1952年，畢業(yè)于上海第一醫(yī)學(xué)院（現(xiàn)復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院）。

1953年，在廣州中山醫(yī)學(xué)院微生物教研室工作。

1956年，調(diào)到北京中央衛(wèi)生研究院微生物系病毒室。

1974年，作為客座研究員，前往英國格斯拉斯哥大學(xué)研究腫瘤病毒（至1975年）。

1975年，回國后一直在中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院和中國預(yù)防醫(yī)學(xué)科學(xué)院病毒所從事病毒研究工作。

1981年，擔(dān)任中國預(yù)防醫(yī)學(xué)科學(xué)院病毒所副所長。

1983年，晉升為研究員。同年12月?lián)�任中國預(yù)防醫(yī)學(xué)科學(xué)院病毒所所長。

1984年，擔(dān)任中國預(yù)防醫(yī)學(xué)科學(xué)院副院長。

1986年，在法國國家科學(xué)研究中心作為客座研究員從事HIV的研究（至1987年）。

1992年，擔(dān)任中國預(yù)防醫(yī)學(xué)科學(xué)院院長。

1993年，當(dāng)選為中國科學(xué)院院士。1993年當(dāng)選為俄羅斯醫(yī)學(xué)科學(xué)院外籍院士。

2002年10月，北京工業(yè)大學(xué)生命科學(xué)與生物工程學(xué)院于組建成立，曾毅擔(dān)任院長。

2003年，當(dāng)選法蘭西國家醫(yī)學(xué)科學(xué)院外籍院士。

曾毅從1973年開始研究EB病毒與鼻咽癌的關(guān)系，建立了一系列鼻咽癌的血清學(xué)診斷方法，已在中國國內(nèi)廣泛應(yīng)用，使鼻咽癌的早期診斷率從20-30%提高到80-90%，挽救很多病人的生命。應(yīng)用血清學(xué)指標(biāo)可以在發(fā)病前5-10年預(yù)測鼻咽癌發(fā)生的可能性。在國際上首先從高分化和低分化鼻咽癌建立細(xì)胞株，這些細(xì)胞株都帶有EB病毒的DNA和蛋白。發(fā)現(xiàn)鼻咽癌高發(fā)區(qū)的一些中草藥、植物和食物帶有促癌物。發(fā)現(xiàn)人鼻咽部的厭氧桿菌能產(chǎn)生丁酸。發(fā)現(xiàn)與HLA連鎖的鼻咽癌易感基因。在國際上首次證明在促癌物TPA和丁酸的協(xié)同作用下，EB病毒感染的人胎鼻咽部粘膜組織在裸鼠能誘發(fā)人鼻咽癌。這是EB病毒誘發(fā)人鼻咽癌的直接證據(jù)，同時也提供了研究鼻咽癌病因多因素和作用機制的模型。從1984年起開展艾滋病毒（HIV）和艾滋�。ˋIDS）的研究，證明1984年HIV已傳入中國。1987年分離到第一個中國的HIV-1毒株。建立了HIV的快速診斷方法。發(fā)現(xiàn)一些中草藥有較高的抑制HIV復(fù)制的作用�！～@國家科委、衛(wèi)生部、醫(yī)科院、預(yù)防醫(yī)科院和廣東省等 14 項獎。1984年被授予國家級有突出貢獻(xiàn)的中青年科學(xué)家稱號。1989 年享受政府特殊津貼。1991 年獲陳嘉庚醫(yī)藥科學(xué)獎。

曾毅發(fā)表中英文論文共600余篇，著書6本，論文集4本。

2020年7月13日，曾毅因病醫(yī)治無效，在北京逝世，享年92歲。