1808年，穆斯塔法四世決定處死被罷黜的塞利姆三世以平息叛亂。塞利姆三世被殺，馬哈茂德二世則被母親娜克希迪爾安全看管。接下來(lái)的叛亂又將穆斯塔法四世廢黜，馬哈茂德二世遂成為蘇丹，這次叛亂的領(lǐng)袖阿朗達(dá)爾·穆斯塔法帕夏（Alemdar Mustafa Pasha）成為馬哈茂德二世的維奇爾。

對(duì)于當(dāng)初嘗試謀殺馬哈茂德二世的傳言有很多。十九世紀(jì)奧斯曼史學(xué)家塞弗德特帕夏（Cevdet Pasha）認(rèn)為一個(gè)格魯吉亞籍宮女聽(tīng)聞皇宮里殺害塞利姆三世的騷動(dòng)后收集一些灰塵。當(dāng)行刺者來(lái)到馬哈茂德二世所在的宮殿時(shí)。宮女把灰塵投向行刺者的臉上，讓馬哈茂德二世得以跳窗逃亡，并爬到宮殿頂部，跑到第三庭院的屋頂。那里的侍衛(wèi)發(fā)現(xiàn)了他，合力用衣服打結(jié)成梯讓他下來(lái)。叛亂的首領(lǐng)阿朗達(dá)爾與他的武裝分子看到塞利姆三世的尸體，于是奉馬哈茂德二世為君主。那名叫絲芙莉·卡爾法的宮女在事后被任命為后宮的財(cái)務(wù)大臣，以表彰她的英勇和忠誠(chéng)。在后宮黃金大道上的一條石階梯稱(chēng)為絲芙莉·卡爾法之階，傳言當(dāng)時(shí)的事發(fā)地點(diǎn)就在階梯附近。

1807年政變而使穆斯塔法四世上臺(tái)，也導(dǎo)致了改革終止。馬哈茂德二世登基后重新開(kāi)始改革，他的統(tǒng)治前十年是蘇丹娜太后娜克希迪爾執(zhí)政。1817年后他才開(kāi)始自己統(tǒng)治。馬哈茂德二世頒布一條法令，廢除征收法庭，并移除帕夏許多權(quán)力。那些被判流放及死刑的犯人，他們的財(cái)產(chǎn)會(huì)被充公。第二條法令廢除了土耳其統(tǒng)治者以他們的意愿決定他人生死的權(quán)力，“他們假定沒(méi)有判罰的權(quán)力，沒(méi)有判處他人死刑的權(quán)力，除非得到法官判決的授權(quán)和法官的允許”。馬哈茂德二世又創(chuàng)立了上訴機(jī)制，如果犯人堅(jiān)持上訴，蘇丹會(huì)作出終審。

馬哈茂德二世在改革的同時(shí)，他自身也開(kāi)始出席底萬(wàn)及議會(huì)，不再隱退后宮不問(wèn)國(guó)事。自底萬(wàn)在蘇萊曼一世建立以來(lái)，蘇丹不參與底萬(wàn)的行為被視為帝國(guó)衰落的原因之一。

馬哈茂德二世亦要應(yīng)付有關(guān)瓦克夫（Waqf，宗教財(cái)產(chǎn)）的濫用問(wèn)題，規(guī)管這些收入，但馬哈茂德二世不敢冒險(xiǎn)去動(dòng)用這些資源在行政上。

馬哈茂德二世在位時(shí)，帝國(guó)的財(cái)政陷入危機(jī)。某些社會(huì)階級(jí)受到高稅額的壓迫。為了解決這些問(wèn)題，馬哈茂德二世于1834年2月22日發(fā)布一條法令，宣布禁止官員向穿州過(guò)省的民眾收取費(fèi)用，除了法定的征稅，其他的收款都屬于濫收。馬哈茂德二世說(shuō)道：“沒(méi)有人會(huì)不知道，我有責(zé)任去杜絕這些令人憤怒的行為以回饋臣民的支持，竭力去減輕他們的負(fù)擔(dān)，以確保和平穩(wěn)定。這些壓迫的行為違抗了神的旨意，也違抗了帝國(guó)的旨意。”

