1999年，李慧瓊首次參加區(qū)議會選舉，當(dāng)時25歲的她首次于九龍城區(qū)議會土瓜灣北（G13）選區(qū)參與直選并勝出，而其姑姑李蓮則在馬頭角選區(qū)連任，并成為當(dāng)時香港最年輕的女性區(qū)議員，其后在2003年及2007年于同區(qū)成功連任。

立法會選舉方面，她在2004年加入 民建聯(lián)（香港民主建港協(xié)進(jìn)聯(lián)盟），并隨曾鈺成名單排名第三參選2004年立法會選舉九龍西地區(qū)直選，但由于比例代表制下未能晉身立法會。2008年，由于港島區(qū)的前民建聯(lián)主席 馬力過世，黨內(nèi)重量級人馬 曾鈺成被派往港島區(qū)參選，于是李慧瓊便被看中被排在民建聯(lián)名單首位出戰(zhàn)2008年立法會選舉九龍西選區(qū)，最后憑著民建聯(lián)與工聯(lián)會的催谷下輕松勝出，更成為該區(qū)之選票量最高名單。值得著意的是，她在多次選舉中與不少議員一樣有同時以民建聯(lián)與工聯(lián)會的政黨聯(lián)系參選。

2006年，李慧瓊獲政府委任為中央政策組非全職顧問。

2012年，李慧瓊獲香港特別行政區(qū)行政長官梁振英任命為香港行政會議非官守議員。

2012年9月9日，李慧瓊以277143票當(dāng)選香港立法會區(qū)議會（第二）功能組別議員（俗稱超級區(qū)議員）。

2015年4月，當(dāng)選為民建聯(lián)新一屆黨主席，成為該黨創(chuàng)黨近23年來最年輕的黨主席，亦是首位女主席。

2016年3月，李慧瓊辭任行政會議成員 。

2018年1月24日，政協(xié)第十二屆全國委員會常務(wù)委員會第二十四次會議通過，任命李慧瓊為中國人民政治協(xié)商會議第十三屆全國委員會委員。

2008年初，李慧瓊代表民建聯(lián)以九龍城區(qū)議會議員的身份去信區(qū)議會小組及立法會，要求將沙中線土瓜灣站由原來的土瓜灣道近九龍城碼頭與翔龍灣之位置遷往宋皇臺道交界，被指其在宋皇臺道附近的傲云峰擁有物業(yè)，且為土瓜灣北選區(qū)的議員，有利益沖突之嫌。事件后來獲區(qū)議會內(nèi)建制派、民協(xié)區(qū)議員及港鐵的支持，卻引起一些南土瓜灣居民包括近九龍城碼頭一帶的翔龍灣與偉恒昌新村的居民不滿，后更成立南土瓜灣關(guān)注組以爭取權(quán)益。李慧瓊又建議透過輕軌列車將前啟德機(jī)場用地的郵輪碼頭與規(guī)劃中之沙中線接軌。

李慧瓊曾被指與民建聯(lián)的經(jīng)濟(jì)事務(wù)副發(fā)言人及援交問題項(xiàng)目負(fù)責(zé)人陳仲翔盜用援交少女之資料向外發(fā)布了《援交調(diào)查第三期》報(bào)告，卻被指原來是剽竊自關(guān)注性工作者權(quán)益組織的紫藤的20名援交少女之資料。紫藤直斥民建聯(lián)之行為可恥，并發(fā)表嚴(yán)正聲明指出“沒有與民建聯(lián)合作任何有關(guān)援交的調(diào)查，亦為民建聯(lián)欺騙公眾、向公眾作出不誠實(shí)公告的行為感到遺憾。”李慧瓊等民建聯(lián)成員指2009年6月開始展開合作關(guān)系，交流保護(hù)援交少女的看法；雙方立場不盡相同，但仍決定進(jìn)一步合作，如其后共同草擬文件予警方、與警方會面和出席論壇等。李慧瓊堅(jiān)持不會就事件道歉，且反駁調(diào)查是民建聯(lián)跟紫藤合作調(diào)查所得，認(rèn)為紫藤的“可恥論”為言過其實(shí)，并指對方的聲明措辭過份強(qiáng)烈，又反指從沒有表示不準(zhǔn)引用有關(guān)資料。紫藤方面指無法接受有關(guān)解釋，重新申明對民建聯(lián)的可恥譴責(zé)維持不變。

2009年12月25日，有署名“762”的網(wǎng)民于上傳名為《我的師姐李慧瓊》的短片，指李慧瓊是香港科技大學(xué)首位成為立法會議員的畢業(yè)生，更指她為“科大之光”。

2010年1月，李慧瓊拒絕簽署由世界自然基金會發(fā)起支持將 瀕危物種藍(lán)鰭吞拿魚列入《瀕危野生動植物物種國際貿(mào)易公約》限制其貿(mào)易以加強(qiáng)保育的聲明，其中的原因之一竟是因?yàn)榕畠簮鄢匀毡静�，怕女兒會因�(yàn)槔罨郗偤炇鸸�約而不喜歡。

2010年5月，李慧瓊于選區(qū)內(nèi)張示英文橫額，原意是關(guān)懷少數(shù)族裔（Caring for ethnic minorities），但職員將橫額寫成“Caring for ethic minorities”，直譯為“關(guān)懷道德少數(shù)”。時事評論員林忌撰文影射李慧瓊，稱她其實(shí)是關(guān)懷民建聯(lián)這個“少數(shù)道德無恥”的組織。

香港最大政治團(tuán)體民主建港協(xié)進(jìn)聯(lián)盟(民建聯(lián))副主席、特區(qū)立法會議員李慧瓊認(rèn)為，反對派議員聯(lián)署反對政改方案，動搖了中央與反對派溝通對話的基礎(chǔ)，不僅對推進(jìn)香港民主進(jìn)程沒有幫助，更會帶來反效果。她對李飛取消下月訪港感到可惜。