姬路藩士石本勝左衛(wèi)門第六子。1869年，作為開成所姬路藩（兵庫縣）貢進(jìn)生進(jìn)京，在大學(xué)南校學(xué)習(xí)。陸軍幼年學(xué)校、陸軍士官學(xué)校入學(xué)。西南戰(zhàn)爭(zhēng)隨軍，1877年7月，工兵少尉任官。1878年12月，畢業(yè)于陸士(舊1期)。以后法國(guó)留學(xué)，1881年8月楓丹白露炮工學(xué)校畢業(yè)，翌年回國(guó)。歐洲差遣(意大利)，參謀本部第3局第2課員，參謀本部第2局員。陸軍省軍務(wù)局工兵事務(wù)科長(zhǎng)，工兵科長(zhǎng)，筑城本部長(zhǎng)，兼陸軍炮工學(xué)校長(zhǎng)，1898年3月晉升陸軍少將。 陸軍總務(wù)長(zhǎng)官，日俄戰(zhàn)爭(zhēng)的時(shí)候的陸軍次官(兼任法務(wù)局長(zhǎng))輔佐寺內(nèi)正毅陸軍大臣。1904年10月晉升陸軍中將。1907年9月成為男爵。1911年8月，在第2次西園寺公望內(nèi)閣中就任陸軍大臣，這是第一個(gè)非薩長(zhǎng)兩藩出身的陸軍大臣。辛亥革命的時(shí)候，身為臨時(shí)大總統(tǒng)的孫中山，偕同秘書長(zhǎng)胡漢民同三井財(cái)團(tuán)代表森恪及宮崎滔天、山田純?nèi)�郎�?huì)談。孫中山表示："當(dāng)此次舉事之初，余等即擬將滿洲委之于日本，以此希求日本援助中國(guó)革命。孫中山開出的價(jià)碼只有區(qū)區(qū)1500萬日元。這件事最后就是因?yàn)槭�本新六的反�?duì)沒有辦成。原因是按照軍部的的觀點(diǎn)，在中日、日俄兩次戰(zhàn)爭(zhēng)中，滿洲是日本人為之拋灑珍貴的鮮血的地方，理應(yīng)享有一切權(quán)益，而無須以金錢收買。后來因?yàn)殛戃妿熢鲈O(shè)問題成為懸案，2個(gè)師團(tuán)增設(shè)的要求被內(nèi)閣拒絕，在任中死去。后任的陸軍大臣由上原勇作擔(dān)任。

妻子時(shí)陸軍教授安達(dá)松太郎的妹妹安達(dá)鳳子，嗣子實(shí)業(yè)家石本惠吉，次子滿鐵理事石本憲治，三子陸軍中將石本寅三。四子?xùn)|京帝國(guó)大學(xué)教授石本巳四雄。五子陸軍少將石本五雄（娶的是陸軍大將町田經(jīng)宇的女兒）。女婿法學(xué)博士瀧川政次郎。哥哥陸軍中佐石本繩索。外甥陸軍少將安達(dá)十六。陸軍中將安達(dá)十九。陸軍中將安達(dá)二十三。