自幼悟性很強(qiáng)，喜好音律、戲曲和武術(shù)。1858年十七歲時(shí)考取了武秀才，當(dāng)再考武舉人落榜后，憤而投軍從戎。1861年二十歲的孫菊仙投奔清軍陳國瑞的部下，參與了鎮(zhèn)壓太平軍的戰(zhàn)役。1867年轉(zhuǎn)到英西林的軍隊(duì)服役。因功保至游擊，獲三品銜。作過“候補(bǔ)都司”。后來，英西林因涉及某案，被革職，孫菊仙由此棄官來到北京，開始了他近七十年的京劇演唱生涯。孫菊仙從少年時(shí)代就非常喜愛程派京劇藝術(shù)，來到北京后，便投奔到同治年間最著名的京劇老生程長庚的門下學(xué)習(xí)京劇。他先是做票友，后來正式進(jìn)入梨園界，最早進(jìn)入的是祝成班。由于他具有歌喉洪亮、行伍出身等得天獨(dú)厚的條件，又善于揣摩，融會(huì)各家之長，獨(dú)具一格，很快紅遍京城，成為各戲班爭聘的名角。

他在北京最受歡迎時(shí)期，也是譚鑫培、汪桂芬正紅的時(shí)候。當(dāng)時(shí)譚鑫培的代表作是《碰碑》，汪桂芬的代表作是《文昭關(guān)》，他的代表作是《三娘教子》。這是被觀眾公認(rèn)為百聽不厭、代表三個(gè)不同流派，各自具有特點(diǎn)的好戲。當(dāng)時(shí)北京街頭巷尾，時(shí)�？梢月牭接腥藢W(xué)著哼孫腔“小東人……”，譚腔的“金烏墜……”，和汪腔的“伍員馬上怒氣沖……”。

1886年孫菊仙被招入清宮的升平署，為清朝“內(nèi)廷供奉”。在宮廷內(nèi)演戲同時(shí)兼任教習(xí)達(dá)十六年之久。孫菊仙的京劇表演藝術(shù)甚受慈禧太后的稱賞，被賜予四品頂帶。

1900年八國聯(lián)軍入侵后，京城的寓所被毀，全家遷往上海，在上海從事演出和經(jīng)營劇班十余年。孫菊仙的演唱受到旅滬的天津商人的贊賞，因?yàn)橥�里關(guān)系，親切地稱呼他“老鄉(xiāng)親”，此后，這個(gè)稱呼逐漸在各地叫響，即使演出的海報(bào)、戲單上也以此相稱。辛亥革命后孫菊仙回到了北京，自民國政府成立后他就很少參加商業(yè)演出。但是對(duì)水旱賑災(zāi)、養(yǎng)老恤孤之事卻樂而為之，至老不疲。

二十世紀(jì)二十年代，晚年的孫菊仙回到了久別的故鄉(xiāng)——天津。返津后，他始終關(guān)注著家鄉(xiāng)京劇藝術(shù)的發(fā)展，重視培養(yǎng)京劇人才。積極參加天津票友界的活動(dòng)，經(jīng)常到票房清唱。孫菊仙與當(dāng)時(shí)天津的文化名流有很深的交往。1920年逢孫菊仙生日，天津教育家嚴(yán)范孫專門做詩慶賀。1926年天津東門里文廟修繕完畢，應(yīng)嚴(yán)范孫、林墨青等人之邀，拜謁文廟并合影留念。孫菊仙與當(dāng)時(shí)主持天津社會(huì)教育辦事處的天津教育家林墨青在戲劇改革方面志趣相合，曾在草廠庵共同組織京劇團(tuán)體 ——鶴鳴社。

孫菊仙晚年熱衷于天津的公益和慈善事業(yè)。民國二十年天津大同學(xué)校為籌募辦學(xué)資金，在春和戲院舉行募捐義演。孫菊仙不顧自己已經(jīng)是九十歲的高齡，堅(jiān)持參加。這是他一生最后的一場演出，劇目為《李陵碑》。演出過程中，年邁的孫菊仙，唱念僅是吐字，音已不能成聲，在臺(tái)上步履蹣跚。觀眾為之而感動(dòng)，頻呼：“老鄉(xiāng)親辛苦！”，舞臺(tái)上下情融一片，三個(gè)月后孫菊仙在津病逝。

