2002年，12歲的馮卓毅被成都市足協(xié)從武漢帶到了成都，成為成都市足協(xié)下屬德瑞足球培訓(xùn)中心的首批學(xué)員。

2009年，馮卓毅進(jìn)入成都謝菲聯(lián)一線隊(duì)名單，開始職業(yè)足球生涯。2009年8月6日，入選了中國足協(xié)公的新一屆中國國奧足球隊(duì)的25人集訓(xùn)大名單。

2012年4月7日，在聯(lián)賽第四輪客場和福建駿豪的比賽中射進(jìn)職業(yè)生涯的首個(gè)進(jìn)球，幫助成都謝菲聯(lián)2比2戰(zhàn)平對手。

2013年1月31日，轉(zhuǎn)會加盟中國足球超級聯(lián)賽球隊(duì)廣州富力。

2012年04月08日，中甲第4輪比賽中，成都謝菲聯(lián)隊(duì)客場挑戰(zhàn)福建駿豪隊(duì)，在1比2落后的不利局面下，第80分鐘，馮卓毅小角度吊射，球飛過出擊的門將頭頂飛進(jìn)球門。這也是他的首個(gè)聯(lián)賽進(jìn)球。馮卓毅賽后感嘆：“3年職業(yè)聯(lián)賽第一球，真的是鐵樹開花啊�！�

2012年5月5日，中甲聯(lián)賽第八輪，成都謝菲聯(lián)客場挑戰(zhàn)深圳紅鉆，在0：1落后情況下，第60分鐘，馮卓毅禁區(qū)弧附近一腳大力射門，將球打進(jìn)，扳平了比分，可惜的是深圳隨后又入一球，最終1：2敗北。

2012年5月19日，中甲聯(lián)賽第10輪，成都隊(duì)客場挑戰(zhàn)延邊隊(duì)，雙方戰(zhàn)成2：2，第82分鐘，馮卓毅打入制勝一球。這一次是王存送出斜傳，延邊隊(duì)防守漏人，馮卓毅輕松得球突入禁區(qū)低射中的。這也是馮卓毅連續(xù)第三場破門。依靠馮卓毅的絕殺，成都謝菲聯(lián)續(xù)寫了延邊克星的神話，3-2戰(zhàn)勝延邊長白虎。

2009年全運(yùn)會，男足排名賽，馮卓毅打進(jìn)全場唯一進(jìn)球，幫助四川隊(duì)1：0淘汰江蘇隊(duì)。

2016年7月2日，中超聯(lián)賽第15輪，河南建業(yè)憑借馮卓毅的進(jìn)球1-0戰(zhàn)勝國安。

2016年7月27日，中國足協(xié)公布中超第19輪后紅黃牌及停賽通知，馮卓毅因吃到本賽季第二張紅牌，因此將被停賽2場。

馮卓毅，技術(shù)全面，攻守能力均衡，能勝任中后場多個(gè)位置，原效力成都謝菲聯(lián)隊(duì)，司職后衛(wèi)，由于他具有一定進(jìn)攻組織能力和技術(shù)特點(diǎn)，后改造為中場，主要出任后腰位置。

2013年1月31日，廣州富力足球俱樂部正式宣布與球員馮卓毅簽約。該球員將于今日與球隊(duì)會合備戰(zhàn)新賽季中超聯(lián)賽。

2016年2月26日下午，河南建業(yè)俱樂部官方宣布引進(jìn)5名球員，并同時(shí)宣布2名功勛球員離隊(duì)。建業(yè)引進(jìn)的5名球員分別是王國明、牟善韜、潘嘉俊、馮卓毅、陳灝，離隊(duì)兩名球員分別是呂建軍、雷永馳。