月。剿賊于昆河鋪，賊勢瓦解。徐添德奔河灘溺死。七月。追賊入川，敗黃號賊于菜子啞、峰分廠，賊走巴東，復(fù)敗之于云霧溪。九月、由老木孔入山搜剿，賊西趨陜。瑜偕督兵蒲尚佑等冒雪進攻，殄龍逆于平利之岳家坪、黃號匪殆盡。十一月，殲賊于白果壩，賊竄至通江之劉家壩，瑜等分路繞上山梁，大兵繼進。俘獲無算。
轉(zhuǎn)戰(zhàn)四方
隨德楞泰至巫山十二峰，掃除綠號散賊。四月，剿賊于雞公梁，擒斬千余人、五月、擊賊于水溝后山啞口擒斬八百余人。六月，追擊于觀音場。首逆樊人杰就擒。下部優(yōu)敘。十月，賊 竄施家溝。為先山極險處。瑜步行入山，督兵兜剿廠有逆趙鑒等就擒殲青、黃兩號賊三百余于中子洋坪。復(fù)偵知巴、巫接界賊匪屯聚，月夜搗其巢穴，擒斬之，均下部議敘。恩貧賤、荷囊。時賊勢窮蹩，瑜由巫山向北搜剿。十一且，斃賊于銅盆溪。十二月，追擊于栗子坪等處，斬城百余，擒青號賊予鳳凰山。
于黃柏溝及太陽河剿除零匪。二月，獲白號首逆王三槐之弟三魁于馬家煽，余股零星掃蕩時而楚匪復(fù)逼入川。瑜偕副都統(tǒng)色爾滾合兵迎擊一間二月，從間道進攻蹬盞窩，雨霧彌漫，瑜由山頂沖下，斬域五十余人。隨于豐玉坪、天池子、草堂河、黑樓門等處沿途搜緝。州、陜、楚余匪殲除殆盡，乃于三省邊界分段巡防。瑜派守川省之徐家壩。十月，突有陜界伏匪由南山竄出。裹協(xié)漸多。因自川東探剿入陜。十二月。由八義寨漳抱崖而進，擒斬數(shù)十名。復(fù)躡之于尹家臺子。賊恃險抗拒，瑜設(shè)伏敗之。
坎坷晚年
擢，留辦善后事宜。二月，賊竄湖北之興隆坡，瑜勒兵兜剿，殲斃苛文華等。上嘉之，賞翎管、扳指、荷囊。復(fù)追賊于日曬溪、漁桐子。四月，調(diào)云南提督，仍留辦善后事宜。六月。賊屯柴扒老林。瑜揩提督豐伸，由鵬城在賊北鵬，賊潛遁�！苯�(jīng)略額勒登保偕德楞泰等奏言：“添柴城在城屯之南，最為緊要，專派豐伸、馬瑜在彼扼截，竟任乘間偷越，實難辭咎，命革巴圖魯名號。摘去花翎。周時余匪專向老林奔竄，瑜帶兵二千，追窮賊所向。七月，進攻鳳凰寨有名賊目數(shù)殲擒，下部議敘。八且，斃首道茍文潤等于魚倪子。奏入，賞還花翎及巴圖魯名號。九月，瑜率將備先后搜獲賊匪，陜境肅清。仍于川境沿邊分緝。尋茍朝九被獲于漢中府，全功告或。下部議敘。十月，檄撤陜西從征鄉(xiāng)勇。十年八月，赴云南提督任。十五年調(diào)江南提督。
調(diào)直隸提督。七月，隨駕熱河，命射布靶，中三矢，賞穿黃馬褂。九月，河南教匪滋事，陷滑城。命瑜馳往剿辦。十月，至滑之留困村，殲賊二百余人于南湖、北湖，與總督溫承惠合兵會剿，斃賊五百余名，奪獲槍炮器械甚多。復(fù)由道口之運河西岸進兵，賊匪淹斃無算。上傳示方略，命瑜偕副都統(tǒng)富蘭，由�？h繞道，速赴開州以北，逐一搜捕，向南進剿。瑜等探知滑縣之潘章、李家莊、袁家莊等處距開州甚近，俱有賊屯聚。十一月，進毀賊巢，殲斃二千八百余人。十二月，攻復(fù)滑城。城留駐開州，一搜捕竄匪、九百余人。事竣，下部議敘。尋因失察都司曹綸從賊入教，一艦革職。詔：改為革職留任。
調(diào)江南提督。四月，以防守東明時失察。所屬將共買帶婦女。降補徐州鎮(zhèn)總兵。二十二年。調(diào)山東兗州賄兵。二十三年，上以其怠忽捕務(wù)，嚴飭之二十四年四月。仍授江南提督。六月卒。諭曰。馬徽在軍營，著有勞績；著加恩照提督例賜恤，溢壯勤。