雖然人頭稅可透過(guò)服軍役減免，但這是政府官員長(zhǎng)期壓迫斂財(cái)?shù)耐緩健?834年的法令同時(shí)廢除了這種征稅模式，稅項(xiàng)只能夠由卡迪（法官）、穆斯林政府官員及地區(qū)首長(zhǎng)組成的委員會(huì)收集。除此之外，政府也被簡(jiǎn)化及強(qiáng)化，一些閑置的部門(mén)被廢，并重新組織皇室，禠奪這些沒(méi)有工作的貴族稱(chēng)號(hào)及沒(méi)有功能的政府官員。

馬哈茂德二世有效地整頓軍事采邑。這些軍事采邑是為了供養(yǎng)舊制下的軍事力量，到馬哈茂德二世時(shí)，這些軍事采邑已失去作用。馬哈茂德二世將軍事采邑與公眾捐獻(xiàn)連在一起，強(qiáng)化了國(guó)家資源，消除了腐敗。他堅(jiān)決地壓制一些地區(qū)的世襲領(lǐng)袖（他們有指定繼承者的權(quán)力），這些世襲領(lǐng)袖是奧斯曼封建制度里的一大弊病。

馬哈茂德二世順利地削減這些地方封臣，并沒(méi)有遇到太大的阻力及發(fā)生叛亂，最終僅在塞浦路斯一地仍保有這些世襲領(lǐng)袖。

1826年，馬哈茂德二世廢除了土耳其新軍耶尼塞里，并建設(shè)現(xiàn)代化的軍隊(duì)，命名為新秩序（Nizam-? Cedid）。1827年，奧斯曼帝國(guó)在納瓦里諾海戰(zhàn)敗予英法俄聯(lián)合艦隊(duì)，并失去了希臘。馬哈茂德二世下令要優(yōu)先重建奧斯曼海軍。奧斯曼帝國(guó)海軍在1828年建成第一艘蒸汽船。1829年，馬赫姆迪葉號(hào)于伊斯坦布爾金角灣落成，這曾經(jīng)是世上最大的戰(zhàn)船。這艘62x17x7米的戰(zhàn)列艦在三個(gè)甲板上配備128門(mén)大炮。

他亦重視傳統(tǒng)，致力振興箭術(shù)運(yùn)動(dòng)。他又讓箭術(shù)學(xué)徒穆斯塔法·簡(jiǎn)尼記載土耳其弓的歷史、構(gòu)造及用法，土耳其制弓匠因此而來(lái)。

在他的統(tǒng)治時(shí)期，奧斯曼帝國(guó)開(kāi)始分裂，在馬哈茂德二世統(tǒng)治早期，埃及總督穆罕默德·阿里在第一沙特王國(guó)（First Saudi State）手上重新征服圣城麥地那及麥加。希臘在1821年發(fā)生革命，1827年，英國(guó)、法國(guó)及俄國(guó)的聯(lián)合海軍于納瓦里諾海戰(zhàn)（Battle of Navarino）擊敗奧斯曼帝國(guó)海軍。在此后的1832年7月，奧斯曼帝國(guó)簽訂君士坦丁堡條約，承認(rèn)希臘的獨(dú)立地位。這一事件與1830年法國(guó)占領(lǐng)阿爾及利亞一起被視為奧斯曼帝國(guó)分崩析離的開(kāi)端。帝國(guó)內(nèi)非土耳其裔人聚居的地區(qū)，尤其是歐洲，都各自展開(kāi)獨(dú)立運(yùn)動(dòng)。

1831年，由于沒(méi)有兌現(xiàn)當(dāng)初要埃及派兵鎮(zhèn)壓希臘起義時(shí)的承諾，埃及總督穆罕默德·阿里派他的兒子易卜拉欣帕夏出兵敘利亞，他兩度出兵鎮(zhèn)壓，但陸軍司令戰(zhàn)死，海軍司令投敵，到他死的那個(gè)月，帝國(guó)處于完全無(wú)防務(wù)階段。要不是英國(guó)外長(zhǎng)帕麥斯頓強(qiáng)硬逼迫埃及退兵，帝國(guó)完全可能立即崩潰。

馬哈茂德二世死于肺結(jié)核，另有傳言指他在1839年在阿斯馬蘇丹那宮被謀殺。大量群眾參加馬哈茂德二世的葬禮，向他致意。他的兒子阿卜杜勒-邁吉德一世繼位。