瞿曇寺始建于明洪二十五年（1392年），三羅喇嘛三丹羅追在其駐地官隆洞興建了一座小佛堂，佛堂內(nèi)供奉持金剛，并派人赴南京請(qǐng)求明朝朝廷護(hù)持。

洪武二十六年（1393年），明太祖朱元璋賜名“瞿曇寺”，并任命三丹羅追為西寧僧綱司都綱。明朝初年的四位皇帝（明太祖、明成祖、明仁宗、明宣宗）先后下了7道敕諭，派太監(jiān)率工匠歷時(shí)36年修建完成瞿曇寺。其中，明朝永樂年間，明成祖下令擴(kuò)建瞿曇寺，并且用行政命令擴(kuò)大了該寺上層僧人的宗教首領(lǐng)地位及經(jīng)濟(jì)特權(quán)。明仁宗、明宣宗進(jìn)一步擴(kuò)大了該寺的政治經(jīng)濟(jì)特權(quán)。

明朝宣德二年（1427年），仿北京紫禁城太和殿的瞿曇寺隆國(guó)殿完工，瞿曇寺的規(guī)制更加宏偉。明朝初年，朝廷封瞿曇寺創(chuàng)寺僧人三羅喇嘛（即三丹羅追）為大國(guó)師，授西寧衛(wèi)僧綱司都綱，并封土地、劃林地，派兵保護(hù)寺院，連年布施及賞賜寶物，使瞿曇寺成為安多政教合一的大寺，是明朝同青海藏區(qū)進(jìn)行聯(lián)系，推行“撫邊”政策的樞紐。

瞿曇寺的僧眾到明朝末年達(dá)到500多人，清朝末年為300多人，1949年前夕為60多人。1958年前夕，該寺僅余18戶34人（其中活佛2人（智合倉(cāng)活佛倉(cāng)成善、卓倉(cāng)居巴倉(cāng)活佛梅居巴），完德12人）。瞿曇寺內(nèi)設(shè)有時(shí)輪學(xué)院。

1958年后，瞿曇寺成為青海省獲得保留的11座藏傳佛教寺院之一。

文化大革命期間，瞿曇寺被關(guān)閉，直到1980年重新開放。

1982年2月，瞿曇寺被國(guó)務(wù)院公布為第二批全國(guó)重點(diǎn)文物保護(hù)單位。

瞿曇寺是樂都南山地區(qū)最大的寺院。位于樂瞿曇寺都縣境內(nèi)距縣城25公里的瞿曇鄉(xiāng)，寺院選建在雄渾而清幽的風(fēng)水形勝之地，沿著南向偏東的軸線布局，背倚羅漢山，前臨瞿曇河，面朝鳳凰山，遠(yuǎn)可望雪山，同自然環(huán)境有機(jī)和諧地融成一體。寺院原圍有土城，形勢(shì)險(xiǎn)固，可惜僅存殘?jiān)珨啾凇?/p>

寺院建筑基本采用漢式廟宇形制，占地15000平方米，建筑面積約10000平方米，全寺由前、中、后三進(jìn)院落組成，并在一條中軸線上。從山門起的的中軸線上，依次為山門、金剛殿、瞿曇殿、寶光殿、隆國(guó)殿等大型宮殿式建筑，兩側(cè)則對(duì)稱地建有御碑亭、小鐘鼓樓、回廊、寶塔、配殿、經(jīng)堂、大鐘鼓樓等。其中，前區(qū)基本呈漢地佛寺“伽藍(lán)七堂”格局。后區(qū)巍峨壯麗，冠于全寺的隆國(guó)殿，兩翼有呈向上朝拱之勢(shì)連綴抄手斜廊，還有造型端莊的大鐘樓和大鼓樓對(duì)峙左右，則明顯仿自明代北京紫禁城的奉天殿（太和殿）和兩翼抄手斜廊以及文樓（體仁閣）、武樓（弘義閣）的布局意象。金剛殿是前中后殿的分界和過道，面積約110平方米，采用梁柱結(jié)構(gòu)，不施斗栱。瞿曇殿居中院前部，面積為170平方米，平面布局。前設(shè)有比較深的半敞式抱廈三間，而其他三面則為封閉式回廊，是比較典型的喇嘛寺院的格局。

瞿曇寺位于略呈正方形的城堡內(nèi)，該城堡為土城，名為“新城”。寺院占新城面積的三分之二，分為前、中、后三進(jìn)院落。寺院坐西北朝東南，中軸線上主要建筑依次為：

瞿曇寺現(xiàn)存明朝漢藏文對(duì)照御制碑以及明清匾額十塊，明朝宣德二年所鑄青銅大鐘一口，香爐三鼎，明鈸、象牙佛珠、檀香木佛珠，米拉日巴石雕像，明清皇帝所賜的金印、景泰藍(lán)花瓶、象牙塔等許多珍貴文物。該寺左右迥廊的壁畫大約四百平方米，主要為佛本生故事。寺內(nèi)還珍藏著《甘珠爾》、《丹珠爾》、《宗喀巴大師文集》等佛經(jīng)及著作三百多部，并有迎請(qǐng)自印度的舍利近百顆，供奉在佛塔內(nèi)。瞿曇寺現(xiàn)存文物中最引人注目的是"象背云鼓"。那是一只石雕臥像，背上托起木雕的疊云，疊云架起一面真鼓。石象高約1米，周5.3米。石象回首顧盼，鼻卷蓮花。

