唐朝乾元年間（758～760年），道士龔棲霞云游至此，隱居山中天門巖；元和四年（809年），歙州刺史韋緩建石門寺于石橋巖。

北宋祥符元年（1008年），朝廷建密多院于白岳山南。

南宋寶慶年間（1225～1227年），道士余道元入山修煉，并于齊云巖創(chuàng)建佑圣真武祠，此后崇慕道教的方士、居士相繼來山，擇地筑構(gòu)。此后道教建筑規(guī)模日益擴(kuò)大，至明代達(dá)到鼎盛。

明洪武十五年（1382年）朝廷置道會(huì)司于縣城崇壽觀，主領(lǐng)全縣道教事，山上道士有被任命為道會(huì)司的；嘉靖十一年（1532年）龍虎山正一嗣教真人張?zhí)鞄燅v山，因世宗祈嗣靈應(yīng)，敕建玄天太素宮，置真人府，配各級(jí)道官：太素宮置提點(diǎn)，真人府設(shè)贊教、知事，山、廟有住持，縣設(shè)道會(huì)司，州設(shè)道正司，府設(shè)道紀(jì)司，中樞最高設(shè)道箓司等機(jī)構(gòu)。

清朝，齊云山被乾隆皇帝題為“天下無雙勝地，江南第一名山”。

民國二十三年（1934年），休寧縣國民政府設(shè)置齊云山管理委員會(huì)。

民國二十九年（1940年），太素宮前殿傾坍，為整修宮殿，休寧縣政府將管理委員會(huì)改組為整理委員會(huì)。

民國三十五年（1946年），因香市人雜，為維持治安，休寧縣設(shè)置駐山警察分隊(duì)。

1949年，中華人民共和國成立后，在土地改革運(yùn)動(dòng)中，齊云山整個(gè)風(fēng)景區(qū)內(nèi)的山場田地，分別屬于巖前鎮(zhèn)、渠口鄉(xiāng)和黟縣的漁亭鎮(zhèn)，劃歸農(nóng)民所有。

1979年以后，休寧縣人民政府先后成立了齊云山管理處和齊云山道教協(xié)會(huì)。

1978年，齊云山太素宮宮觀修復(fù)開放。

1980年起，休寧縣政府在東陽道院和伯陽道院，梅軒道院舊址上新建了凌風(fēng)，海天一望，望仙三亭，修復(fù)了玉虛宮，羅漢洞，真武殿（太紊宮）等。

齊云山位于安徽省黃山市休寧縣齊云山鎮(zhèn)，地處休寧縣城區(qū)西約15千米處，距屯溪區(qū)33千米，齊云山東起藍(lán)渡石橋，西至黟縣漁亭萬壽山；北臨巖前白茅山，南倚渠口鄉(xiāng)公路；地理坐標(biāo)：東經(jīng)117°57u2032—118°7u2032，北緯29°47u2032—29°50u2032之間，總占地面積110平方千米。

齊云山由中生代晚白堊紀(jì)的陸相紅色巖系組成。它們堆積在斷陷盆地中，巖性強(qiáng)弱相間，巖層傾角不大，富有垂直節(jié)理。由于地處北亞熱帶氣候環(huán)境，高溫多雨，直接出露地面的紅巖，在風(fēng)化和流水割切與散流沖蝕作用下，形成了“丹霞地貌”。

氣溫

齊云山全年平均氣溫16.2℃，最高年份16.9℃，最低年份15.6℃，年際間變化在0.5℃之間。一年中最熱為7月份，平均氣溫為27.9℃；最冷為1月份，平均氣溫3.7℃。年氣溫日較差24.2℃，一年中1至7月氣溫逐月升高，8月開始下降。一日間最高氣溫在午后14～15時(shí)左右，最低氣溫在黎明至日出前。

降雨

齊云山雨水充沛，年平均降雨量1613.7毫米，最多年（1954年）為2641.6毫米，最少年（1978年）為928.8毫米，年際間變化較大。春季降水占全年的31%，夏季43%，秋季8%，冬季18%。顯然春夏季雨量多，秋冬季雨量少。一年中1至6月份降水量逐月增多，春季陰雨綿綿，盛夏季節(jié)多有雷陣雨驟降驟停。5月上旬進(jìn)入雨季，6月中旬進(jìn)入梅雨季節(jié)，七月上旬出梅，在此間多暴雨。7至12月降水逐漸減少。全年降水日數(shù)為155天。

光照

齊云山山勢呈東西走向，坐南朝北，光照適宜。年平均日照時(shí)數(shù)1931小時(shí)，日照率44%；年最多日照時(shí)數(shù)2291小時(shí)，日照率52%；年最少日照時(shí)數(shù)1581小時(shí)，日照率36%；全年以8月份日照率61%為最高。一月份南坡日照率達(dá)40%，是冬季理想的避寒地區(qū)。

