1830年5月，厄瓜多爾脫離大哥倫比亞共和國，他就被任命為新的國家的最高行政長官。并于8月14日后出任臨時總統(tǒng)。9月22日，他正式當(dāng)選為憲法總統(tǒng)。1833年10月，比森特·羅卡富埃特起兵反抗弗洛雷斯，但遭到失敗被俘。由于羅卡富埃特尊重的地位與許多支持者，羅卡富埃特與弗洛雷斯談判解決，以及從監(jiān)獄獲釋。協(xié)議讓弗洛雷斯完成他的任期，而后由羅卡富埃特任總統(tǒng)，弗洛雷斯則在掌有軍隊(duì)控制權(quán)。羅卡富埃特任期結(jié)束后，弗洛雷斯繼任總統(tǒng)，兩人矛盾再次爆發(fā)，羅卡富埃特離開厄瓜多爾抗議，經(jīng)過短暫的叛亂，羅卡富埃特和比森特·拉蒙·羅卡于1845年3月6日推翻弗洛雷斯，他被迫流亡。

妻子梅塞德斯(Mercedes Jijón de Vivanco)，1824年結(jié)婚，有12個孩子，兒子安東尼奧·弗洛雷斯·希洪1888年也擔(dān)任過厄瓜多爾總統(tǒng)，胡安·何塞·弗洛雷斯1864年因尿毒癥去世。