這處遺址是山東大學(xué)歷史系教授劉敦源先生在六十年代初發(fā)現(xiàn)。劉先生在山東大學(xué)收藏的書畫中發(fā)現(xiàn)一幅高鳳翰(膠州南三里河人，字西園，號(hào)南村，又號(hào)南阜，是清代著名詩人、書畫家、篆刻藝術(shù)家。)贗品《博古圖》，圖中繪有一只三足陶器，據(jù)此，劉先生認(rèn)定圖中的三足器是新石器時(shí)代的陶鬶，進(jìn)而推斷高鳳翰故里應(yīng)有一處古遺址。經(jīng)察訪終于在北三里河村西側(cè)發(fā)現(xiàn)了這處原始社會(huì)新石器時(shí)代遺址。按圖索驥在齊魯傳為佳話。類似于《博古圖》內(nèi)容確有真跡存世。青島市博物館藏高鳳翰《汲古得深味》圖軸即為真跡，畫題：“余家介子城下，偶得瓦器如嬰罐，插蓮結(jié)房，飽綻結(jié)實(shí)，竟可為食。以其氣足，生物有成也。時(shí)乾隆乙丑夏六月，南阜翁左手志。介子城邊老瓦窯，田夫掘起說前朝。老翁拾來插瓶供，結(jié)得蓮房碗大饒。” 中國社會(huì)科學(xué)院考古研究所山東隊(duì)，于1974年秋和1975年春對(duì)三里河遺址進(jìn)行了兩次發(fā)掘，發(fā)掘面積約1500平方米，出土文物達(dá)兩千余件。

遺址的地層堆積為上下兩層，下層為大汶口文化晚期遺存，上層是龍山文化遺存，經(jīng)碳-14測(cè)定和數(shù)輪校正，下層大約距今4500年前后，上層年代約為距今4300年起至3800年前后。三里河遺址下層大汶口文化、上層龍山文化相疊壓的發(fā)現(xiàn)，不僅再一次證實(shí)了大汶口文化早于龍山文化的相對(duì)年代，更重要的是明確了這一地區(qū)的大汶口文化和龍山文化的基本面貌和龍山文化對(duì)大汶口文化的繼承關(guān)系，還明確了它與魯中南地區(qū)的大汶口文化和龍山文化有著若干地區(qū)性差異。

三里河遺址大汶口文化，出土房屋四座，其中較完整的一座，面積將近8平方米，內(nèi)挖有一個(gè)東西長1.88米、南北寬1.7米、底徑1.5米、深1.4米的大型窯穴，窯內(nèi)出土了達(dá)1立方米多的糧食，經(jīng)鑒定是粟。墓葬發(fā)現(xiàn)六十多座，墓式是以單人頭西腳東的仰身直肢葬為主，少數(shù)為仰身屈肢葬，墓排列較整齊。有拔除側(cè)門齒的風(fēng)俗。隨葬陶器主要放置在腳下，手臂處則置黑陶高柄杯、石鉞、蚌匙等物，有些尸體的口中含有玉琀，手中握有獐牙或長條形棒器。隨葬的陶器有鬶、鼎、豆、單耳長徑小壺、小罐、大口折肩尊、缽、黑陶杯等。出土文物相當(dāng)豐富，陶器以夾砂和泥質(zhì)的褐陶為主，其次為灰陶和黑陶。外表的素面磨光為主，但整個(gè)造型給人以優(yōu)美之感，其原因是注重器物的造型，這是他們制陶手工業(yè)的一個(gè)特點(diǎn)。尤其是發(fā)現(xiàn)的三件獸型鬶，塑造的形象逼真而生動(dòng)，如狗型鬶四足分立，昂首翹尾作鳴吠狀。狗的嘴作為流，注水口置于背上，上翹的尾稍翻卷形成提梁，整個(gè)造型安排合理，穩(wěn)健實(shí)用。再如豬型鬶，頭部的耳、眼、鼻、嘴等，塑造的非常逼真，嘴的兩側(cè)有微露獠牙，便使人一望而知是一頭成年大豬，實(shí)為難得的工藝品，也使我們聯(lián)想到里岔黑豬優(yōu)良品種的淵源。

三里河遺址層龍山文化，發(fā)現(xiàn)墓葬九十八座，排列不規(guī)整，疊壓打破關(guān)系比較復(fù)雜，隨葬品多少明顯不均。其它葬俗與三里河大汶口文化基本相似。陶器以夾砂和泥質(zhì)的黑陶為主，其次為灰陶，再次為褐、紅陶等。陶器的外表以素面磨光為主，與三里河遺址大汶口文化相同。制法是比較普遍的采用輪制，器形有鬶、甗、鼎、豆、壺、罐、甕、杯、盂、盒、盆、盤和碗等，在這些器物中，薄胎黑陶高柄杯代表了當(dāng)時(shí)的制陶水平，有的器壁厚度僅0.3毫米，雖在地下經(jīng)歷數(shù)千年，外表仍有光亮，高柄上還刻有各種鏤孔和劃紋裝飾。石器以通體磨光為主，器形有斧、錛、鑿、扁鏟、刀、鏃、鉞等，其中以錛出土數(shù)量較多。另外，還發(fā)現(xiàn)了兩件鉆形銅器，經(jīng)鑒定是黃銅制成，均為鑄作。黃銅鉆形器的發(fā)現(xiàn)，將改變過去一般認(rèn)為黃銅的出現(xiàn)較青銅為晚的認(rèn)識(shí)。

