1996年，扎賚特旗人民政府正式批準(zhǔn)建立圖牧吉自然保護(hù)區(qū)。1998年，經(jīng)自治區(qū)人民政府批準(zhǔn)，晉升為自治區(qū)級(jí)自然保護(hù)區(qū)。2002年7月3日，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)晉升為國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)（國(guó)辦發(fā)[2002]34號(hào)），正式定名為“內(nèi)蒙古圖牧吉國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)”。2006年，成立圖牧吉國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)管理局。

圖牧吉自然保護(hù)區(qū)位于東北新華夏構(gòu)造體系大興安嶺隆起帶與松遼沉降帶的過(guò)渡部位，區(qū)內(nèi)普遍覆蓋早更新世(Q1)冰水——洪積沉積物，組成物質(zhì)為砂礫、粘土混雜，礫石較粗，礫徑在2~10cm之間。該砂礫粘土沉積層，系大興安嶺東側(cè)向松嫩平原輻散的廣闊冰水洪積扇的東部邊緣，構(gòu)成了西高東低、波狀起伏的臺(tái)地平原地貌形態(tài)，其海拔多在150~230m之間。

全新世以來(lái)，臺(tái)地平原遭受流水侵蝕，在臺(tái)地面上形成了一系列寬淺的河谷洼地，向東南輻射狀延伸。圖牧吉自然保護(hù)區(qū)的東部即由二龍濤河在臺(tái)地面上營(yíng)造了大面積流水洼地，由于河道多變，所形成的沖積平原與泛濫平原呈不規(guī)則條帶狀，并形成眾多的侵蝕洼地，海拔在130~148m之間，其組成物質(zhì)為全新世(Q4)的河流沖積物、湖相沉積物，以亞砂土、亞粘土和粘土狀堆積為主。較大型的侵蝕洼地則積水成湖，主要湖泡有圖牧吉泡、三道泡、靠山湖等。

保護(hù)區(qū)的中部，可見(jiàn)小型中生代花崗巖殘丘，海拔165m左右，稱為哈達(dá)山，并向東北方向延伸至靠山屯一帶，呈潛山狀。殘丘西側(cè)有斷陷洼地，積水成湖，舊稱哈達(dá)湖，今稱百靈湖。

哈達(dá)湖南側(cè)低平地上，居部可見(jiàn)晚更新世黃土狀亞砂土沉積，海拔155m左右，成為臺(tái)地平原中較低平的部分。

圖牧吉自然保護(hù)區(qū)地處溫帶大陸性季風(fēng)氣候區(qū)，氣候特點(diǎn)表現(xiàn)為春季干旱多風(fēng)，夏季炎熱多雨，秋季干燥涼爽，冬季嚴(yán)寒少雪。年平均降水量400mm，降水變率大，多雨年份年降水752.7mm（1988年）；少雨年分降水量?jī)H275.6mm（1975年）。年蒸發(fā)量約為降水量的4倍。年內(nèi)降水分配不均，夏季（6~8月）降水集中，可占全年降水的75%。年平均氣溫4.0℃，最冷月（1月）平均氣溫-17.4℃，最熱月（7月）平均氣溫為23.4℃；日最高氣溫可達(dá)39℃，最低氣溫為-33.5℃。氣溫年較差與日較差均較大。本區(qū)日照時(shí)數(shù)達(dá)2855.5小時(shí)，日照百分率達(dá)64%；太陽(yáng)年輻射量為1315千卡/厘米2，≥10℃的日照時(shí)數(shù)為1821.7小時(shí)，≥10℃積溫為2786.0℃。本區(qū)無(wú)霜期140天，早霜出現(xiàn)在9月30日左右，晚霜在5月5日左右。土壤凍結(jié)期為10月至翌年5月，最大凍土深2.42米。年平均風(fēng)速3.5m/s，最大風(fēng)速9.5m/s，最大風(fēng)力9級(jí)。春季大風(fēng)日數(shù)可達(dá)8天，占全年大風(fēng)日數(shù)的70%。

