中平五年（188年）八月，漢靈帝開始設置西園八校尉。任命小黃門蹇碩為上軍校尉，虎賁中郎將袁紹擔任中軍校尉，屯騎校尉鮑鴻擔任下軍校尉，議郎曹操擔任典軍校尉，趙融擔任助軍左校尉，馮芳擔任助軍右校尉，諫議大夫夏牟擔任左校尉，淳于瓊擔任右校尉，都由蹇碩統(tǒng)一指揮。

后來，淳于瓊追隨袁紹，成為其麾下將領。

興平二年（195年）冬天，漢獻帝在曹陽被李傕等人追逼，沮授勸說袁紹：“將軍世代擔任朝廷宰相，歷代以忠義輔助國家�，F(xiàn)在天子四處流離，宗廟被破壞，但觀察各州郡，雖然外表打著義兵的招牌，內(nèi)心實際打對方的主意，就沒有憂慮關注國家為百姓著想的意思。而且冀州城大體平定，軍隊強大，士人歸附，去西邊迎接皇上，將鄴縣作為皇宮，挾制天子而號令諸侯，畜養(yǎng)兵馬來討伐不向王庭朝拜的人，有誰能夠抵御呢？”袁紹準備聽從沮授的計策。淳于瓊和郭圖阻止說：“漢朝王室衰敗，為時很久了�，F(xiàn)在想振興王室，不也太難了嗎？再說，英雄同時興起，各自占領州郡，聯(lián)合聚集徒眾，動輒有上萬人，這正像秦朝失去帝位，先得到的人成為天子�，F(xiàn)在接來天子，動不動就要上書奏聞皇上，服從則權力太小，不服從則違抗皇命，這不是一種好辦法�！本谑谡f：“現(xiàn)在接來天子，在道義上是合理的，在時機上是合宜的。如果不早決定，必定有其他人先去迎接。權變不可失去時機，成功不可嫌其快速，希望您考慮�！睗h獻帝的登基本來不合袁紹的意愿，所以袁紹沒有采納。

建安四年（199年），沮授諫阻與曹操決戰(zhàn)，違背袁紹的心意，郭圖等進讒說：“沮授監(jiān)管內(nèi)外，威權震動三軍，如果他逐漸強盛，用什么辦法控制他呢？臣下與君主權力一樣，國家就滅亡，這是《黃石》書中所忌諱的。再說，統(tǒng)率外面軍隊的人，不宜參預內(nèi)政�！痹�紹于是將沮授統(tǒng)管的職權分為三個都督，讓沮授和郭圖、淳于瓊每人主管一軍，但未來得及實行。

建安五年（200年），淳于瓊與顏良、郭圖攻白馬，遭曹操輕兵掩襲，倉猝逆戰(zhàn)，主將顏良被斬，淳于瓊軍敗而走。兩軍對峙于官渡。

同年十月，袁紹使淳于瓊率兵萬余，押運糧車，宿營北四十里之烏巢，沮授建議派出蔣奇在其外圍，以為巡邏，袁紹沒有聽從。

正當官渡之戰(zhàn)處于對峙之際，袁紹謀士許攸因家人犯法被捕而投靠曹操，并告訴曹操關于袁軍糧草內(nèi)部的一切秘密。

曹操聽后，留下曹洪、荀攸防守大營，親自率領五千名步騎兵出擊。軍隊一律用袁軍的旗號，兵士嘴里銜著小木棍，把馬嘴綁上，以防發(fā)出聲音，夜里從小道出營，每人抱一捆柴草。經(jīng)過的路上遇到有人盤問，就回答說：“袁公恐怕曹操襲擊后方輜重，派兵去加強守備。”聽的人信以為真，全都毫無戒備。到達烏巢后，圍住袁軍輜重，四面放火，袁軍營中大亂。正在這時，天已漸亮，淳于瓊等看到曹軍兵少，就在營外擺開陣勢，曹操進軍猛擊，淳于瓊等抵擋不住，退守營寨，于是曹軍開始進攻。

袁紹聽到曹操襲擊淳于瓊的消息，派輕兵去援救淳于瓊，而派重兵進攻曹軍大營。袁紹增援的騎兵到達烏巢，曹操左右有人說：“敵人的騎兵逐漸靠近，請分兵抵抗。”曹操怒喝道：“敵人到了背后，再來報告！”曹軍士兵都拼死作戰(zhàn)，于是大破袁軍，斬領將眭元進、韓莒子、呂威璜、趙睿等首級，割下淳于瓊的鼻，殺士卒千余人，將他們所有鼻割下，連同牛、馬的舌頭一同送往袁軍，袁軍將士大驚。此戰(zhàn)，曹軍還燒掉袁軍全部存糧。

淳于瓊為曹將樂進所虜獲，被帶到曹操面前。曹操問淳于瓊說：“你今天弄成這樣，是什么源故？”淳于瓊答：“勝負乃天所控制的，問我干什么？”曹操想要留下淳于瓊性命，許攸勸諫說：“以后他照鏡子（看到自己的鼻子被割了），不會忘記今天的（恥辱和仇恨）。”聽完，曹操同意殺淳于瓊。

《三國演義》：“高覽、張郃、淳于瓊等俱世之名將�！�

在小說《三國演義》中，淳于瓊本為漢右軍校尉，后為袁紹部將。官渡之戰(zhàn)，淳于瓊督領二萬人馬守烏巢，整日酗酒無備。曹操率軍偷襲，淳于瓊醉臥而不能迎敵，戰(zhàn)敗被擒，糧谷被燒，曹操命割去其耳鼻手指，縛于馬上放回。袁紹怒而斬之。

1994年電視劇《三國演義》：周萬紅飾演淳于瓊。