崇禎改元，疏辯，補原官。歷南京禮部祠祭司、吏部考功文選二司主事，升考功司郎中；歷南京尚寶司卿、應天府丞、左右通政、刑部右侍郎署部事，升尚書。時上以威刑馭下，法官引律，大抵深文附會。比石麒為侍郎，奉旨清獄，因推明律意及近日斷獄之不合於律者十余條，先以白之同官；遂以次審理，十三司囚犯多所寬減。而前兵部尚書陳新甲以失事下獄，石麒具獄上，因發(fā)新甲議款事，言『人臣無境外之交；未有身在朝廷，不告君父而專擅便宜者。今圣意未俞，瞽師先遣；謾書朝入，名城夕隳。昔石星未嘗私用惟敬、袁崇煥不敢私遣喇嘛，祗以彌縫閃爍，立置重典；況辱國啟侮，甚於二臣者乎！當失陷城寨律，斬』。

上曰：『陳新甲失事重大，法無可寬；但引律尚屬未確，可另行覆擬即奏』！石麒奏：『新甲陷邊城四、陷腹城七十二、陷親藩七，此從來失事未有之奇禍，亦從來刑書所不忍載之條例者也。當臨敵缺乏，不依期進兵策應因而失誤軍機者，斬』。奏上，新甲棄市。是時中朝多為新甲地者，閣臣延儒救解甚力；上不許。石麒初疏旦上夕下；詰旦，再疏復上，即得旨肆之西市云。新甲之黨皆大恨。而石麒復讞「光祿寺少卿監(jiān)軍張若麟臨敵先逃、失陷邊城，當斬；總兵許定國失誤軍機、搶殺人民，當斬；兵部尚書督師丁啟睿兵敗竄逃、棄去敕印，當斬」。時石麒已位尚書矣，一時大法赫然，無敢幸免者。會禮科給事中姜采、行人司司副熊開元以言事忤旨，上震怒，下二臣錦衣衛(wèi)獄；而左都御史劉宗周爭之甚力，并奪職。石麒疏救，不允。及二臣發(fā)西曹，復疏薄其罪，又不具招；上怒，責令對狀，罷官。

南京立，起石麒右都御史。未至，轉吏部尚書。上「定官制、慎破格、行久任、禁營求、嚴起廢、明保舉、交堂簾」七事，上優(yōu)旨答之。其時小人雜進，官方濁亂；石麒以年例出戶科給事中陸朗、御史黃耳鼎為藩臬，有旨特留用。朗、耳鼎遂疏訐石麒為吳昌時報復，又言殺新甲以敗款局；石麒乃歷陳自東事以來主款之誤，且言『先帝之誅新甲也，曰陷我七親藩。夫七藩之中，恭皇帝居一焉；皇上忘之乎』？因引疾乞休，命馳驛去。

明年，南京失國，石麒起兵嘉興。城破，自經死。贈某官，謚「忠襄」。有子二人，爾榖、柱臣。爾榖以松江事見殺，而柱臣輯所遺文行世；皆能不負父志者。城破時，有仆祖敏、李謹，皆從主自經。