清順治元年（1644），詔令訪求明代遺留的人才，周祚被舉薦，補(bǔ)任原官。十二年，升工部尚書，畿南大災(zāi)，周祚奉命賑濟(jì)，救活災(zāi)民甚多，加少保兼太子太保。十五年，改任吏部尚書，不久，加文淵閣大學(xué)士兼刑部尚書，保和殿大學(xué)士，正一品加一級，奉命校定《大清律》。

康熙八年（1669）三月，因病回原籍調(diào)理。十一年，康熙諭吏部：“原任大學(xué)士衛(wèi)周祚品行端方，清慎素著，曩以引疾請告，回籍調(diào)理。今閣務(wù)殷繁，贊理需人，著即召取，馳驛來京，人閣辦事”。周祚又入朝輔理政務(wù)，改內(nèi)國史院大學(xué)士為保和殿大學(xué)士兼戶部尚書。同年十二月舊病復(fù)發(fā)，請求歸里，十四年（1675），卒，謚文清。

他為官數(shù)十年，“田廬無改”，“敬以事上，儉以居身，誠以服物，不為赫赫之名，百分之行”“在銓曹吏部最久，惟以獎恬抑躁，留意人材為務(wù)”。充任已亥、辛丑（1659、1661）兩闈總考官，“翕然有得人之聲”。倍受順治、康熙的賞識，“恩遇冠于百僚”。四十二年，康熙西巡至曲沃，命內(nèi)大臣到他的墓地祭祀，并親書“表率班聯(lián)”四字懸掛在他家中。

他任刑部侍郎時，向朝廷進(jìn)奏《清理庶獄五條疏》，對各級提刑官員玩忽職守，拖延辦案時日的弊端，提出“置欽件薄”，限時結(jié)案。又因誣告盛行，冤獄不斷，請加重反坐罪。五條疏的實(shí)施，整飭了吏治，減輕了人民刑獄之苦。

康熙十一年（1672），衛(wèi)周祚奏請纂修地方志：“各省《通志》尚多闕略，宜飭儒臣修纂。舉天下地理、形勢、戶口、田賦、風(fēng)俗、人才燦然具列匯為《一統(tǒng)志》，以備御覽”�？滴醪杉{其建議，頒令修志，使乾、嘉年間我國地方志的修纂，達(dá)到鼎盛時期。他還親自參與曲沃縣志的審訂，并在《五修沃史序》中提出修志三長（正、虛、公）之說。對后世修志有著深遠(yuǎn)影響。

其后代嫡系傳人仍居住在曲沃城內(nèi)、靳莊村尚有一支。