從清順治十六年(1659)起，他參考二十一史、100多種地方志和其他大量文獻，并盡一切可能“覽城廓，按山川，稽道里，問關(guān)律”，實地考核異同，歷時30余年，編著成130卷、280萬字的《讀史方輿紀(jì)要》。前 123卷敘述歷代州域形勢（圖1 ）， 以明末清初的行政區(qū)劃，分述各省、府、州、縣的疆域沿革、山川形勢、城市集鎮(zhèn)、關(guān)塞險隘、津梁道路等。后6卷敘述川讀異同，“昭九州之脈胳”。末1卷敘述分野，明“俯察仰視”之義。附“輿圖要覽” 4卷，有當(dāng)時全國總圖、各省分圖、邊疆分圖以及黃河、海運、漕運分圖�！蹲x史方輿紀(jì)要》著重考訂古今郡、縣的變遷，和推論山川關(guān)隘戰(zhàn)守的利害，是中國沿革地理最具代表性的著作，也是研究中國歷史地理和軍事地理的重要參考文獻（圖2 ）。晚年，曾參與編纂《大清一統(tǒng)志》。

　　宋以后，專講地理沿革的著作間有所出，特別是明末以降，學(xué)者有感于“空談心性”的誤國殃民，提倡實學(xué)之風(fēng)大盛。顧炎武曾作《天下郡國利病書》一百二十卷，主旨在于“務(wù)質(zhì)之今日所可行而不為泥古之空言”�！蹲x史方輿紀(jì)要》更是詳論“山川險易，古今用兵戰(zhàn)守攻取之宜，興亡成敗得失之跡”。前者重在講地理條件和政治、經(jīng)濟的關(guān)系，后者重在講地理條件和軍事的關(guān)系。顧祖禹在一首詩曾說：“重瞳帳下已知名，隆準(zhǔn)軍中亦漫行。半世行藏都是錯，如何壇上會談兵�！贝嗽姷臏\意是說，在項羽的軍隊終都很出名（史記上說項羽重瞳子，重瞳指項羽），在劉邦軍中也可以隨便走（劉邦外號叫隆準(zhǔn)公，就是大鼻子）。可惜半輩子所做的都是錯的，怎么能夠紙上談兵。這首詩正可為他一生的追求作注腳。

　　顧祖禹，字復(fù)初。柔謙精于史學(xué)，嘗謂：“明一統(tǒng)志於戰(zhàn)守攻取之要，類皆不詳山川，條列又復(fù)割裂失倫，源流不備。”祖禹承其志，撰讀史方輿紀(jì)要一百三十卷，凡職方、廣輿諸書，承譌襲謬，皆為駁正。詳於山川險易，及古今戰(zhàn)守成敗之跡，而景物名勝皆在所略。創(chuàng)稿時年二十九，及成書，年五十矣。寧都魏禧見之，嘆曰：“此數(shù)千百年絕無僅有之書也！”以其書與梅文鼎歷算全書、李清南北史合鈔稱三大奇書。祖禹與禧為金石交，禧客死，祖禹經(jīng)紀(jì)其喪。徐乾學(xué)奉敕修一統(tǒng)志，延致祖禹，將薦起之，力亂罷。后終于家。

　　顧祖禹和《讀史方輿紀(jì)要》

　　顧祖禹編寫《讀史方輿紀(jì)要》前后歷時三十余年，可以說是以畢生精力盡于此書。他身遭亡國之痛，但卻始終堅持志節(jié)，不求名于時，不求祿于世，長期生活在“貧賤憂戚”的環(huán)境里，寄心事于著述，實在難能可貴。他的目的是很明確的，那就是保存故國文獻，以便在將來反清復(fù)明的大業(yè)中作出貢獻。他的摯友江西寧都魏禧很了解他，認(rèn)為他“深思遠(yuǎn)識，有在于言語文字之外”。他在開始編寫《紀(jì)要》時，曾有“含饑草傳秋窗永，隱隱空山有哭聲”，“江底可憐沉鐵鎖，掌中猶喜撫金甌”的詩句，可見他是以無限沉痛的心情來編寫此書的。《紀(jì)要》是一部記敘地理沿革、戰(zhàn)爭形勢的歷史地理專著，它不僅是歷史地理研究者必讀之書，也是歷史研究者不可缺少的重要史籍。因其編寫體例便于翻檢，也可以作為一部歷史地理方面的工具書使用。全書一百三十卷，附錄《輿圖要覽》四卷，共二百八十余萬字。它按照明末行政區(qū)劃分區(qū)敘述歷史地理沿革，詳記史實，大體可以分作四個部分：

