在父親通康的時代，由于河野通直無子，有意收女婿村上通康為養(yǎng)子繼承，但是卻受到河野一族重臣的強(qiáng)力反對，因為河野家臣團(tuán)多是傾向由予州分家當(dāng)主河野通存之子通政為繼，雙方為此幾近兵戎相向，史稱「來島騷亂」，最后是豐後大名大友義鑒出面調(diào)解，通直退讓隱居，由河野通政繼位當(dāng)主，但是通政不久即病故，遂以其弟通宣繼承，后來通宣娶了伊予高仙城主河野通吉的遺孀，遂以其子牛福丸為繼承人，由于通吉生前為了河野氏宗家和予州分家的和諧多次奔走，同時擅長內(nèi)政在領(lǐng)民中威信很高，所以河野家的主權(quán)至此終于確認(rèn)。此外根據(jù)近年部分日本學(xué)者的研究，多年來被認(rèn)為是河野通存之子通政，很可能是河野通直之子，而來島騷亂其實是掌握兵權(quán)的女婿與擁有正統(tǒng)血脈的嫡子間的爭端。

不論如何此一爭端的結(jié)果，對村上通康并無益處，家中主權(quán)從主家傳到分家，再從分家傳到分家的分家，就是身為河野通直直系血親的自己完全沒份，盡管在通康一代，這股怨氣并未發(fā)作，但卻傳承到了其子通總身上，雙方君臣關(guān)系自此惡化。

永祿十年，村上通康辭世，通康遺下的三子中，長子通年改繼承得居氏、次子吉清庶出、三男又右衛(wèi)門早故，因此由年僅七歲的四子通總承繼家督之位，以長子得居通年及一族中的重臣村上吉繼輔佐。永祿十二年，毛利家和大友家在筑前展開攻防戰(zhàn)，基於河野家和毛利家的同盟以及自父親通康以來和毛利家的良好關(guān)系，通總率領(lǐng)來島村上水軍加參毛利方，然而同時領(lǐng)軍出戰(zhàn)的能島水軍之主村上武吉卻接受了大友宗麟的寢返，無視毛利方的命令，自行將船開往周防上關(guān)，導(dǎo)致來島村上水軍陷入獨(dú)戰(zhàn)大友水軍的苦戰(zhàn)困境，造成來島方極大的損失，此後來島村上家與能島村上家徹底反目。

元龜二年，在毛利家的授意下由元就三子小早川隆景率小早川水軍聯(lián)合了來島通總和因島村上、乃美、兒玉、白井等各路水軍，圍勦村上武吉的本城能島城，最後村上武吉接受了小早川隆景的說服回歸毛利家，從此忠心不貳。當(dāng)時制霸畿內(nèi)的織田信長正領(lǐng)軍籠城圍攻一向宗本山石山本愿寺，為了救援盟友本愿寺，於天正四年時毛利家組成下令水軍眾對石山本愿寺進(jìn)行物資輸送的工作。由于來島村上多是信奉曹洞宗，通總對救援一向宗并不積極，僅由重臣村上吉繼出戰(zhàn)，毛利家也讓村上武吉任主將，率領(lǐng)三島村上水軍組成的八百艘船隊出發(fā)，并在木津川口大敗織田水軍。

織田信長為了壓制毛利方在水上的優(yōu)勢，信長采用剛?cè)岵��?jì)的手段，一方面讓九鬼嘉隆與瀧川一益著手開發(fā)新武器鐵甲船。一方面，其麾下進(jìn)攻西國的主將羽柴秀吉也對長年有著心結(jié)的來島、能島兩家村上水軍施行分化策略，游說勸誘村上通總。天正六年，三島村上水軍在木津川口為織田水軍的鐵甲船大敗，使毛利方痛失以往在水上的戰(zhàn)斗優(yōu)勢。同時，河野家也意圖削減村上通總征收帆別錢的利益，要求上繳一部份給主家河野氏。至此，村上通總自父輩以來對河野氏長年來的不滿終於爆發(fā)。就心理學(xué)角度來分析，村上通總對河野氏當(dāng)主之位有著潛在的渴望，對本有機(jī)會卻又不再可能入手的利益有著最大的不甘與野心，對父親本來有機(jī)會可繼為河野當(dāng)主卻不成，有著相當(dāng)?shù)脑箽猓�尤其�?dāng)時通總年紀(jì)仍小，所以更容易因為對事情的看法不成熟而有著自我判斷黑白的刻板印象留存，而在心中潛藏了對河野氏的不忿，甚至有意愿替父親奪來這家督之位，這樣的心理狀態(tài)其實就跟東晉時桓溫逼位不成，後來其幼子桓玄繼而行之的行為相若。