四季

齊云山春季氣溫回升快，冷暖空氣活動(dòng)頻繁，3月份日平均氣溫穩(wěn)定通過10℃以上，4月份平均氣溫升至16.5℃，5月份達(dá)到20℃左右。夏季氣候炎熱，季平均氣溫為26℃。初夏冷暖氣流頻頻交綏，此時(shí)溫度高，濕度大，雨頻水足；7月上旬開始進(jìn)入盛夏季節(jié)，處于副熱帶高壓控制下，天氣晴熱少雨，常出現(xiàn)高溫天氣。秋季南方暖濕空氣漸趨衰弱。但初秋天氣常是晴熱少雨。冬季干寒、晴朗，冬季平均氣溫5.9℃，初冬處于兩次冷空氣入侵的間隙中，往往氣溫回升，回暖顯著，俗諺“十月小陽春”。之后受冷空氣侵襲控制，氣溫不斷降低而進(jìn)入隆冬，在12月下旬出現(xiàn)初雪。

山風(fēng)

齊云山年平均風(fēng)速1.9米/秒。全年中以3月的2～3米/秒為最大。風(fēng)向以東北偏東風(fēng)最多，冬季為東北風(fēng)，夏季為西南風(fēng)或偏東風(fēng)，春秋季節(jié)風(fēng)向比較紊亂，但仍以偏東風(fēng)較多。齊云山有其本身形成的山谷風(fēng)，經(jīng)常迂回于群山之間。

齊云山內(nèi)自然植物類型為常綠闊葉林、混交林。植被已形成喬木、灌木、草本植物三層林相結(jié)構(gòu)，覆蓋率達(dá)67%。木本植物種類有560余種，擁有中國珍貴樹木18種，如三尖杉、香果樹、楠木等；有小竹筍、香菇、木耳、山蕨等山珍和“白岳黃芽”、“屯綠”等名茶。中草藥資源主要有鐵皮石斛、七葉膽、何首烏、香風(fēng)茶、木瓜、黃精、桂皮、馬勃、杜仲等。

齊云山內(nèi)野生動(dòng)物（含飛禽）計(jì)140余種，有石雞、竹雞、山雉、野兔、豬獾、果子貍、“彈琴蛙”、u2018東方蠑螈”等野生動(dòng)物。

齊云山內(nèi)有月華街、云巖湖、樓上樓3個(gè)景區(qū)。有奇峰36座，怪巖44處，幽洞18個(gè)，飛泉洞27條，池潭14方，亭臺(tái)16座，碑銘石刻537處，石坊3個(gè)，石橋5座，庵堂祠廟33處。

據(jù)《齊云山志》記載，時(shí)有宮、觀、殿、院、館、樓、閣、亭、臺(tái)等大小道教建筑 108 處，歷代修建有太素宮，三元宮，玉虛宮，靜樂宮，天乙真慶宮，治世仁威宮，宜男宮，無量壽佛宮，應(yīng)元宮，郎靈院，凈樂道院，道德院，中和道院，黃庭道院，拱日院，東陽道院，東明太微院，榔梅院，華陽道院，西陽道院，添書院，石橋院，密多院，以及三清殿，參陽殿，興圣殿，斗姆閣，文昌閣福地祠，土地祠，善圣祠，功德堂，碧霄庵，東岳廟等建筑。齊云山主祀真武大帝，仿湖北武當(dāng)山建制，規(guī)模宏大，氣勢磅礴。后因年久失修及兵火不斷，許多建筑相繼被毀。