　　第一部分，《歷代州域形勢》九卷，按歷史順序編排，記唐虞三代、春秋戰(zhàn)國、秦、兩漢、三國、晉、南北朝、隋、唐、宋、元、明各朝之方國、州、郡、府、縣等政治區(qū)劃和沿革，使“學(xué)者一展玩而州域之分合，形勢之重輕，了然于中，然后可以條分縷析，隨處貫通”。

　　第二部分，南北直隸十三省，分省紀(jì)要一百一十四卷，記直隸、江南、山東、山西、河南、陜西、四川、湖廣、江西、浙江、福建、廣東、廣西、云南、貴州等省內(nèi)的州、縣、山、川、關(guān)、衛(wèi)的位置和原委。每省卷首都冠以概論形勢的總序一篇，論其在歷史上最重要之點，務(wù)使全省形勢了然。各卷論述，均自撰綱目，自作注釋。每府亦仿此例，而所論更分析詳密。每縣則記轄境內(nèi)主要山川、關(guān)隘、橋、驛及城鎮(zhèn)等。例如所記直隸密云縣（今屬北京市），不僅列有主要山川如密云山、白檀山、霧靈山、九尾嶺、白河、潮河、要水等，還記有歷史上存在過的白檀、要陽、厗奚、安市、燕樂、行唐等廢縣，漁陽城以及要地古北口、石塘嶺關(guān)、白馬關(guān)、曹家寨、墻子嶺關(guān)、峨嵋山寨、石匠營、李家莊、保安鎮(zhèn)、金溝館等十余處。又在每一地名下自作小注，如“行唐廢縣”之小注云：“在縣東，本定州屬縣。遼志，太祖阿保機掠定州、破行唐，盡驅(qū)其民，北至檀州，擇曠土居之，凡置十寨，仍名為行唐縣。金廢�！庇秩纭皾O陽城”注云：“孔穎達云，在縣南十八里，秦郡治此。二世發(fā)閭左戍漁陽，即此城也。”（卷十一，中華書局本，一冊５１１——５１７頁）

　　第三部分，《川瀆》六卷，采錄歷代地理書中對于山川、江河的記載，“以川瀆異同，昭九州之脈絡(luò)也”。

　　第四部分，天文《分野》一卷，列歷代史志有關(guān)各地星宿分野之說。

　　附錄《輿圖要覽》四卷，則自京師各省、邊疆漕運以至海洋等，都有圖表，“以顯書之脈絡(luò)”。

　　《紀(jì)要》對歷代都邑形勢、山川險要、戰(zhàn)守事跡、河渠水利等等，皆能上下古今，詳加論述，既便考證，又便使用。其編著體裁，也頗為新穎，如歷代州域篇，則以朝代為經(jīng)，而以地理為緯；京省形勢篇，則以地理為經(jīng)，而以朝代為緯，經(jīng)緯互持，縱橫交用。

　　《紀(jì)要》最大特點，是具有極為濃厚的軍事地理特色，經(jīng)世致用思想貫穿始終。他象父親柔謙一樣，痛心于明朝統(tǒng)治者不會利用山川形勢的險要，不會汲取古今用兵成敗的教訓(xùn)，所以此書對于山川險易、古今用兵、戰(zhàn)守攻取之宜，興亡成敗之跡，敘述最詳，而于景物游覽之勝，則多從略，以便為未來的反清復(fù)明的大業(yè)作出貢獻。正因為這樣，所以張之洞的《書目答問》將它列入兵家；梁啟超也認(rèn)為此書“實為極有別裁之軍事地理學(xué)”，“其著述本意，蓋將以為民族光復(fù)之用”（《中國近三百年學(xué)術(shù)史》，中華書局１９４３年重慶重排初版３１８頁）。

　　《紀(jì)要》的另一特點，是它不僅包括歷代疆域、政區(qū)的演變，也還包括自然地理（如河渠的變化）和經(jīng)濟地理（如食貨、屯田、馬政的變化）。他對歷代經(jīng)濟進行過研究，也寫過論文，但可惜皆散失了，好在“其大略僅錯見于篇中”（《紀(jì)要．凡例》）。他雖然沒有專列經(jīng)濟地理變化一項，但他仍為我們研究經(jīng)濟地理，如交通的變遷，城市的興衰，漕運的增減以及經(jīng)濟中心的轉(zhuǎn)移等提供了許多資料。書中對于各省區(qū)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)特點的扼要概述，使我們可以了解這些地區(qū)歷史上農(nóng)業(yè)發(fā)展的概況，例如他談到四川省時說：“志稱蜀川土沃民殷，貨貝充溢，自秦漢以來，迄于南宋，賦稅皆為天下最�！保ň砹�十六，四川一，中華本，三冊２８５３頁）至于河流的改道，湖泊的變遷，都直接影響著當(dāng)?shù)亟?jīng)濟的各個方面，與人民的生活息息相關(guān)。書中對此不僅在各省區(qū)都有分論，還特別專列篇章，對幾條重要的江河，窮源竟委地加以敘述。例如他在書中用了兩卷篇幅（《川讀》卷一二五、一二六），對黃河的。發(fā)源、流經(jīng)、變遷、河患等詳加敘述。他對明代統(tǒng)治者一貫消極治河、積極保運，只求南糧北運，而不顧黃河下游兩岸人民死活的錯誤作法，給予無情的斥責(zé)。