村上通總聯(lián)合風(fēng)早郡鹿島城城主二神豐前守和來島村上氏一族的葛籠屑城主村上吉高向河野氏樹起反旗，透過秀吉的使者接觸織田方，并且攻滅靈仙山城的中川氏和幸門城正岡氏，後二神豐前守意圖襲殺野間郡高仙山城主池原通成，但是以失敗告終，於是二神豐前守隨即進(jìn)攻高仙山城，但是再度兵敗，投入來島城依附通總。當(dāng)時通總起兵，未得到重臣村上吉繼的認(rèn)同，於是以吉繼為首，仍有一部份家臣依然留在河野家。翌八年，葛籠屑城主村上吉高被河野氏攻破，同年九月通總進(jìn)攻風(fēng)早郡柳原時也為橫山城主南通師所阻。

村上通總，正式投向織田家，毛利家為防因島、能島兩家村上水軍有相同行為，於是要求兩家再度重申盟約，後聯(lián)合出兵聲討來島村上家，同時以能島村上氏為主攻入越智郡大島、風(fēng)早郡忽那島和來島村上氏交戰(zhàn)，盡管村上通總和二神重成一度擊退來犯的毛利軍，但是在因島村上氏、河野氏也加入戰(zhàn)局後，在兵力懸殊下村上通總先於惠良山城戰(zhàn)敗，後於當(dāng)年六月，龍門城、靈仙山城相繼陷落，連居城來島城亦不保，最後村上通總為逃生與兄長得居通年持舟越海至備中上岸，投向羽柴秀吉陣營。後在京都時，羽柴秀吉以「來島」代稱時任秀吉側(cè)近的通總，於是通總遂於此改以居地為姓，將姓氏由「村上」易為「來島」改名來島通總。

自織田信長於本能寺之變中橫死後，毛利家與羽柴秀吉再不敵對，而秀吉也在山崎會戰(zhàn)討伐明智光秀、賤岳之戰(zhàn)打敗柴田勝家後成功取代信長的地位，天正十二年時在秀吉的命令下來島通總自村上武吉處取回了失去兩年多的來島城。後於天正十三年秀吉發(fā)起四國討伐時，來島通總隨毛利軍進(jìn)行伊予侵攻，擔(dān)任小早川軍的先鋒活躍。戰(zhàn)後來島通總因功領(lǐng)伊予野間郡一萬四千石，其兄得居通年領(lǐng)風(fēng)早郡三千石，成為秀吉麾下大名之一。後在天正十六年，羽柴秀吉頒布海賊停止令，村上武吉因強(qiáng)烈反對這項律法被秀吉下令流放至長門，而來島通總則作為秀吉家臣，在參加天正十五年的九州征伐參加毛利軍攻下豐前宇留津城、十八年的小田原征伐時與九鬼嘉隆、加藤嘉明組成水軍自海上對小田原城進(jìn)攻，建立戰(zhàn)功。

豐臣秀吉起兵侵略朝鮮，來島通總攜兄長得居通年和長子康親率七百水軍與同為四國大名的福島正則、蜂須賀家政、生駒親正組成兩萬四千的第五隊大軍越過對馬海峽，主要負(fù)責(zé)人馬和兵糧的輸送。

來島通總在秀吉的奏請下敘任從四位出云守。慶長二年，日朝之間的和談破裂，來島通總於八月下旬率六百人和藤堂高虎、中川秀成、菅達(dá)長組成水軍再度侵朝攻打南原城，後呼應(yīng)陸軍沿全羅道的南海岸行進(jìn)，於九月六日在蘭浦一帶與李舜臣率領(lǐng)的朝鮮水軍遭遇，朝鮮軍伺機(jī)退向鳴梁渡，十四日移進(jìn)右水營沖，藤堂高虎遂於九月十六日發(fā)動全軍沖擊朝鮮水軍，但是卻被熟悉當(dāng)?shù)睾Ｓ虻睦钏闯祭�用逆流時游走炮擊，戰(zhàn)斗中來島通總身中流矢陣亡，享年三十七歲，也成為整個文祿、慶長之役中唯一戰(zhàn)死的大名。

通總戰(zhàn)死後，領(lǐng)地由長子康親繼承，後於關(guān)原之戰(zhàn)中因為和毛利家的關(guān)系加入西軍，戰(zhàn)後被除封，最後透過妻子的伯父福島正則請德川家康側(cè)近本多正信斡旋加上片桐且元的緩頰方於慶長六年在豐後得到玖珠、日田、速見三郡一萬四千石的領(lǐng)地，是為森藩，并於二代通春時將名字由「來島」改為「久留島」，在明治維新後被列為子爵，昭和時期的名童話作家久留島武彥就是其後裔。