她只身到 北京，考入高等女子師范（今 北京師范大學(xué)），1911年畢業(yè)。畢業(yè)后第二年，在 辛亥革命的洪流激蕩下，她懷著一腔熱血，奔赴祖國西南邊陲廣西，受聘就任廣西桂林省立女子師范校長，與她同行赴任執(zhí)教的是同班摯友周蕪君，她們在那里探索“提高女子教育、振興女權(quán)”的道路。1915年，兩人又不辭辛苦南渡 婆羅洲，余佩皋擔(dān)任婆羅洲山口洋中華學(xué)校校長。當(dāng)時那里經(jīng)濟(jì)落后，文化不振，交通不便，環(huán)境不靖，生活艱苦，她們卻孤軍深入偏遠(yuǎn)山區(qū)，開創(chuàng)華僑教育事業(yè)。

余佩皋鑒于當(dāng)時新加坡是華僑愛國進(jìn)步活動的中心，革命氣氛高漲，有較好的創(chuàng)業(yè)環(huán)境，便輾轉(zhuǎn)來到新加坡。此時， 莊希泉在新加坡經(jīng)營中華國貨公司，探索“實(shí)業(yè)救國”與“教育救國”的道路，兩人志同道合，便共同創(chuàng)辦新加坡南洋女子師范學(xué)校（今南洋女子中學(xué)前身），著重培養(yǎng)華僑學(xué)校師資。余佩皋任校長， 莊希泉任董事長。這是南洋女子教育之先驅(qū)。余、莊傾盡心力辦學(xué)，師生員工通力合作，使這所學(xué)校聞名南洋。

11月7日，在并肩斗爭中風(fēng)雨同舟的 莊希泉、余佩皋，宣布“組織新家庭”�；槎Y從簡，只在同德書報社開了一個演說會。星馬總督敗訴后惱羞成怒，在莊、余新婚的第二天，再次下令逮捕 莊希泉，并宣布將他“永遠(yuǎn)驅(qū)逐出境”。余佩皋不甘示弱，直奔殖民政府“華民政務(wù)司”，昂首而進(jìn)，嚴(yán)辭質(zhì)問�！把蟠笕恕北蛔穯柕谜Z無倫次，丑態(tài)百出。她以不畏難、不怕險、不屈不撓的斗爭精神享譽(yù)南洋僑界，人們稱贊她是“女界中錚錚的人物”。

12月5日，余佩皋受“ 華僑學(xué)務(wù)維持處”推選，肩負(fù)南洋400萬華僑、300多所華僑學(xué)校師生爭取“享有共辦教育、學(xué)習(xí)華文的權(quán)利”之重托，只身回國呼吁各界支持。

1920年12月27日，余佩皋抵上海，拜訪各界要人并到各團(tuán)體、各機(jī)關(guān)、各報館發(fā)表演說，陳述她作為華僑代表返國爭取聲援的意義和目的。黃炎培先生特邀余佩皋到青年會發(fā)表演說。各界群情激昂，紛紛發(fā)出抗議書，分致英國外交部、英國駐華公使及有關(guān)當(dāng)局。

1月5日，余佩皋帶病離浦口赴 北京。1月7日抵 北京，她即演講宣傳，四處呼吁，多次赴外交部、教育部，直接向外交總長顏惠慶呈遞請愿書，申述僑胞之急情。 北京學(xué)生聯(lián)合會、福建旅京學(xué)生會，均開會作出決議，以實(shí)際行動支持南洋僑胞的斗爭。

當(dāng)時，全國各報先后刊登有關(guān)此事的通電、通告和 公函，廈門、 北京、上海等地學(xué)生團(tuán)體紛紛成立后援會，一時震動全國。

盡管輿論聲援，群情鼎沸，無奈 北洋政府腐敗無能，交涉失敗。余佩皋回國請愿歷時一年又三個月，最后懷著無限憤慨的心情回到廈門。此后，余佩皋決心在自己的國土上， 重振旗鼓，繼續(xù)辦學(xué)。