　　《紀(jì)要》的第三個特點，就是由于作者治學(xué)謹(jǐn)嚴(yán)，考證精詳，糾正了前人的一些重大錯誤。例如，漢代長安西南的昆明池本是模擬昆明國的洱海（在今云南大理）的形狀開鑿的，但自從晉代臣瓚在《漢書音義》中誤把今昆明市的滇池當(dāng)作洱海以來，迷惑學(xué)者達一千三百年之久，直到顧祖禹在《紀(jì)要》里才把這一錯誤糾正過來，把漢代長安的昆明池和昆明國的關(guān)系弄清楚（卷一百十三，西洱河，中華本，六冊４５９０頁）。

　　可見《紀(jì)要》確是一部取材豐富、考訂精詳、結(jié)構(gòu)嚴(yán)整的歷史地理著作，它不論在那一方面都超過了諸如《元和郡縣志》、《太平寰宇記》、《輿地紀(jì)勝》、《方輿勝覽》等前人的歷史地理著作。而后來用官府之力，集眾手而成的《大清一統(tǒng)志》修成后，《紀(jì)要》不但不廢，而且仍為學(xué)者所重視，也是證明。直到今天，它仍然是歷史地理研究工作者的重要參考書。

　　《紀(jì)要》在史實和地理位置方面也有一些錯誤，前人和近人時有發(fā)現(xiàn)，書中之筆誤以及傳寫和刻印過程中出現(xiàn)的錯別字亦復(fù)不少。但瑕不掩瑜，跟它的貢獻比起來又微不足道了。

　　《紀(jì)要》的《歷代州域形勢》部分，在康熙五年（１６６６年）顧祖禹三十六歲時，由無錫華家刻印，僅五卷。全書在祖禹死后一百一十九年嘉慶十六年（１８１１年），才由四川龍萬育之敷文閣刻印出版。此后有道光三年，（１８２３年）之活字本、光緒九年（１８８３年）之石印本、光緒二十五年（１８９９年）上海鉛印本，以及同年新化鄒代過之三味書室刻本等版本。１９３７年商務(wù)印書館之“萬有文庫”本，系據(jù)龍本排印。１９５５年，中華書局又據(jù)商務(wù)之原紙型重印，分訂六巨冊，頗便翻閱。中華書局于重印前曾取鄒本與之對勘，發(fā)現(xiàn)“兩本頗有異同，末四卷圖說，出入尤大，而考諸有關(guān)載籍及文義，大抵以鄒本為精審”。中華書局重印本，“除于萬有文庫本排校上之顯然錯誤酌予改正外，其余仍照原本。所有原本與鄒本異同出入”，又“擇要列舉”了長達十六頁的二本異同表，附于全書之末，以供參考（《讀史方輿紀(jì)要校記》，中華本，六冊５７０９頁）。

　　《紀(jì)要》地名，按省、府、州、縣之順序排列，讀者查找明代縣級以上地名，雖也便于翻檢；但由于它收錄地名在三萬條以上，而又卷帙浩繁，讀者如欲查找古代地名，則又頗感困難。日人青山定男有鑒于此，于１９３０年至１９３２年間編輯《讀史方輿紀(jì)要索·支那歷代地名要覽》一書（１９３３年，日本東方文化學(xué)院東方研究所出版），于每一地名下，注明原書卷數(shù)及所隸省縣，并參考當(dāng)時出版之五種史地雜志，注明當(dāng)時之方位所在。名為索，實兼地名辭典性質(zhì)，頗為有用。但此索之缺點是：只收州域形勢及各直省之地名，未收《川瀆》、《輿圖》中地名；往往有誤一地為二地者（如福建崇安縣與江西鉛山縣接界，中間有一分水關(guān)，而索卻誤為二地）；《紀(jì)要》原本有錯誤者，索亦未能予以改正（如福建南平市，于元代為南劍路，《紀(jì)要》誤作南建路，索亦誤作南建路），則頗為可惜。