正統(tǒng)年中，郭瑾升為都給事中。正統(tǒng)六年（1441），巡撫周忱命他清查南京刑獄，由于評議罪獄很慎重、仔細(xì)，因而保全了數(shù)百條人命。因為他議論宦官王振而逆忤了皇帝的意旨，被調(diào)出京城出任潯州知州。不久他又被恢復(fù)原官。正統(tǒng)八年（1443），升為刑部右侍郎。郭瑾曾嚴(yán)厲地彈劾武清伯石亨，但沒有結(jié)果。當(dāng)時，有幾個囚犯得罪了當(dāng)?shù)溃�司法部門想置之死罪，以迎合一些重要人物的意思。郭瑾卻憤慨地說：“通過殺人來討好一些人，我是不會做的。”他極力堅持不肯做，還把這幾名囚犯釋放了。這樣使憎怨他的人更對他懷恨在心，因而想方設(shè)法誣告郭瑾。于是他就辭官歸鄉(xiāng)。當(dāng)時有朝臣贈句：澤深刑部無冤獄，品重黃門有諫章。死時83歲。著有《綠蔭書屋集》。