1878年2月3日生于東京，其父矢部長禎是家庭醫(yī)生，其兄是植物學(xué)家矢部吉禎，1901年畢業(yè)于日本東京帝國大學(xué)地質(zhì)學(xué)系。留學(xué)德國、奧地利和美國。1908 年回國后創(chuàng)辦了東北大學(xué)理學(xué)部地理學(xué)科。 1911-1939年曾任日本東北大學(xué)教授，學(xué)士院會員(1925)，日本地質(zhì)學(xué)會、日本古生物學(xué)會會長。

　　矢部長克曾研究日本列島的地質(zhì)構(gòu)造化石和古生物，認(rèn)為日本列島早在一百萬年以前的冰河期就與大陸分離，在研究了從古生代到全新世大量動植物化石的基礎(chǔ)上，于1920年首先確立了北海道石狩煤田的白堊系和新生界的化石層序。他對白堊系和第三系的界線，對上新世和更新世的氣候變遷和冰河演替，以及海底地形變動等方面，作過多次論述。

　　1918年，他發(fā)現(xiàn)了幾乎呈南北向貫穿日本中部的大斷層，命名為系魚川-靜岡構(gòu)造線，并對此構(gòu)造線的性質(zhì)和形成機制作了深入研究，發(fā)表了《西南日本中央構(gòu)造線》(1960)等文。1925 年把日本新生代劃分為秋津、高千穗、瑞穗、敷島四系。1930年后，他多從事珊瑚、層孔蟲和有孔蟲類化石的研究，晚年又對志留系和泥盆系以往的研究結(jié)論作了補充修正。主要著作有《北海道白堊紀(jì)頭足類化石》(1903)、《第三紀(jì)以來九州的地史概要》(1925)和《關(guān)于西南日本領(lǐng)家變質(zhì)巖體外翼位置的推斷》(1963)等。1953 年獲日本文化勛章。1969年被授予勛一等瑞寶章。1969年6月23日卒于東京。其子矢部一郎是東北大學(xué)圖書館員。