歷任多倫多大學(xué)、斯坦福大學(xué)、英屬哥倫比亞大學(xué)歷史系教授，兼圣約翰學(xué)院院長(zhǎng)。1974年，他作為交換生來到中國。李約瑟?jiǎng)t在1977年安排他參與《中國的科學(xué)與文明》第七分冊(cè)的編寫，這一冊(cè)主要是對(duì)比中國發(fā)展與西方資本主義興起，這對(duì)卜正民的學(xué)術(shù)道路或多或少有些影響，在《為權(quán)力而祈禱：佛教與晚明中國士紳社會(huì)的形成》（或譯為“覬覦權(quán)力”，江蘇人民，2005年11月）、與格力高利·布魯編的《中國與歷史資本主義：漢學(xué)知識(shí)的系譜學(xué)》（新星出版社，2005年5月）等都體現(xiàn)了這一點(diǎn)。

2007年7月赴牛津大學(xué)歷史系任教。著有《覬覦權(quán)力：佛教與晚期明士紳社會(huì)的形成》、《縱樂的困惑：明代的商業(yè)與文化》、《明清歷史的地理資料》等書，編有《亞細(xì)亞生產(chǎn)方式在中國》、《中國公民社會(huì)》、《中國與歷史資本主義》、《鴉片政權(quán)》、《民族行為：亞洲精英與民族身份認(rèn)同》等著作。

后現(xiàn)代史學(xué)認(rèn)為歷史只是后人構(gòu)建的，歷史的書寫總會(huì)以特殊的意識(shí)形態(tài)和權(quán)力話語為導(dǎo)向的。因此后現(xiàn)代史學(xué)認(rèn)為是歷史學(xué)家發(fā)現(xiàn)并寫作故事，個(gè)人價(jià)值、想像和感情無法避免，后現(xiàn)代史學(xué)寫作也就和小說創(chuàng)作并無二致，《縱樂的困惑》也不例外，它的故事性極強(qiáng)，寫得生動(dòng)而有趣，這恰恰是后現(xiàn)代史學(xué)的中心特征之一。

卜正民還用“為權(quán)利而祈禱”來解釋晚明士紳的捐贈(zèng)行為與佛教之方志之間的關(guān)系。有人以為這是在西方語境影響下得出一個(gè)片面觀點(diǎn)。晚明士紳社會(huì)的形成確與明代佛教方志有一定的關(guān)系，但這種關(guān)系是相互交織在一起的，是傳統(tǒng)史學(xué)理想的實(shí)現(xiàn)、教化風(fēng)氣、弘揚(yáng)佛法等多種因素相互交融的結(jié)果，而絕非僅僅為了“權(quán)利進(jìn)行祈禱！