1984年7月起在鐵道部第四勘測設(shè)計院橋隧處工作;

1992年9月任鐵道部第四勘測設(shè)計院第二勘測設(shè)計處副總工程師;

1993年4月任鐵道部第四勘測設(shè)計院第二勘測設(shè)計處副處長,派駐院京九鐵路江北指揮部(湖北麻城)任副指揮長兼總工程師;

1994年8月任鐵道部第四勘測設(shè)計院第二勘測總隊(河南信陽)黨委書記;

1995年3月任鐵道部第四勘測設(shè)計院院長助理;

1996年7月任鐵道部第四勘測設(shè)計院副院長;

2000年12月任鐵道部第三勘測設(shè)計院院長、黨委副書記;

2004年11月任鐵道部副總工程師,鐵道部經(jīng)濟規(guī)劃研究院院長、黨委副書記,鐵道部工程設(shè)計鑒定中心主任(2005年6月任鐵道部客運專線副總設(shè)計師,2007年2月任鐵道第三勘察設(shè)計院集團有限公司董事長);

2009年3月任鐵道部總規(guī)劃師,鐵道部客運專線副總設(shè)計師,鐵道部經(jīng)濟規(guī)劃研究院院長、黨委副書記,鐵道部工程設(shè)計鑒定中心主任，鐵道第三勘察設(shè)計院集團有限公司董事長(2010年3月兼任鐵路客站建設(shè)總指揮部總指揮長);

2013年4月任國家鐵路局黨組成員。

現(xiàn)任中國鐵路總公司總工程師。

負(fù)責(zé)鐵路規(guī)劃、科技、標(biāo)準(zhǔn)和技術(shù)監(jiān)督、法制建設(shè)以及鐵路對外交流合作等方面的工作；局固定資產(chǎn)投資計劃、信息化建設(shè)工作。分管科技與法制司。聯(lián)系規(guī)劃與標(biāo)準(zhǔn)研究院。

鄭健教授是2008年中國工程院光華工程科技青年獎和第八屆詹天佑鐵道科學(xué)技術(shù)成就獎的獲得者，享受政府特殊津貼專家，鐵路專業(yè)技術(shù)帶頭人。

2019年4月30日，鄭健被列為中國工程院2019年院士增選有效候選人。