安娜一世病逝之后，根據(jù)遺詔，外孫伊凡，即她外甥女安娜·列奧波利多芙娜和布倫瑞克公爵安東·烏爾里希所生的兒子成為俄羅斯的新皇帝。兩個月大的伊凡加冕成為伊凡六世，而安娜女皇的寵臣兼情人，庫爾蘭公爵比龍成為攝政王。

　　起初在所有的文告中，把襁褓之中的皇帝稱為伊凡三世，也就是從伊凡雷帝算起；但這樣產生混淆，比如當年彼得大帝同父異母的哥哥，伊凡五世就變成了伊凡二世，所以最后又改了回來，把皇位繼承排序從留里克王朝的伊凡一世算起。在俄羅斯的歷史文獻中，伊凡六世的正式稱呼是：伊凡六世（伊凡三世）安東諾維奇。

　　安娜女皇在病逝前，為指定誰來做皇帝，誰來做攝政王，頗頭疼了一番。安娜的意思是，無論如何不能讓彼得大帝的后人登上皇位。她把自己視為伊凡五世這一支系的繼承人，那么俄羅斯的皇帝必須從伊凡五世這一支系的后人中產生。選來選去，安娜女皇還是決定讓遠嫁德國布倫瑞克的外甥女安娜所生的兒子做皇帝。

　　至于攝政王，起初確實曾考慮讓伊凡的生父，布倫瑞克公爵烏爾里希來擔任。可是這位德國公爵來俄羅斯出任攝政王，在政治上風險太大，所以最后還是決定讓自己的老情人比龍在日后輔政。比龍的權勢在此時達到了頂峰：官拜封攝政王，封號庫爾蘭公爵，還兼任秘密刑訊衙門長官。安娜女皇在遺詔里還規(guī)定，皇位繼承的順序應該是伊凡，然后是外甥女安娜·列奧波利多芙娜所生子嗣，各自按照長幼次序繼承王位。在這樣一番苦心安排后，安娜女皇撒手人寰。

　　伊凡六世登基不到兩個禮拜，皇宮禁軍首領米尼赫率領禁軍，發(fā)動政變，逮捕了攝政王比龍。此后米尼赫在名義上擁戴伊凡六世的母親，安娜·列奧波利多芙娜擔任攝政王，但眾人清楚，孤兒寡母如何能統(tǒng)治國家，實權還是掌握在米尼赫等禁軍將領手中。

　　米尼赫掌權后不久，即被奧斯特爾曼伯爵推翻，米尼赫被撤銷官職，貶為庶民。奧斯特爾曼伯爵出任新的攝政王。但不出一年，再次發(fā)生宮廷政變，這一次是彼得大帝的女兒伊麗莎白發(fā)動政變，不僅僅是推翻了奧斯特爾曼，連同一歲多點的小皇帝及其母親等人統(tǒng)統(tǒng)逮捕，加以關押，伊麗莎白自己登上了俄羅斯皇帝位。

　　伊麗莎白登基后，面臨的第一件事就是如何處理伊凡六世。最初打算是將"布倫瑞克家族"驅逐出俄羅斯，但是后來擔心反對伊麗莎白的勢力將打著伊凡六世的旗號，在境外從事反俄活動，于是自1742年起，秘密將伊凡六世關押在不同地點，最后的關押地點成為靠近北極苦寒之地的霍爾莫格雷，即如今阿爾漢格爾斯克州境內。在這個監(jiān)獄里，伊凡六世被完全與世隔絕。

　　盡管這樣，伊麗莎白還是擔心有可能發(fā)生的政變，對伊凡六世仍不放心。1756年，伊凡六世又被押到圣彼得堡附近的施呂瑟爾堡（今彼得要塞）監(jiān)獄。在施呂瑟爾堡，伊凡六世仍舊被關在單間牢房里，與世隔絕，不允許他和任何人接觸，在整個關押期間沒有見到過一個人，其中也包括獄卒。但另有歷史文獻表明，在施呂瑟爾堡監(jiān)獄，忠于伊凡六世的人組織了他的學習和生活，給他講述了他的身世，教他學會了讀書寫字。自幼年起的關押生活使伊凡六世不但喪失了正常的表達能力，更神經失常，1762年伊麗莎白親自前往施呂瑟爾堡探監(jiān)時也證明了這一點。

　　伊麗莎白給監(jiān)獄長官下了一道密旨：只要一旦有人企圖劫獄，救出被關押的伊凡六世，獄卒的第一件事就是先殺死伊凡六世，總之不允許伊凡六世活著離開施呂瑟爾堡監(jiān)獄。應該說，伊麗莎白的這個做法還是很有先見之明的。

　　自從伊凡六世被轉押到施呂瑟爾堡監(jiān)獄后，支持伊凡六世的貴族們就開始暗中策劃解救他，然后自然就是迎伊凡復位；如果復位不成，至少也要把他救到國外去流亡。這個計劃一直持續(xù)到了1764年，當時已是葉卡捷林娜二世在位。

　　1764年，施呂瑟爾堡的看守人員中有一位叫做米羅維奇的少尉軍官，擔任了解救行動的主要執(zhí)行者。當日米羅維奇值班，他說服了部分獄卒，發(fā)動武裝暴動，包圍了監(jiān)獄，試圖解救伊凡六世。在危急關頭，監(jiān)獄長官拿出當年伊麗莎白的密旨，先是當眾宣讀，然后奉旨處死了伊凡六世。這一轉折根本出乎眾人意料之外，誰也沒想到伊麗莎白竟然留有這樣一手，米羅維奇等人頓時手足無措，解救行動就此流產。 此后米羅維奇被逮捕，押解到圣彼得堡，以叛國罪被砍頭。

　　伊凡六世遺體被埋葬在施呂瑟爾堡附近，但具體位置不詳。伊凡六世是俄羅斯君主中唯一下葬地址不明的人，至今他的殘骸仍沒有被找到。