馬甸清真寺總面積為3800多平方米，新修的漆著黃邊的兩扇深紅色大門特別引人注目。馬甸清真寺大門上為青灰色筒瓦屋頂，門楣上懸掛著一塊藍(lán)底橫匾，上書“馬甸清真寺”五個(gè)大字是馬甸清真寺明顯的標(biāo)志，在匾額下是用阿拉伯文書寫的匾額。馬甸清真寺寺門內(nèi)兩側(cè)各有一石雕，稱為抱骨石，上面雕刻著精美的圖案。在寺門北側(cè)墻上鑲嵌著—白色長方形牌匾，標(biāo)明馬甸清真寺是海淀區(qū)重點(diǎn)文物保護(hù)單位。

       馬甸清真寺內(nèi)古樹頗多，不但有樹干粗大、長勢(shì)茂盛的古槐，而且還有婆娑的古柏。據(jù)寺內(nèi)的鄉(xiāng)老介紹，庭院中古槐的樹齡都在百年以上，其中一株已有400多年的樹齡了�！斑禈鋯柺罚�……樹四百年，推測(cè)立寺亦有四百年之久”。幾百年來，這些古樹不但目睹了清真寺的幾百年的滄桑，而且還為清真寺遮風(fēng)擋雨，到了炎熱的夏天，綠蔭覆蓋，為寧靜的清真寺增添了不少生機(jī)和情趣。

      從馬甸清真寺整體建筑來看為典型的中國傳統(tǒng)的四合院式的建筑，第三進(jìn)院落是該寺的主體院落，禮拜大殿就坐落在這一庭院中。庭院的正西為大殿，九級(jí)臺(tái)階烘托起十六間大殿，大殿中為窯洞式殿堂，是具有中國特色的伊斯蘭教建筑。大殿之外，左、右兩側(cè)是南北講堂。整個(gè)清真寺，金碧輝煌，琳瑯煥彩。站在庭院中，西望大殿，肅穆莊嚴(yán)，井然有序，登上九級(jí)臺(tái)階進(jìn)入三間抱廈，首先看見的是抱廈中間南北兩側(cè)分別立有豎行的牌匾，在古香古色的牌匾上書寫著一副對(duì)聯(lián)。上聯(lián)是“朝真主無形影萬物作證”，下聯(lián)是：“參造化非高遠(yuǎn)義利人行”。禮拜大殿里的門柱上也有一副對(duì)聯(lián)，上聯(lián)是：“化人化物能化化”；下聯(lián)為：“生天生地更生生”。真是一幅絕妙之佳作。禮拜大殿內(nèi)古樸典雅、一塵不染，尤其是大殿正前方的窯殿更是圣潔之處，阿訇誦讀“虎圖白”用的敏拜爾（講經(jīng)臺(tái)）就安放在窯殿的旁邊。整個(gè)禮拜大殿里鋪滿了青色的地毯，在青色的地毯上又鋪設(shè)著一排排色彩艷麗的條狀花色地毯，不但為穆斯林禮拜提供了方便，而且把禮拜大殿點(diǎn)綴得肅穆莊嚴(yán)。禮拜大殿內(nèi)墻壁上懸掛著用阿拉伯文文字書寫的各種牌匾，殿內(nèi)屋頂懸掛著吊燈和吊扇。馬甸清真寺有專供女穆斯林禮拜的女禮拜堂，女禮拜堂位于禮拜大殿的北側(cè)，在女禮拜堂內(nèi)可以聽到阿訇講經(jīng)和領(lǐng)拜的聲音。

        在寺內(nèi)主體建筑禮拜大殿的兩旁是南北對(duì)稱的三間講堂，南講堂現(xiàn)為阿訇的宿舍；北講堂是寺內(nèi)阿訇的辦公室、講堂。大殿兩旁(南北)各立一幢石碑。位于禮拜大殿南側(cè)的石碑上“認(rèn)主獨(dú)一”四個(gè)大字十分醒目。石碑背面上刻的是阿拉伯文碑文，其下是用中文雕刻的“兩世吉慶”四個(gè)字。這幢石碑的底座雕繪著龍紋和云紋，碑身的前后兩面繪有龍紋、云紋和植物花紋。石碑前后分別栽種著松樹和石榴樹。在禮拜大殿北側(cè)的石碑為清代道光年間(公元1821年—1850年)石刻，碑系清真古寺碑刻。在石碑的正面自上而下書寫著：“清真古教”四個(gè)大字。碑的后面為豎行字，上寫“均沾回賜”四個(gè)大字。此碑的碑座與碑身的前后兩面都雕刻有浮雕龍紋和植物圖案。