據(jù)寺碑記載:明代以前，在樂都縣南山坳里背山面水的地方就建有廟宇。公元1392年（明洪二十五年），朱元璋派兵到青海北部一帶追剿元兵殘部，當(dāng)?shù)夭刈迦瞬幻髑闆r也跟著亂跑，形成混亂局面，三羅喇嘛憑借聲望寫信招撫，是藏族部眾歸順了明王朝，這件事不僅使得青海地區(qū)結(jié)束了改朝換代造成的混亂局面，也使得朱元璋認(rèn)識(shí)到了以三羅喇嘛為代表的宗教勢(shì)力和在青海地區(qū)的作用和地位。公元1393年，三羅喇嘛去南京進(jìn)貢并請(qǐng)求對(duì)他的寺院給予護(hù)持和賜名，其實(shí)在當(dāng)時(shí)來說就是一座小小的佛堂而已，因寺院主三羅藏?fù)碜o(hù)明朝，朱元璋皇帝御賜題為"瞿曇"的金匾。，并且下令撥款建寺，這就是瞿曇寺得名的由來。從此，這座廟宇便定名"瞿曇"。 十五世紀(jì)初的明永樂年間，朱棣皇帝又賜三羅藏之侄班丹藏卜"頂凈覺宏濟(jì)大師"頭銜，令其主持寺院，提高了寺院地位。經(jīng)明朝洪熙、宣德兩代的擴(kuò)建，使瞿曇寺有了較大的規(guī)模。

瞿曇寺原來屬于藏傳佛教噶瑪噶舉派寺院。明朝末年，格魯派興起后，瞿曇寺改宗格魯派，出現(xiàn)智合倉(cāng)、卓倉(cāng)曼巴倉(cāng)、卓倉(cāng)居巴倉(cāng)三個(gè)活佛轉(zhuǎn)世系統(tǒng)。其中，智合倉(cāng)活佛系統(tǒng)將瞿曇寺的創(chuàng)建者三丹羅追追認(rèn)為第一世，歷世智合倉(cāng)活佛為該寺寺主。實(shí)際上，智合倉(cāng)活佛的轉(zhuǎn)世系統(tǒng)開始于清朝康熙年間獲封為“灌頂凈覺弘濟(jì)大國(guó)師”的班覺丹增。二世智合倉(cāng)活佛羅桑丹貝尼瑪、三世智合倉(cāng)活佛噶桑丹增嘉措、四世智合倉(cāng)活佛羅桑噶桑嘉措曾先后出任塔爾寺第三十六任、第五十六任、第七十六任法臺(tái)。卓倉(cāng)曼巴倉(cāng)活佛系統(tǒng)的羅桑貢卻尼瑪曾任塔爾寺曼巴扎倉(cāng)第十五任堪布。卓倉(cāng)居巴倉(cāng)活佛系統(tǒng)的噶桑扎西嘉措曾任塔爾寺居巴扎倉(cāng)第三十九任堪布及塔爾寺第五十任法臺(tái)。到1949年前夕，瞿曇寺的三個(gè)活佛系統(tǒng)僅余智合倉(cāng)、卓倉(cāng)居巴倉(cāng)兩個(gè)活佛系統(tǒng)，而卓倉(cāng)曼巴倉(cāng)活佛系統(tǒng)已經(jīng)消亡。

“花兒”是流傳于我國(guó)西北部民間的一種山歌，亦稱“少年”，主要流傳于甘肅、青海、寧夏與新疆等省區(qū)，在回、漢、東鄉(xiāng)、保安、藏、裕固等民族中廣泛流傳，被譽(yù)為“大西北之魂”、“活著的《詩(shī)經(jīng)》”。2006年，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，被列入我國(guó)首批非物質(zhì)文化遺產(chǎn)保護(hù)名錄。瞿曇寺“花兒會(huì)”演唱曲令有《碾伯令》、《白牡丹令》、《尕馬兒令》、《水紅花令》、《三閃令》等。它的最大特點(diǎn)是兩個(gè)陣營(yíng)的對(duì)歌。瞿曇寺“花兒會(huì)”是研究大型民俗活動(dòng)與地方文化發(fā)展關(guān)系最好的典型個(gè)案。

桑杰扎西：瞿曇寺創(chuàng)始人，宗教高僧。

班覺丹增：第一世（不計(jì)追認(rèn)）智合倉(cāng)活佛，清朝康熙年間獲清朝封為“灌頂凈覺弘濟(jì)大國(guó)師”。

阿旺宗哲（班覺丹增其侄）：被封為“灌頂凈覺弘濟(jì)大國(guó)師”。雍正元年，羅卜藏丹津反清，瞿曇寺受牽連，寺主阿旺宗哲被清朝囚禁于蘭州七年，清朝所賜的印誥也被收回。此后，瞿曇寺逐漸衰落。

海喇嘛：瞿曇寺開創(chuàng)者第一世智合倉(cāng)，并成為該寺寺主。

智合倉(cāng)活佛（倉(cāng)成山）：現(xiàn)任寺主，青海省平安縣人，1984年出家，師從卻藏活佛、卻西活佛，畢業(yè)于青海民族學(xué)院。曾任平安縣政協(xié)秘書長(zhǎng)，現(xiàn)任青海省佛教協(xié)會(huì)理事。

西寧汽車站（火車站對(duì)面）乘到樂都的長(zhǎng)途客車，路程80公里左右，票價(jià)10元左右，每20分鐘左右一班；樂都到瞿曇寺有班車，車程30分鐘，單程5元。

位于青海省樂都縣曲壇鄉(xiāng)所在地，南距縣城約17公里。