孫菊仙的唱腔唱法，以大氣磅礴、不拘細(xì)節(jié)為主要特色，世稱孫派，是清末重要的老生流派之一。孫菊仙同譚鑫培、汪桂芬合稱老生“新三杰”，他壯年從藝，曾師事中年的程長庚，得其親炙；又接受了張二奎的影響，繼承了程、張兩派演唱直腔直調(diào)、不尚花梢的特點(diǎn)，形成了自己的風(fēng)格。孫菊仙嗓音寬厚高亮，音量極大，有寬有窄，有高有低，五音俱佳，每一放歌，浩瀚洪闊有如雷鳴。兼之氣力充沛，用尖腔、使嘎調(diào)，極其自然。唱腔古樸雄壯，不事雕琢，磅礴充沛而少轉(zhuǎn)折，長腔也不常見，雖粗服亂頭卻別具魅力，真摯樸實(shí)感染力強(qiáng)，令聽者動(dòng)容。孫菊仙的念白，吐字飽滿，有棱有角，間有天津方音，又吸收了王九齡既上口、又接近口語的念法，鏗鏘有力，爽朗風(fēng)趣，無作戲痕跡。孫菊仙在新三杰中屬守舊類型，但也有所創(chuàng)造。他的唱、念純以氣勝，并且善于通過氣息的放與收、音量的大與小、聲調(diào)的高與低、節(jié)奏的疾與徐、行腔的曲與直等方面的對(duì)比，造成鮮明、強(qiáng)烈的印象，取得感人的效果。如《逍遙津》、《李陵碑》、《烏盆記》等劇目中的大段唱工即是這樣處理的。

孫菊仙的唱腔與譚、汪兩派不同，咬字有力，行腔轉(zhuǎn)折不多而極動(dòng)聽，寬起來如黃鐘大呂，細(xì)起來非常之細(xì)卻又是裊裊不斷。他獨(dú)創(chuàng)的孫腔，有一種唱著唱著似離開你的耳鼓，逐漸要消失，而忽然大聲一放，震耳欲聾。他的唱腔，有時(shí)一波三折波瀾壯闊，有時(shí)突然直上，鳶飛戾天。他平時(shí)為人講求“俠骨義氣”，好打不平，所以他演老頭戲，如《四進(jìn)士》的宋士杰很有特色。他身材碩長，兩只大眼睛神采奕奕，形容宋士杰的古道熱腸、俠肝義膽，譚鑫培、汪桂芬也不得不退避三舍，而不動(dòng)演此戲。

常演劇目有《雍涼關(guān)》、《七星燈》、《搜孤救孤》、《搜府盤關(guān)》、《完璧歸趙》、《馬鞍山》、《臥龍吊孝》、《胭粉計(jì)》、《善寶莊》（即《敲骨求金》）、《雪杯圓》、《罵楊廣》、《洪羊洞》、《三娘教子》及《四進(jìn)士》等。

孫派藝術(shù)的直接傳人不多，雙闊亭、時(shí)慧寶分別繼承了他的高亢挺峭和低回渾厚，天津票友王竹生、李東園等學(xué)孫也有似處。他的唱腔、唱法、念白諸方面的特色大多被后來的一些名家吸收，如麒派得其粗豪蒼勁，馬派取其風(fēng)趣自然，高派傳其慷慨奔放，甚至劉派也取法于他的悲壯激昂。孫菊仙的特色唱腔在丑行演員蕭長華的唱段中也有所體現(xiàn)。

