林孕昌初投南京戶部廣東司主事，專管文武各官的俸鹽和淮、浙、長蘆（在天津）、魯、閩各地鹽引的用印。

林孕昌的伯祖理學(xué)家林學(xué)曾為南京通政使司通政，他追隨兩年，手抄當(dāng)時理學(xué)家王守仁、薛瑄的語錄及先儒格言，領(lǐng)悟宋代理學(xué)大師周敦頤、程顥、程頤、張載、朱熹所創(chuàng)立的濂、洛、關(guān)、閩之學(xué)的要旨，為以后從事理學(xué)研究和教學(xué)打下堅實基礎(chǔ)。

爾后，林孕昌出任南京兵部職方司主事。由于嚴(yán)格整飭軍紀(jì)，妥善處理標(biāo)營衛(wèi)總克剝軍糧弊端，使兵將畏憚，上司信服。天啟五年初，他以點馬差便道返家省親。因見當(dāng)時吏治腐敗，回家后擬作終養(yǎng)父母的打算。上面屢次催促，他不赴任；九月，要調(diào)他去南京吏部考功清吏司，又逢父親病逝在家守制。三年服滿，催文迭至。到崇禎元年（1628年）他才去北京補吏部稽勛司主事，不久調(diào)驗方司司印。

魏忠賢被鏟除后，林孕昌立即為遭迫害慘死者的子孫題奏贈賜余蔭；又為東林黨顧憲成、馮從吾等人奏請加贈蔭子，以褒勵理學(xué)節(jié)義之臣。

后林孕昌調(diào)任考功清吏司主事，文選清吏司員外郎。他掌管銓事，酌定取選的規(guī)條，而且關(guān)防嚴(yán)密，嚴(yán)懲舞弊，大選、急選都協(xié)合眾望。

崇禎五年，林孕昌再升稽勛清吏司郎中，給假焚黃省親。他至家后在筍江畔建在茲堂，在清源山南臺舟峰建綸恩、雷薦二亭，重辟西洞天唐代林蘊、林藻的讀書處。第二年，他在在茲堂開始講學(xué)，還與布衣黃文炤提倡旦氣之學(xué)，為理學(xué)的發(fā)展做出貢獻(xiàn)。這年秋天，他與黃景昉、謝元珧在清源山南臺建 云、訪賢二亭。冬天，他在泉州城西北奉圣鋪（今西門）建宅第，取名“棲綠園”。崇禎七年，林孕昌在棲綠園建講壇，與蔣德璟大力倡導(dǎo)正氣學(xué)。門徒更加廣泛，連兵備道曾櫻、知府樊維成、縣令戈簡都來聽講。第二年，林孕昌遷居棲綠園，按察使張應(yīng)星和曾櫻率領(lǐng)僚屬到一峰書院聽他講課，一時府城紳士畢集。

林孕昌在家鄉(xiāng)講學(xué)，組織筍堤學(xué)社，成績斐然，解元蔡高標(biāo)、何承都均出自該社。崇禎十三年，他與蔣德璟重建清源山西洞天的偕樂亭。落成之日，他和知府孫朝讓登臨賦詩。

崇禎十七年，福王朱由崧在南京即位。南京吏部尚書徐石麒上奏推薦林孕昌，遭到嫉忌者的阻止，只擢任南京通政使司右通政，林孕昌推辭不去。第二年在家居喪。清兵攻下南京，唐王朱聿鍵在福州稱帝，詔選林孕昌出任兵部右侍郎，接著又推任太常寺卿，他也堅決辭絕。

清順治五年（1648年）秋，泉州知府景世英建宏文學(xué)社，延請林孕昌主持講課評選，一時文教大興。順治八年正月二十九日，林孕昌誕辰，眾弟子為他鐫刻石像立在清源山八仙閣。當(dāng)時前往參加慶壽者有百余人，他在清源山第一山亭執(zhí)經(jīng)開講作為壽辰謝禮。是年，林孕昌重修西洞天，又修葺半嶺巖的不易亭，購置福田作為清源山歲時香火。

順治九年，林孕昌在棲綠園潔身堂開講《解析批語》，分經(jīng)課藝，聽講的人十分踴躍。笥中僅遺筆“五矢、墨二函、履二只”。

順治十五年，泉州紳士公議設(shè)特祠祭祀林孕昌。次年春，迎林孕昌牌位供祀在晉江縣學(xué)左側(cè)的正氣堂里，即他講學(xué)舊處。順治十四年二月，在家病逝。

所著有《經(jīng)史耨義》、《論語耨義》、調(diào)易口占》、《旦氣語錄內(nèi)外篇》、《旦氣箴》|《泉山小志》、《戊巳自鏡錄》、《續(xù)小學(xué)》、《易史廣占》、《易史象解》、《春秋易義》、《春秋總論》、《三禮約》、《悌經(jīng)》、《續(xù)尚書》、《續(xù)三百篇》、《銓曹奏議》、《在茲堂會語》、《筍堤集》、《雁山集》、《百夢草》等書。