執(zhí)教經(jīng)歷
崔萬軍曾執(zhí)教遼寧少年隊、中國女籃、國青男籃等球隊。
2005年，崔萬軍作為蔣興權(quán)的助手執(zhí)教遼寧隊。
2007年，作為15名被選中的中國教練之一赴美學(xué)習(xí)，輔佐NCAA名帥卡利帕里執(zhí)教孟菲斯大學(xué)，并協(xié)助球隊打進NCAA四強。
學(xué)成歸來后，崔萬軍成為江蘇同曦男籃的主教練，帶領(lǐng)球隊獲得2010、2011賽季NBL籃球聯(lián)賽總冠軍。
2011年，崔萬軍與江蘇同曦男籃合同到期，他回到家鄉(xiāng)沈陽，出任東北大學(xué)名譽顧問，幫助東大籃球隊征戰(zhàn)大超聯(lián)賽。
2012年4月5日，崔萬軍出任新疆廣匯男籃主教練。
2014年6月，崔萬軍離開新疆廣匯隊。
2014年12月3日，CBA新疆廣匯飛虎俱樂部官方發(fā)布消息，崔萬軍代替郜樹敏繼續(xù)執(zhí)教新疆隊，在合同期內(nèi)繼續(xù)履行主教練一職。
2015年6月8日，執(zhí)教CBA福建SBS潯興男籃。
2017年4月，擔(dān)任廣州龍獅男籃主教練。
2018年5月8日，廣州男籃宣布主教練崔萬軍離任。
任教合作
結(jié)束合作
2014年10月11日，新疆廣匯俱樂部確認由之前率新疆青年隊兩奪全國冠軍的郜樹敏接替崔萬軍，成為新疆廣匯新任教練，崔萬軍正式結(jié)束與新疆隊兩年的合作。
2014年6月，崔萬軍離開新疆后一直沒有帶隊訓(xùn)練。崔萬軍與新疆隊因合同的細節(jié)和條款存在分歧，解約已成定局；被曝光后，新疆隊隨即發(fā)布聲明，強調(diào)與崔萬軍的合同尚未到期，他暫時因身體原因離開球隊，并回遼寧處理一些個人事務(wù)。
崔萬軍表示自己對新疆隊很有感情，但因為家庭和組織的原因，他不得不離開他剛剛帶出成績的新疆隊。
再度合作
2014年12月3日，新疆男籃官方發(fā)布聲明：
新疆廣匯籃球俱樂部天山農(nóng)商銀行隊教練組作出調(diào)整，郜樹敏先生，由于身體原因多次向俱樂部提出不再擔(dān)任主教練一職，經(jīng)俱樂部慎重考慮，同意其申請。崔萬軍先生已完成個人工作關(guān)系的協(xié)調(diào)，在合同期內(nèi)繼續(xù)履行主教練一職。
國家隊
2016年4月12日，中國籃協(xié)通過官方網(wǎng)站正式公布了備戰(zhàn)里約奧運會的球隊教練組名單，崔萬軍在列。