流經(jīng)圖牧吉自然保護(hù)區(qū)的河流主要是二龍濤河。二龍濤河是洮兒河的支流，屬松花江水系，為間歇性河流。發(fā)源于扎賚特旗寶力根鄉(xiāng)紅合勒屯西北七公里的二龍山，流徑本旗巴彥高勒鄉(xiāng)、小城子鄉(xiāng)進(jìn)入黑龍江省泰來(lái)縣境內(nèi)后又折入圖牧吉境內(nèi)，注入圖牧吉水庫(kù)，經(jīng)調(diào)蓄后流入吉林省鎮(zhèn)賚縣境。二龍濤河流域面積2403km，干流長(zhǎng)123km，多年平均徑流量7.6m3/s，年均徑流總量為2.4億m。二龍濤河徑流變率大，干旱年份往往斷流干涸，多雨年份或遇暴雨則產(chǎn)生洪泛過(guò)程。為防止干旱年份二龍濤河流量過(guò)小，1985年挖渠引綽爾河水，引入圖牧吉水庫(kù)。

圖牧吉自然保護(hù)區(qū)的湖泊較多，主要有圖牧吉泡、三道泡、哈達(dá)泡、靠山泡等。圖牧吉水庫(kù)，是在原尼日里泡的基礎(chǔ)上，挖渠引綽爾河水后修建的水庫(kù)，其水源一方面來(lái)自二龍濤河，同時(shí)來(lái)自綽爾河，水庫(kù)面積5000公頃，最大水深3m，平均水深1m，蓄水量9000萬(wàn)m3。湖灘為大面積蘆葦沼澤地。

哈達(dá)湖(百靈湖)，位于區(qū)內(nèi)哈達(dá)山西側(cè)，水面面積2000公頃，最大水深25m，平均水深9m，蓄水量2000萬(wàn)m3。湖岸較陡，湖灘狹窄。

三道泡子，位于圖牧吉水庫(kù)東南2km，水面面積260公頃，最大水深1m，平均水深0.7m。湖灘寬闊，沼澤濕地發(fā)育。

靠山湖，位于百靈湖北5km，水面面積約100公頃。最大水深2m，平均水深1.5m，湖灘鹽化明顯。

本區(qū)臺(tái)地平原砂礫層富含地下水，潛水埋深5~7m，單井出水量可達(dá)10~30噸/小時(shí)，但含氟高，不適飲用。

圖牧吉自然保護(hù)區(qū)地處溫帶針茅草原栗鈣土地帶的東部，與黑鈣土地帶接壤，因此，本區(qū)地帶性土壤為栗鈣土，局部有黑鈣土交錯(cuò)分布。由于地形條件和水文地質(zhì)條件的差異，本區(qū)內(nèi)尚發(fā)育草甸土、沼澤土、鹽土等非地帶性土壤。

圖牧吉保護(hù)區(qū)管轄的范圍主要是圖牧吉鎮(zhèn)的范圍，根據(jù)保護(hù)區(qū)的自然特點(diǎn)，保護(hù)對(duì)象的分布以及區(qū)劃的原則和依據(jù)，將保護(hù)區(qū)劃分為核心區(qū)、緩沖區(qū)、實(shí)驗(yàn)區(qū)三個(gè)功能區(qū)：

核心區(qū)：分為四個(gè)部分。

(1)馬鞍山核心區(qū)：面積83.07km

保護(hù)區(qū)主要保護(hù)對(duì)象為大鴇、丹頂鶴、白鸛等珍稀鳥類及其賴以生存的草原和濕地生態(tài)系統(tǒng)，圖牧吉保護(hù)區(qū)是全國(guó)唯一以保護(hù)大鴇為主的保護(hù)區(qū)。

植物

圖牧吉保護(hù)區(qū)位于松嫩平原西部的大興安嶺山前臺(tái)地。受半干旱氣候和水文狀況的影響，分布有大面積草原和濕地。植物種類較多、植物群落多樣。

植物種類：根據(jù)2013年初步調(diào)查統(tǒng)計(jì)，保護(hù)區(qū)境內(nèi)僅維管束植物有51種、160屬、253種(見(jiàn)附表)。其中以菊科、禾本科、豆科、莎草科和薔薇科種類最多，約128種，占保護(hù)區(qū)維管束植物種類的51%，其次為百合科、藜科、紫草科和毛茛科，以上9科共156種，占維管束植物的66%。10種以上的科，有8科，如藜科、薔薇科、豆科、紫草科、菊科、禾本科、莎草科和百合科。有4~9種的科有9科，如蓼科、毛茛科、大戟科、傘形科、報(bào)春花科、旋花科、玄參科、桔�？坪网S尾科。