三里河文化的居民過著定居的生活。以農(nóng)業(yè)生產(chǎn)為主，種植的作物以粟等為主。發(fā)現(xiàn)的生產(chǎn)工具有鹿角鋤等，即可用于播種，也可以用于中耕松土。在一窯穴中發(fā)現(xiàn)有1.2立方米的粟粒，足以反映當(dāng)時(shí)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的水平。農(nóng)業(yè)的發(fā)展，推動(dòng)了家畜飼養(yǎng)業(yè)的發(fā)展，特別是養(yǎng)豬業(yè)。有一座墓葬中隨葬的豬下顎骨就有三十多個(gè)個(gè)體，還出現(xiàn)了模擬豬的形象的豬型鬶，還飼養(yǎng)狗，都是反映了當(dāng)時(shí)家畜飼養(yǎng)是繁盛的；漁獵是當(dāng)時(shí)生產(chǎn)活動(dòng)的一個(gè)方面。獵取的對(duì)象有鹿和野豬等。肉可吃，骨角可做工具。捕撈的對(duì)象，從發(fā)現(xiàn)的魚骨、魚鱗鑒定，有鰳魚(鲙魚)、梭魚、黑鯛(黑加吉)、藍(lán)點(diǎn)馬鮫(鲅魚)四種。從發(fā)現(xiàn)的魚骨分析，有的梭魚長達(dá)800毫米，重6-8公斤。他們對(duì)各種魚類的回游習(xí)性已有一定的認(rèn)識(shí)。尤其是捕撈藍(lán)點(diǎn)馬鮫這種性兇猛、游泳迅速的外海性魚類，說明當(dāng)時(shí)已有遠(yuǎn)海捕撈的可能，在一定程度上促進(jìn)了海上交通的發(fā)展�？梢哉f三里河文化是首次被認(rèn)識(shí)的一處具有濱海特點(diǎn)的古文化遺址。

另外，他們還進(jìn)行采集活動(dòng)，如螺、蛤蜊和蚌等等，大都供食用。有的殼體也可用來制作工具，如蚌匙等 ；在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的不斷提高下，手工業(yè)生產(chǎn)得到進(jìn)一步發(fā)展。手工業(yè)的制作技術(shù)已經(jīng)有了一定水平，有的產(chǎn)品制作相當(dāng)精致。尤其發(fā)展到三里河龍山文化時(shí)期，如石器的制作，比較普遍地使用切割石材的方法，磨制技術(shù)更為發(fā)達(dá)，器物造型更為規(guī)整，斧、錛等生產(chǎn)工具發(fā)現(xiàn)的數(shù)量大為增多，玉器有成組玉錦出現(xiàn)。陶器中的薄胎高柄杯，制作之精舉世罕見。有一件薄胎高柄杯(現(xiàn)存中國歷史博物館)，器壁薄至0.3毫米，重量不足40克。足以說明手工業(yè)的制造技術(shù)已經(jīng)有了相當(dāng)?shù)乃�平，這就需要有專門從事各項(xiàng)手工業(yè)的人，從而促使手工業(yè)從農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中分離出來。農(nóng)業(yè)和手工業(yè)的出現(xiàn)，私有財(cái)產(chǎn)也產(chǎn)生和發(fā)展起來，并使社會(huì)上出現(xiàn)了貧富分化。飼養(yǎng)的家豬成為一種私有財(cái)產(chǎn)，并作為私有財(cái)產(chǎn)的象征而隨葬，如有一墓隨葬了豬下顎骨達(dá)37個(gè)個(gè)體。有的墓葬中隨葬品相當(dāng)豐富，有的墓中則沒有隨葬品，還有的墓雖然有一二件隨葬品，但制作也較粗糙。這種分配上的不平等，正表示了原始氏族社會(huì)發(fā)展到了新的轉(zhuǎn)折點(diǎn)，開始走上解體的道路。同時(shí)在龍山文化居民的墓地里，墓葬的排列上較凌亂，墓葬之間的打破、疊壓關(guān)系比較復(fù)雜，不象大汶口文化時(shí)期的墓葬那樣排列有序，這種現(xiàn)象反映出氏族中血緣紐帶在松弛著。

2006年05月25日，三里河遺址作為新石器時(shí)代古遺址，被國務(wù)院批準(zhǔn)列入第六批全國重點(diǎn)文物保護(hù)單位名單。