歷任多倫多大學、斯坦福大學、英屬哥倫比亞大學歷史系教授，兼圣約翰學院院長。1974年，他作為交換生來到中國。李約瑟則在1977年安排他參與《中國的科學與文明》第七分冊的編寫，這一冊主要是對比中國發(fā)展與西方資本主義興起，這對卜正民的學術(shù)道路或多或少有些影響，在《為權(quán)力而祈禱：佛教與晚明中國士紳社會的形成》（或譯為“覬覦權(quán)力”，江蘇人民，2005年11月）、與格力高利·布魯編的《中國與歷史資本主義：漢學知識的系譜學》（新星出版社，2005年5月）等都體現(xiàn)了這一點。

2007年7月赴牛津大學歷史系任教。著有《覬覦權(quán)力：佛教與晚期明士紳社會的形成》、《縱樂的困惑：明代的商業(yè)與文化》、《明清歷史的地理資料》等書，編有《亞細亞生產(chǎn)方式在中國》、《中國公民社會》、《中國與歷史資本主義》、《鴉片政權(quán)》、《民族行為：亞洲精英與民族身份認同》等著作。

后現(xiàn)代史學認為歷史只是后人構(gòu)建的，歷史的書寫總會以特殊的意識形態(tài)和權(quán)力話語為導向的。因此后現(xiàn)代史學認為是歷史學家發(fā)現(xiàn)并寫作故事，個人價值、想像和感情無法避免，后現(xiàn)代史學寫作也就和小說創(chuàng)作并無二致，《縱樂的困惑》也不例外，它的故事性極強，寫得生動而有趣，這恰恰是后現(xiàn)代史學的中心特征之一。

卜正民還用“為權(quán)利而祈禱”來解釋晚明士紳的捐贈行為與佛教之方志之間的關系。有人以為這是在西方語境影響下得出一個片面觀點。晚明士紳社會的形成確與明代佛教方志有一定的關系，但這種關系是相互交織在一起的，是傳統(tǒng)史學理想的實現(xiàn)、教化風氣、弘揚佛法等多種因素相互交融的結(jié)果，而絕非僅僅為了“權(quán)利進行祈禱！