余扶危1964年7月畢業(yè)于四川大學(xué)歷史系考古專業(yè)（同屆同學(xué)中有湖南省博物館原館長(zhǎng)熊傳薪，四川省博物館原副館長(zhǎng)王友鵬、遼沈戰(zhàn)役紀(jì)念館原副館長(zhǎng)楊美瑩等），后分配到河南省洛陽(yáng)市博物館工作。歷任洛陽(yáng)市文物工作隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)、洛陽(yáng)市文物商店經(jīng)理、洛陽(yáng)古墓博物館館長(zhǎng)、洛陽(yáng)古代藝術(shù)博物館館長(zhǎng)、洛陽(yáng)市文物局研究員等職，參與了河南和洛陽(yáng)的許多重要考古工作。

1980年10月，余扶危和同事葉萬(wàn)松投書(shū)《光明日?qǐng)?bào)》，反映洛陽(yáng)文物被毀事件，引起了有關(guān)領(lǐng)導(dǎo)的關(guān)注。為此，洛陽(yáng)市發(fā)布通告，將考古發(fā)掘納入城市建設(shè)的審批程序，即所謂的“先考古后施工”，從而為開(kāi)展考古工作提供了政策保證。

1981年下半年，余扶危又和葉萬(wàn)松提出考古發(fā)掘必須事先經(jīng)過(guò)國(guó)家文物局批準(zhǔn)，并由此形成了考古發(fā)掘報(bào)批制度，被國(guó)家文物局稱為地下文物管理“洛陽(yáng)方式”，在全國(guó)推廣。1982年全國(guó)人大法制委員會(huì)特地來(lái)洛陽(yáng)征求文物保護(hù)立法意見(jiàn)。1982年11月公布的《文物保護(hù)法》“考古發(fā)掘報(bào)批”條款，就是汲取了洛陽(yáng)的經(jīng)驗(yàn)。

主編或參與編寫(xiě)了《洛陽(yáng)石刻擷英》、《洛陽(yáng)出土墓志卒葬地資料匯編》、《隋唐東都含嘉倉(cāng)》 、《洛陽(yáng)古墓圖說(shuō)》、《洛陽(yáng)考古集成補(bǔ)編》、《元代古玩鑒定》等書(shū)籍。

2009年6月11日，在建國(guó)60周年之際，國(guó)家文物局為激勵(lì)全國(guó)文物系統(tǒng)廣大干部職工承前啟后、開(kāi)拓進(jìn)取、建功立業(yè)，向余扶危等從事文物、博物館工作30年以上的同志頒發(fā)了《文物、博物館工作30年榮譽(yù)證書(shū)》。