孫菊仙創(chuàng)造了一些運(yùn)用“孫派”獨(dú)有唱腔的戲，如《完璧歸趙》、《馬鞍山》、《舌辯侯》、《臥龍吊孝》、《逍遙津》、《胭粉計(jì)》、《火燒上方峪》、《善寶莊》、《雪杯圓》、《罵楊廣》、《戲迷傳》等等。后來為“劉（鴻聲）派”所宗，繼之高慶奎又兼學(xué)孫、劉。孫派繼承者只有時(shí)慧寶，起始很紅，后因潦倒以死，傳下來的“孫派”藝術(shù)，就被高派、麒派、馬派等吸收于各派之中了。

1872年，同治十一年（壬申）：孫菊仙在上海老丹桂茶園登臺(tái)

孫菊仙在上海老丹桂茶園登臺(tái)。

1883年，光緒九年（癸未）：孫菊仙改搭四喜班

傳說四喜班主時(shí)小福因生意賠累，由嵩祝班拉孫菊仙改搭四喜。

1884年，光緒十年（甲申）：譚鑫培二次赴滬

譚鑫培二赴滬演唱，藝名小叫天，大奎官同行，搭三慶茶園，后改丹桂。老生武生兩門抱，時(shí)孫菊仙在滬，出演天仙，

1904年，光緒三十年（甲辰）：最早國產(chǎn)唱片灌錄

著名京劇大師孫菊仙在上海灌錄唱片，現(xiàn)存勝利唱片公司1904年錄制孫菊仙的唱片約10面，是能找到的最早的“國產(chǎn)”唱片，史料價(jià)值彌足珍貴。

1912年，農(nóng)歷壬子年：周信芳入新新舞臺(tái)劇場

周信芳入上海新新舞臺(tái)等劇場。與譚鑫培、李吉瑞、孫菊仙、金秀山、馮子和、江夢花等名角同臺(tái)演出，深受熏陶。

1915年，農(nóng)歷乙卯年：譚鑫培五次赴滬

九畝地新舞臺(tái)二次成立，虧損累累，其婿夏月潤（新舞臺(tái)老板）、王又宸（新舞臺(tái)臺(tái)柱）親蒞北平，跪求老爺子幫忙。譚鑫培始允南下，為第五次赴滬，演十天，首日《空城計(jì)》，末日《珠簾寨》。票價(jià)樓上樓下一律五元，滬人始震動(dòng)，傾市而出。新舞臺(tái)上下二千一百十五座，座無空椅，立無隙地，而譚年已七十矣。時(shí)楊四立亦隸新舞臺(tái)，唱到第二，譚上演必誤時(shí)，楊輒拉長馬后，以延時(shí)間。臺(tái)下不知，以為楊好賣弄，則哄堂報(bào)以倒好，翌日演《南天門》，臺(tái)下竟享以茶壺蓋、銅板、桔子皮，楊至頭破流血，然亦無法不唱也。

譚前后來滬凡五次，京戲近百年瑣記稱為六次南下者誤，因譚初次北返以后，未幾即入內(nèi)廷供奉，清制供奉賞四品白石頂戴，例不得出外演戲。庚子之亂，清后西狩，供奉伶人始有在外演戲以為糊口者；未幾回鑾，孫菊仙已逃滬，不敢返，而禁例亦稍破，則光緒二十六年以后事矣。故鑫培二十七年南下當(dāng)為第二次，非第三次。

1916年11月29日，農(nóng)歷丙辰年十一月初五日：孫菊仙赴漢口演出

孫菊仙在漢口大舞臺(tái)演出，1916年11月29日起連演十二天后，突然出牌請假，由同來的二牌老生佟禹臣、青衣花旦王佩蘭、武生何月山等續(xù)演了半個(gè)月。這年孫菊仙已75歲高齡，可能是病了。

他在漢大演的劇目有《李陵碑》、《空城計(jì)》、《雙獅圖》、《奇冤報(bào)》、《桑園寄子》、《四進(jìn)士》、《逍遙津》、《八義圖》、《柴�？凇�、《雍涼關(guān)》等，盡是他的唱工力作，可惜天數(shù)短了些。廣告上每天大軸都是何月山的《鐵公雞》等大武戲，孫菊仙的戲放在倒第二。