植物類型：圖牧吉自然保護(hù)區(qū)內(nèi)的植被，主要是草原、濕地、草甸、水域植被、鹽沼和部分農(nóng)田。地帶性植被為草原。屬中濕型典型草原與草甸草原的過(guò)渡地帶。

動(dòng)物

圖牧吉保護(hù)區(qū)有廣闊草原、大面積的湖泡和沼澤濕地，尚有鹽沼和草甸等。多種多樣的植物群落，為動(dòng)物的棲息、繁衍提供了有利的條件，因此，動(dòng)物資源十分豐富。根據(jù)2013年初步調(diào)查統(tǒng)計(jì)，保護(hù)區(qū)內(nèi)僅脊椎動(dòng)物有28目71科309種。其中魚類有3目9科43種；兩棲類有1目3科5種，爬行類有2目3科7種；鳥類尤多，有17目46科310種；哺乳類有5目10科26種。其中有國(guó)家級(jí)保護(hù)動(dòng)物有46種，一級(jí)保護(hù)動(dòng)物有鳥類13種、國(guó)家二級(jí)保護(hù)動(dòng)物有鳥類47種、哺乳類1種。

2011年4月5日-5月5日，在內(nèi)蒙古圖牧吉國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)對(duì)春遷徙水類多樣性進(jìn)行了調(diào)查，共記錄到鳥類7目13科45種99567只次。共記錄到國(guó)家級(jí)重點(diǎn)保護(hù)鳥類13種26899只。

2014年8月20日至10月20為期兩個(gè)月，圖牧吉自然保護(hù)區(qū)將開展秋季野生動(dòng)物保護(hù)專項(xiàng)行動(dòng)。主要對(duì)獵捕、販運(yùn)野生動(dòng)物違法犯罪行為進(jìn)行嚴(yán)厲打擊，加強(qiáng)對(duì)野生動(dòng)物主要分布區(qū)、越冬地、繁殖地、遷飛停息地、集群活動(dòng)區(qū)域巡護(hù)管理，看護(hù)好轄區(qū)內(nèi)的圍欄，同時(shí)，更加注重保護(hù)宣傳工作，在保護(hù)區(qū)范圍內(nèi)積極營(yíng)造愛(ài)護(hù)野生動(dòng)物，保護(hù)自然生態(tài)的良好氛圍。

野生動(dòng)物救護(hù)中心

保護(hù)區(qū)是大鴇、丹頂鶴等珍禽鳥類的繁衍地和遷徙的重要停歇地，每年在保護(hù)區(qū)繁殖的大鴇數(shù)量在100對(duì)以上，夏季大鴇種群數(shù)量可達(dá)300余只。鳥類遷徙途經(jīng)保護(hù)區(qū)時(shí)常有鳥類因傷病死亡，或滯留保護(hù)區(qū)后由于缺乏救護(hù)條件而死亡的現(xiàn)象，故在哈達(dá)泡子南側(cè)新建珍稀野生動(dòng)物救護(hù)、繁殖站1處。建設(shè)辦公室、診療室、隔離觀察室、孵化室、幼雛室、檢疫室等300平方米，籠舍800平方米�，F(xiàn)已救護(hù)的鳥類14種156只，放飛雁鴨80余只。

圖牧吉大鴇國(guó)際研究中心

作為環(huán)境變化的指示動(dòng)物大鴇，已為人類敲響了早期警告信號(hào)，如不盡快采取最佳的保護(hù)管理措施，包括大鴇在內(nèi)的許多珍稀、美麗的動(dòng)物就可能會(huì)絕跡。為此，圖牧吉保護(hù)區(qū)與國(guó)家環(huán)保部、中國(guó)環(huán)境科學(xué)研究所合作，針對(duì)目前世界上瀕危鳥類大鴇急劇下降的趨勢(shì)開展科學(xué)研究，以便進(jìn)行更好地保護(hù)。大鴇為國(guó)家一級(jí)重點(diǎn)保護(hù)動(dòng)物，被列入中國(guó)瀕危動(dòng)物紅皮書中。近幾年來(lái)，保護(hù)區(qū)根據(jù)工作需要培訓(xùn)了野生動(dòng)物獸醫(yī)、鳥類飼養(yǎng)員和野生動(dòng)物馴化。成功的開展了大鴇人工孵化和半野化飼養(yǎng)，在大鴇研究的科研上取得了可喜的成績(jī)。在現(xiàn)有的基礎(chǔ)上、技術(shù)上依托中國(guó)環(huán)境科學(xué)研究所、東北林業(yè)大學(xué)和東北師范大學(xué)，力爭(zhēng)壯大野外大鴇種群。