2017年，休寧縣政府開建環(huán)峰拱秀旅游公廁、洞天福地遺址保護(hù)、印石峰地質(zhì)災(zāi)害治理等項(xiàng)目；

2018年5月，黃山市建成休寧齊云山景區(qū)汽車特技表演場館；

2018年2月，黃山市祥源齊云小鎮(zhèn)齊云山游客集散中心。

1981年，齊云山被批準(zhǔn)為安徽省省重點(diǎn)保護(hù)單位；

1994年，齊云山被批準(zhǔn)為國家重點(diǎn)風(fēng)景名勝區(qū)；

2001年，齊云山被批準(zhǔn)為第二批國家地質(zhì)公園；

2005年，齊云山被評(píng)為國家AAAA級(jí)旅游景區(qū)；

2007年，齊云山鎮(zhèn)被批準(zhǔn)為全國環(huán)境優(yōu)美鎮(zhèn)；

2015年，齊云山被批準(zhǔn)為中國體育旅游精品景區(qū)。

截至1983年普查后，齊云山存碑碣537處（塊）。其中摩崖石刻305處；最早的有北宋大觀和南宋紹熙年間13處，分布在石橋巖附近；為數(shù)最多的為明代283處，分布在真仙洞府、一天門、紫霄崖、廓崖及石橋巖等處；清代6處，分布在真仙洞府一帶和樓上樓1處；民國3處，近代1處。碑銘石刻232塊，以青石或紅砂石鐫成，石門寺遺址有北宋熙寧九年1塊為最早；明代169塊，清代29塊，民國9塊，年代無考的24塊，分布地點(diǎn)：登封橋1塊，望仙亭2塊，洞天福地3塊，望仙亭至一天門8塊，一天門內(nèi)15塊，八仙洞9塊，真仙洞42塊；二天門至三天門6塊，太素宮舊址5塊，小壺天2塊，長生樓至朗靈院7塊，玉虛宮31塊，三貼峰至文昌閣舊址3塊，東岳廟舊址3塊，方臘寨1塊，紫云關(guān)仙人峰7塊，石橋巖下2塊，樓上樓1塊，其他地點(diǎn)28塊。

齊云山存匾額19塊，較完整的15塊，屬清代和民國年間制作，散存在山上各道房擱置；漆制楹聯(lián)1副，懸掛在長生房功德堂。

1979年以后，齊云山管理處和齊云山道教協(xié)會(huì)先后成立。1978年，齊云山太素宮修復(fù)開放。1980年起，在東陽道院和伯陽道院、梅軒道院舊址上新建了凌風(fēng)、海天一望、望仙三亭，修復(fù)了玉虛宮、羅漢洞、真武殿（太素宮）等。齊云山現(xiàn)有庵堂祠廟33處。

1983年普查后，齊云山存碑碣537處（塊）。其中摩崖石刻305處：最早的有北宋大觀和南宋紹熙年間的13處，分布在石橋巖附近；為數(shù)最多的為明代283處，分布在真仙洞府、一天門、紫霄崖、廓崖及石橋巖等處；清代6處，分布在真仙洞府一帶和樓上樓；民國3處。碑銘石刻232塊，以青石或紅砂石鐫成，石門寺遺址有北宋熙寧九年1塊為最早；明代169塊，清代29塊，民國9塊，年代無考的24塊，分布地點(diǎn)為：登封橋1塊，望仙亭2塊，洞天福地3塊，望仙亭至一天門8塊，一天門內(nèi)15塊，八仙洞9塊，真仙洞42塊，二天門至三天門6塊，太素宮舊址5塊，小壺天2塊，長生樓至朗靈院7塊，玉虛宮31塊，三貼峰至文昌閣舊址3塊，東岳廟舊址3塊，方臘寨1塊，紫云關(guān)仙人峰7塊，石橋巖下2塊，樓上樓1塊，其他地點(diǎn)28塊。

齊云山香會(huì)活動(dòng)從農(nóng)歷七月初一就開始，至十月初一結(jié)束。新中國成立前，每年的初秋，各道房即派人分赴各縣鄉(xiāng)邀約舊主顧，整治房舍，清掃道路，做好迎接朝山香客的準(zhǔn)備。

齊云山除每年皆有朝山的香會(huì)外，還有樓上樓觀音洞農(nóng)歷九月十九的觀音會(huì)，香火旺盛，年僅一次。山下巖前鎮(zhèn)每年正月十五舉行夜龍燈會(huì)，村民抬著香亭、舞著布飾的龍燈登上齊云山，在太素宮前舞耍酬神。

黃山市汽車站：乘坐旅游公交可直達(dá)齊云山；

黃山市火車站或汽車站：乘開往祁門或黟縣方向的汽車直達(dá)齊云山下車。

一日游

A線：上午，齊云山半日游；下午，陽干福地，野生動(dòng)物園（翠林苑）；B線：上午，齊云山半日游；下午，夾溪河漂流，古城巖；C線：上午，中國狀元博物館，夾溪河漂流；下午，古城巖，野生動(dòng)物園（翠林苑）；

二日游

A線：D1，齊云山一日游；D2，上午，中國狀元博物館，夾溪河漂流；下午，古城巖，野生動(dòng)物園（翠林苑）；B線：D1，齊云山一日游；D2，上午，陽干福地半日游；下午，中國狀元博物館，夾溪河漂流；

三日游

A線：D1，齊云山一日游；D2，上午，中國狀元博物館，野生動(dòng)物園（翠林苑）；下午，陽干福地半日游；D3，上午，古城巖，萬安老街；下午，三棵樹廊橋，夾溪河漂流。

2020年4月，入選“2020中國避暑名山榜”。