貝納爾年輕時(shí)的雄心是成為一位作家。他離開學(xué)校，在一位藥劑那里得到一個(gè)助手的職位，這樣就能在空閑的時(shí)間更有效地進(jìn)行寫作。他寫了一部相當(dāng)成功的輕歌舞喜劇，然后就創(chuàng)作一部五幕的大型傳統(tǒng)劇，劇名叫做《布列塔尼的亞瑟》。1834年，他到巴黎去請(qǐng)教一位著名的批評(píng)家吉拉爾丹。這位批評(píng)家讀了貝納爾的劇本，并且勸這位年輕人盡力去學(xué)習(xí)醫(yī)學(xué)。為了這一勸告，真該給這位批評(píng)家一枚大獎(jiǎng)?wù)隆Ｘ惣{爾真的照著吉拉爾丹意見辦了，靠做工來(lái)維持上學(xué)，雖然他書念得并不很好，但在1843年于法蘭西學(xué)院取得了醫(yī)學(xué)學(xué)位。隨而作為 馬讓迪*的助手而嶄露頭角。1855年 馬讓迪逝世，貝納爾就繼他而成為教授。

貝納爾不定期是索邦的生理學(xué)教授，而且拿破侖三世本人為保證發(fā)揮貝納爾的實(shí)驗(yàn)才能，在1868年給他建造了一所特殊的實(shí)驗(yàn)室。貝納爾從馬讓迪那里吸取了實(shí)驗(yàn)生理學(xué)的基本原理，但是有別于他的老師，貝納爾對(duì)實(shí)驗(yàn)進(jìn)行非常仔細(xì)的計(jì)劃和綜合分析。在貝納爾的引導(dǎo)之下，實(shí)驗(yàn)生理學(xué)進(jìn)入了成熟階段。 貝納爾一系列最重要的發(fā)現(xiàn)，開端于一項(xiàng)對(duì)消化作用的研究。他使用動(dòng)物來(lái)做實(shí)驗(yàn)，給動(dòng)物人工造瘺----使消化管道與體外相通的開口。對(duì)于消化作用的某些重要的早期研究，是 博蒙特*在因意外事故而形成了瘺的人身上作出的，貝納爾不打算等待意外事件，而通過(guò)手術(shù)給動(dòng)物人工造瘺。（為此，他受到那時(shí)反對(duì)在活體動(dòng)物身上作醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)的人們的嚴(yán)厲批評(píng)，其中包括他的妻子和兩個(gè)女兒。貝納爾的妻子對(duì)他進(jìn)行活體解剖深為憤怒，她給反活體解剖的協(xié)會(huì)提供了大量經(jīng)費(fèi)，并且在1870年即與貝納爾合法分居）。在貝納爾以前，人們一直認(rèn)為胃是進(jìn)行消化的唯一地方。貝納爾通過(guò)實(shí)驗(yàn)證實(shí)，胃并非是唯一進(jìn)行消化作用的部位。雖然確有一些消化作用是在胃部進(jìn)行的，然而胃只不過(guò)是消化過(guò)程的前室。貝納爾把食物直接放進(jìn)小腸的起始部（即十二指腸）胰腺把它的分泌液傾注到這里來(lái)，貝納爾揭示出在整個(gè)小腸進(jìn)行著主要的消化過(guò)程，胰液則是一種極重要的起消化作用的物質(zhì)，特別是能分解脂肪分子。 1851年，貝納爾發(fā)現(xiàn)某些神經(jīng)使血管擴(kuò)張，另一些神經(jīng)則使血管收縮，通過(guò)這種方式，身體能夠控制體熱的分布。在炎熱的日子里，體熱需要有效地輻射出去，皮膚的血管便收縮。正是由于這種緣故，人們?cè)跓岬臅r(shí)候臉部潮紅，而在冷的時(shí)候則變得蒼白。貝納爾還證明，正是血液里的紅血球?qū)⒀鯕鈴姆尾枯斔偷浇M織中去。對(duì)貝納爾來(lái)說(shuō)，這正好作為一種例證，說(shuō)明身體里有一些機(jī)制在起作用，使得身體能不管外界環(huán)境的變化，而盡力保持一種恒定的內(nèi)環(huán)境。貝納爾進(jìn)一步證示，身體里這種精細(xì)的平衡不僅僅局限在物理特性，而且也包括了化學(xué)反應(yīng)。1856年他發(fā)現(xiàn)在哺乳動(dòng)物的肝臟糖元由血糖（葡萄糖）合成，作為一種碳水化合物的儲(chǔ)備貯存在那里，需要的時(shí)候，便能再分解成為葡萄糖。無(wú)論是糖元的合成還是分解，都取決于身體的精細(xì)狀態(tài)，取決于各種組織的能量需要，取決于小腸內(nèi)食物的供應(yīng)等等，然而其最后的結(jié)果是糖元合成與分妥的平衡，正好調(diào)整得使血液里糖含量保持穩(wěn)定。這是破天荒頭一次清晰地指出，動(dòng)物體不僅能把復(fù)雜的分子分裂為簡(jiǎn)單的分子（分解代謝或異化作用），而且，象植物有機(jī)體一樣，能夠由葡萄糖這樣的小分子組建成象糖元這樣的大分子（合成代謝或同化作用）。當(dāng)然，假如身體和平衡被推逼得太厲害，平衡也能被擾亂。貝納爾揭示出，一氧化碳的毒性作用在于它能阻礙氧和血紅蛋白的結(jié)合。身體不可能得快地抵銷缺氧而免于死亡。這是第一次成功地解釋了一咱藥物對(duì)身體起作用的特定方式。貝納爾不接受達(dá)爾文*的進(jìn)化論。

一般說(shuō)來(lái)法國(guó)的生物學(xué)家，甚至偉大的巴斯德*也比歐洲其他地方以及美國(guó)的生物學(xué)家對(duì)達(dá)爾文主義更懷敵意。這部分地是由于仍然記著更早半個(gè)世紀(jì)兩個(gè)偉大的法國(guó)人拉馬克*和居維葉*的學(xué)說(shuō)。