1961年畢業(yè)于山東大學(xué)、山東海洋學(xué)院。

1966年中國科學(xué)院海洋研究所研究生畢業(yè)，師從著名物理海洋學(xué)家、我國物理海洋學(xué)奠基人之一毛漢禮院士，后于MIT從事博士后研究三年。

中國科學(xué)院海洋研究所研究員。

在太平洋發(fā)現(xiàn)“棉蘭老潛流”，改變了有關(guān)太平洋西邊界流動(dòng)力學(xué)結(jié)構(gòu)的傳統(tǒng)認(rèn)識，對海洋經(jīng)向熱量輸送、平衡和氣候有重要影響；

在中國陸架發(fā)現(xiàn)中尺度渦“東海冷渦”，推進(jìn)了中國陸架環(huán)流的研究；

把地球化學(xué)上的“PO”（-135PO4+O2）在海洋中是獨(dú)立于氧的一個(gè)保守量的概念引入大洋環(huán)流反演模式，提高了反演模式的確定性和計(jì)算精度；

提出的浙江沿岸上升流非風(fēng)生機(jī)制，修正了傳統(tǒng)的風(fēng)生沿岸上升流理論；

發(fā)現(xiàn)并從動(dòng)力學(xué)上解釋了“在陸架上，上升流與海底軟泥沉積有密切關(guān)系”的科學(xué)現(xiàn)象，推進(jìn)了物理海洋與海洋沉積之間交叉學(xué)科領(lǐng)域的研究。

2001年當(dāng)選為中國科學(xué)院院士。

2015年胡敦欣領(lǐng)銜17位國內(nèi)外海洋學(xué)家和氣候?qū)W家合作撰寫的《太平洋西邊界流及其氣候效應(yīng)》評述文章在《自然》雜志正式發(fā)表。這是《自然》雜志首次發(fā)表有關(guān)太平洋環(huán)流與氣候研究的評述性文章，也是中國在該雜志發(fā)表的首篇海洋領(lǐng)域研究綜述文章。

現(xiàn)任第十屆全國人大代表，中國海洋湖沼學(xué)會(huì)理事長，國際黃海研究會(huì)會(huì)長，國際 SCOR 第 129 工作組（ DOES ：深海－陸架交換）成員等； “ The Yellow Sea ” 主編， “ Chinese Journal of Oceanology and Limnology ” 主編。曾在國際地圈生物圈計(jì)劃（ IGBP ）等 8 個(gè)國際學(xué)術(shù)組織任職。

從事海洋學(xué)研究四十余年， 在海洋環(huán)流、海氣相互作用和海洋通量等領(lǐng)域有多項(xiàng)科學(xué)發(fā)現(xiàn)和創(chuàng)新學(xué)術(shù)成就，是我國海洋通量研究領(lǐng)域的開拓者。

作為首席科學(xué)家在西太平洋開展了多年科學(xué)考察， 發(fā)現(xiàn)并命名了太平洋“棉蘭老潛流”，這是半個(gè)世紀(jì)來在西太平洋的兩大海洋科學(xué)發(fā)現(xiàn)之一，改變了有關(guān)太平洋西邊界流動(dòng)力機(jī)構(gòu)的傳統(tǒng)概念，是迄今為止唯一一支由中國人發(fā)現(xiàn)的洋流；

率先發(fā)現(xiàn)中國海陸架中尺度渦旋“東海冷渦”，開創(chuàng)了中國海中尺度渦旋的研究；

修正了沿岸上升流理論（將Hidaka 的定常、無限深海理論拓展到非定常、有限深海沿岸上升流理論），

提出了浙江沿岸上升流的非風(fēng)生理論，修正了傳統(tǒng)的風(fēng)生理論；

在國際上率先在東海開展陸架海洋通量研究，得出“東海是大氣二氧化碳弱匯區(qū)”的結(jié)論，為估價(jià)全球海洋吸收大氣二氧化碳的能力提供了重要依據(jù)；

發(fā)現(xiàn)并從動(dòng)力學(xué)上解釋了“陸架上，凡有上升流的地方，海底沉積必為軟泥”的科學(xué)現(xiàn)象，開拓了海洋環(huán)流動(dòng)力學(xué)與沉積動(dòng)力學(xué)的交叉學(xué)科研究領(lǐng)域。

多次參與國家地球科學(xué)基礎(chǔ)研究發(fā)展規(guī)劃的研討與制定；參與了多項(xiàng)國際前沿研究計(jì)劃的設(shè)計(jì)、制定和實(shí)施，并將有關(guān)研究引入中國，為推動(dòng)國內(nèi)外海洋學(xué)的發(fā)展做出了重要貢獻(xiàn)。

(1)在太平洋發(fā)現(xiàn)并命名“棉蘭老潛流”，改變了有關(guān)西太平洋環(huán)流動(dòng)力結(jié)構(gòu)的傳統(tǒng)認(rèn)識，是近半個(gè)世紀(jì)以來熱帶西太平洋兩項(xiàng)重要科學(xué)發(fā)現(xiàn)之一；（2）在中國陸架率先發(fā)現(xiàn)中尺度渦旋 “東海冷渦”，開創(chuàng)了中國陸架中尺度渦研究；（3）提出“浙江沿岸上升流的非風(fēng)生機(jī)制”，修正了此前關(guān)于風(fēng)生浙江沿岸上升流的傳統(tǒng)觀念；把經(jīng)典的無限深海沿岸上升流理論推廣至有限深海非定常理論；（4）發(fā)現(xiàn)并從動(dòng)力學(xué)上解釋了“陸架上，凡有上升流的地方，海底沉積必為軟泥”的科學(xué)現(xiàn)象，開拓了新的交叉學(xué)科研究領(lǐng)域；（5）在國際上率先開展陸架海洋通量研究，得出“東海是大氣二氧化碳匯區(qū)”的結(jié)論。幾十年來發(fā)表論文約200篇，專著6部；曾獲中科院重大科技成果一等獎(jiǎng)、自然科學(xué)二等獎(jiǎng)、“竺可楨野外科學(xué)工作獎(jiǎng)”獎(jiǎng)?wù)潞蛧�防科工委國防科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)等多項(xiàng)獎(jiǎng)勵(lì)。參與數(shù)項(xiàng)國際海洋前沿研究計(jì)劃（TOGA,WOCE,JGOFS等）的科學(xué)設(shè)計(jì)、制定和實(shí)施，并將有關(guān)研究引入中國。近幾年胡敦欣院士又帶領(lǐng)國內(nèi)外專家發(fā)起“西北太平洋海洋環(huán)流與氣候試驗(yàn)（NPOCE）”國際合作計(jì)劃，并任其科學(xué)指導(dǎo)委員會(huì)主席，為推動(dòng)國內(nèi)外海洋學(xué)的發(fā)展做出了重要貢獻(xiàn)。

在國內(nèi)外發(fā)表科學(xué)論文 150 余篇，出版專著 3 部。

曾獲中國科學(xué)院科技成果一等獎(jiǎng)，中國科學(xué)院自然科學(xué)二等獎(jiǎng)，國家海洋局海洋科學(xué)創(chuàng)新二等獎(jiǎng)和中國科學(xué)院 “ 竺可楨野外科學(xué)工作獎(jiǎng) ” 獎(jiǎng)?wù)拢�山東省專業(yè)技術(shù)拔尖人才稱號等。