姬路藩士石本勝左衛(wèi)門第六子。1869年，作為開成所姬路藩（兵庫縣）貢進生進京，在大學南校學習。陸軍幼年學校、陸軍士官學校入學。西南戰(zhàn)爭隨軍，1877年7月，工兵少尉任官。1878年12月，畢業(yè)于陸士(舊1期)。以后法國留學，1881年8月楓丹白露炮工學校畢業(yè)，翌年回國。歐洲差遣(意大利)，參謀本部第3局第2課員，參謀本部第2局員。陸軍省軍務局工兵事務科長，工兵科長，筑城本部長，兼陸軍炮工學校長，1898年3月晉升陸軍少將。 陸軍總務長官，日俄戰(zhàn)爭的時候的陸軍次官(兼任法務局長)輔佐寺內(nèi)正毅陸軍大臣。1904年10月晉升陸軍中將。1907年9月成為男爵。1911年8月，在第2次西園寺公望內(nèi)閣中就任陸軍大臣，這是第一個非薩長兩藩出身的陸軍大臣。辛亥革命的時候，身為臨時大總統(tǒng)的孫中山，偕同秘書長胡漢民同三井財團代表森恪及宮崎滔天、山田純?nèi)�郎會談。孫中山表示："當此次舉事之初，余等即擬將滿洲委之于日本，以此希求日本援助中國革命。孫中山開出的價碼只有區(qū)區(qū)1500萬日元。這件事最后就是因為石本新六的反對沒有辦成。原因是按照軍部的的觀點，在中日、日俄兩次戰(zhàn)爭中，滿洲是日本人為之拋灑珍貴的鮮血的地方，理應享有一切權益，而無須以金錢收買。后來因為陸軍師增設問題成為懸案，2個師團增設的要求被內(nèi)閣拒絕，在任中死去。后任的陸軍大臣由上原勇作擔任。

妻子時陸軍教授安達松太郎的妹妹安達鳳子，嗣子實業(yè)家石本惠吉，次子滿鐵理事石本憲治，三子陸軍中將石本寅三。四子東京帝國大學教授石本巳四雄。五子陸軍少將石本五雄（娶的是陸軍大將町田經(jīng)宇的女兒）。女婿法學博士瀧川政次郎。哥哥陸軍中佐石本繩索。外甥陸軍少將安達十六。陸軍中將安達十九。陸軍中將安達二十三。