圖牧吉自然保護(hù)區(qū)屬自然生態(tài)系統(tǒng)類別的“草原系統(tǒng)和內(nèi)陸濕地生態(tài)系統(tǒng)”類型，圖牧吉保護(hù)區(qū)草原、濕地面積較大，類型較多，是多種鳥類賴以生存的主要場(chǎng)所。因此，保護(hù)好境內(nèi)的草原、濕地，就會(huì)從根本上有效地保護(hù)境內(nèi)絕大多數(shù)鳥類。同時(shí)，圖牧吉保護(hù)區(qū)作為候鳥遷徙路線上的一個(gè)重要停歇地，對(duì)于全球生物多樣性具有重要意義。

自然博物館坐落于百靈湖南側(cè)，距離保護(hù)區(qū)科研樓9公里，于2006年6月投入使用，建筑面積達(dá)380平方米。博物館致力于“標(biāo)本收藏，科普教育，科學(xué)研究，觀賞娛樂(lè)”于一體，采用高科技的聲、光、電手段，模擬自然界中鳥獸的生活狀態(tài)，主要展示圖牧吉草原和濕地生態(tài)系統(tǒng)的原貌。圖牧吉自然博物館內(nèi)設(shè)序廳、電教廳和生態(tài)廳，生態(tài)廳內(nèi)有圖片展區(qū)、獸類展區(qū)和鳥類展區(qū)。走進(jìn)序廳，展現(xiàn)在眼前的是反映保護(hù)區(qū)全貌的沙盤，從這里可以了解到保護(hù)區(qū)的面積、區(qū)域類型等。圖片展區(qū)主要展示的是保護(hù)區(qū)豐富的植物資源和鳥類圖片。電教室可容納百余人觀看宣傳教育片，也是科普教育的重要基地。博物館可同時(shí)容納200多人同時(shí)參觀。

保護(hù)區(qū)的草原由針茅草原、山杏—針茅草原、羊草草原等類型，主要由大針茅、貝加爾針茅、山杏、線葉菊、羊草、冷蒿、隱子草、尖葉胡枝子等種類組成，保存相對(duì)完好，草被蓋度較大。保護(hù)區(qū)內(nèi)草原面積36890平方公里，占總面積的38.9%，是草原生態(tài)游的極佳場(chǎng)所。

百靈湖位于圖牧吉鎮(zhèn)自然保護(hù)區(qū)西北部，三面環(huán)山，一處注水，水面2000公頃，蓄水量7000萬(wàn)立方米，最深處17米，平均水深7米。湖中放養(yǎng)鯉魚、鰱魚、銀魚、草根魚、武昌魚、烏仔頭魚等魚種，年均捕撈鮮魚17.5萬(wàn)公斤，產(chǎn)值超百萬(wàn)元。百靈湖東依哈達(dá)山，山腳建有望湖亭、水上餐廳、蒙古包、跑馬場(chǎng)等，湖面有游泳區(qū)、游船區(qū)、釣魚區(qū)等。百靈湖度假村可同時(shí)接待200人就餐，日接待80人住宿。

圖牧吉水庫(kù)位于圖牧吉自然保護(hù)區(qū)的東部，庫(kù)容9900萬(wàn)立方米，壩高3.2米，長(zhǎng)2880米。這里盛產(chǎn)魚、蝦、蘆葦?shù)人�產(chǎn)品，多種珍稀鳥類在這里棲息繁衍。水庫(kù)始建于1983年（1985年底基本建成），水庫(kù)主要以保護(hù)生態(tài)和農(nóng)業(yè)灌溉為主，兼有防洪、養(yǎng)魚、養(yǎng)葦、旅游等作用。水庫(kù)總面積為12萬(wàn)畝，這里棲息著大量的野生鳥類，其中有世界瀕危物種白鵝，國(guó)家一級(jí)保護(hù)鳥類丹頂鶴、天鵝、白鸛等，共200余種。1993年，水庫(kù)中心建立了一座500平方米的湖心島。

保護(hù)區(qū)位于內(nèi)蒙古自治區(qū)興安盟扎賚特旗圖牧吉鎮(zhèn)，可先經(jīng)烏蘭浩特或從黑龍江泰來(lái)縣到扎賚特旗，再到圖牧吉。