      從歷史上看，早在明代北京回民穆斯林大多就以經(jīng)營牛羊行為業(yè)。清初，北京穆斯林經(jīng)營的牛羊行得到進(jìn)一步的發(fā)展。從北京地區(qū)伊斯蘭教發(fā)展的歷史來看，“凡回民聚居較多之處，莫不設(shè)有禮拜寺，以為沐浴、朝真、講經(jīng)、教學(xué)之需”。由于馬甸地區(qū)回民穆斯林人數(shù)眾多，所以早在清康熙年間馬甸地區(qū)就建立了清真寺。據(jù)寺內(nèi)所存清代石碑碑刻記載：“京師 德勝門外舊有清真古寺創(chuàng)自康熙年間，為回民朝拜之地”。由此可見，馬甸清真寺在清代就是北京城著名的清真寺之一。

         到民國初年，在 西村建立了 清真女寺。西村女清真寺不但有禮拜殿和 水房，而且“內(nèi)有水井一口。南屋三間為經(jīng)學(xué)，亦為女阿訇下榻之所”。這位“女阿訇”，就是當(dāng)時(shí)馬甸地區(qū)眾鄉(xiāng)老請(qǐng)來的胡 師娘�！昂鷰熌镌谛陆ǖ那逭媾�寺，為女穆斯林傳經(jīng)領(lǐng)拜。當(dāng)時(shí)，馬甸地區(qū)以及周邊地區(qū)的回族老太太們和青壯年婦女，都到西村清真女寺禮拜”。

      黨的十一屆三中全會(huì)召開以后，黨和國家的 宗教信仰自由政策得到貫徹和落實(shí)。為了使馬甸地區(qū)的穆斯林能夠過上正常的宗教生活，在北京市人民政府和海淀區(qū)政府的關(guān)懷和幫助下，1982年馬甸清真寺收回了寺產(chǎn)，重新恢復(fù)了正常的宗教活動(dòng)，并且聘請(qǐng)了阿訇，主持馬甸清真寺的教務(wù)。由于馬甸清真寺曾經(jīng)被工廠占用、禮拜大殿成為工廠的廠房，在 宗教政策落實(shí)之后，雖經(jīng)屢次修繕、但仍不適合穆斯林禮拜之用。為了使馬甸清真寺成為廣大穆斯林理想的禮拜場(chǎng)所，自1989年開始，馬甸地區(qū)的鄉(xiāng)老們自籌資金，依靠清真寺的自養(yǎng)收入和乜貼收入，重新修繕了禮拜大殿和南北講堂，使百年古寺煥發(fā)出青春，并且以嶄新的面貌迎接著穆斯林的到來。西村清真女寺在1980年也交還給馬甸西村穆斯林使用，后來根據(jù)當(dāng)?shù)鼗孛衲滤沽值囊�求將其改建成為馬甸回民 托兒所。

      歷史上，由于馬甸地區(qū)回民人數(shù)眾多，因此來馬甸清真寺禮拜的穆斯林很多。現(xiàn)在每天來清真寺禮拜的穆斯林有幾十人； 主麻時(shí)多達(dá)300人以上，每逢 開齋節(jié)、宰牲節(jié)等重大節(jié)日，來寺禮拜的穆斯林可達(dá)800多人。到馬甸清真寺禮拜的穆斯林，除了本地回民穆斯林和 外埠來京的穆斯林以外，還有許多慕名而來的 阿拉伯國家、東南亞國家的外賓，另外還有中央民族大學(xué)、北京外語大學(xué)、北京航空大學(xué)、北京語言學(xué)院的學(xué)生和外國留學(xué)生。