在愛國僑胞的支持下，1922年5月1日，廈門廈南女學(xué)正式開辦。廈南女學(xué)后改為“廈南女子中學(xué)”（簡稱廈南女中）并附設(shè)小學(xué)。余佩皋的辦學(xué)宗旨是教育與救國相結(jié)合。她提倡自由、科學(xué)、反帝、反封建，開展歌舞、戲劇活動，推廣普通話。抱著為中華民族爭光、為海外僑胞爭氣的赤誠之心，她與教師們盡心協(xié)力，把廈南女中辦得生氣勃勃。

中國共產(chǎn)黨第三次全國代表大會決定建立革命統(tǒng)一戰(zhàn)線，進(jìn)行反帝、反封建斗爭。改組后的國民黨奉行“聯(lián)俄、聯(lián)共、扶助農(nóng)工”三大政策。1924年，周恩來派江董琴由廣州到廈門，組織國民黨福建省臨時省黨部，這個黨部在國民革命軍東路軍總指揮部成立之前就一直在中國共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)下進(jìn)行活動。余佩皋、 莊希泉參加了省黨部工作，均任執(zhí)行委員。

日本帝國主義及國民黨右派對此極為惱恨，相互勾結(jié)，日本人借口 莊希泉是日本統(tǒng)治的臺灣籍民，以所謂“臺灣籍民參加外國政治結(jié)社”為罪名，將莊希泉拘禁，于7月28日，將他押送臺灣。余佩皋聞訊，義憤填膺，帶領(lǐng)廈南女中師生和各界群眾1000多人，到碼頭抗議示威。反動勢力將余佩皋視為眼中釘、肉中刺，必欲除之而后快。8月24日，她開完會回家，途經(jīng)二十四崎，突遭槍擊，幸而子彈只穿透衣袖，未傷及身體。面對明槍暗箭，她毫不畏懼退縮，人們稱她為“奇女子”、“女界之丈夫”。

當(dāng)時，廣東革命浪潮蓬勃發(fā)展，余佩皋便把自己的獨(dú)生兒子 莊炎林交托在廈南女中執(zhí)教的摯友周蕪君撫養(yǎng)，離開廈門，到廣東參加北伐軍。

2月，余佩皋被調(diào)往福州，任國民黨福建省黨部執(zhí)行委員、婦女部長。她直接參加工人運(yùn)動，到工廠宣傳婦女解放的道理，發(fā)動女工參加革命斗爭。1927年4月3日，國民黨右派在福州發(fā)動反革命政變，大舉“清黨”，屠殺共產(chǎn)黨人，余佩皋和 莊希泉經(jīng)友人相助幸而脫險，她仍被通緝。大革命失敗后，她和 莊希泉毅然離開了國民黨。那時，周恩來、鄧穎超曾托人送信給 莊希泉夫婦，問候致意。此后，余佩皋、 莊希泉流亡菲律賓，在 馬尼拉和愛國華僑王雨亭創(chuàng)辦《前驅(qū)日報》。余佩皋繼續(xù)奔走于菲律賓、廈門、上海等地，在中國共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)下堅持秘密革命活動，興辦教育。

8月間，余佩皋在蘇州突患急性上升性脊髓炎，兩腳全失去知覺，繼而逐漸蔓延到腹部、胸部，遂致全身麻痹。9月12日，逝世于上海紅十字醫(yī)院。中外醫(yī)學(xué)專家均不明病因，據(jù)說此病當(dāng)時在中國為第一例。余佩皋本著科學(xué)精神，臨終前囑咐其夫 莊希泉、胞弟余壽浩，將其遺體獻(xiàn)給醫(yī)院，使醫(yī)學(xué)界得有新發(fā)現(xiàn)，以造福人群。人們稱頌她“愛國愛群，至死不衰”。余佩皋逝世后，上海、廈門、新加坡等地都舉行了隆重的追悼大會。