在父親通康的時(shí)代，由于河野通直無(wú)子，有意收女婿村上通康為養(yǎng)子繼承，但是卻受到河野一族重臣的強(qiáng)力反對(duì)，因?yàn)楹右凹页紙F(tuán)多是傾向由予州分家當(dāng)主河野通存之子通政為繼，雙方為此幾近兵戎相向，史稱「來(lái)島騷亂」，最后是豐後大名大友義鑒出面調(diào)解，通直退讓隱居，由河野通政繼位當(dāng)主，但是通政不久即病故，遂以其弟通宣繼承，后來(lái)通宣娶了伊予高仙城主河野通吉的遺孀，遂以其子牛福丸為繼承人，由于通吉生前為了河野氏宗家和予州分家的和諧多次奔走，同時(shí)擅長(zhǎng)內(nèi)政在領(lǐng)民中威信很高，所以河野家的主權(quán)至此終于確認(rèn)。此外根據(jù)近年部分日本學(xué)者的研究，多年來(lái)被認(rèn)為是河野通存之子通政，很可能是河野通直之子，而來(lái)島騷亂其實(shí)是掌握兵權(quán)的女婿與擁有正統(tǒng)血脈的嫡子間的爭(zhēng)端。

不論如何此一爭(zhēng)端的結(jié)果，對(duì)村上通康并無(wú)益處，家中主權(quán)從主家傳到分家，再?gòu)姆旨覀鞯椒旨业姆旨�，就是身為河野通直直系血親的自己完全沒(méi)份，盡管在通康一代，這股怨氣并未發(fā)作，但卻傳承到了其子通總身上，雙方君臣關(guān)系自此惡化。

永祿十年，村上通康辭世，通康遺下的三子中，長(zhǎng)子通年改繼承得居氏、次子吉清庶出、三男又右衛(wèi)門早故，因此由年僅七歲的四子通總承繼家督之位，以長(zhǎng)子得居通年及一族中的重臣村上吉繼輔佐。永祿十二年，毛利家和大友家在筑前展開(kāi)攻防戰(zhàn)，基於河野家和毛利家的同盟以及自父親通康以來(lái)和毛利家的良好關(guān)系，通總率領(lǐng)來(lái)島村上水軍加參毛利方，然而同時(shí)領(lǐng)軍出戰(zhàn)的能島水軍之主村上武吉卻接受了大友宗麟的寢返，無(wú)視毛利方的命令，自行將船開(kāi)往周防上關(guān)，導(dǎo)致來(lái)島村上水軍陷入獨(dú)戰(zhàn)大友水軍的苦戰(zhàn)困境，造成來(lái)島方極大的損失，此後來(lái)島村上家與能島村上家徹底反目。

元龜二年，在毛利家的授意下由元就三子小早川隆景率小早川水軍聯(lián)合了來(lái)島通總和因島村上、乃美、兒玉、白井等各路水軍，圍勦村上武吉的本城能島城，最後村上武吉接受了小早川隆景的說(shuō)服回歸毛利家，從此忠心不貳。當(dāng)時(shí)制霸畿內(nèi)的織田信長(zhǎng)正領(lǐng)軍籠城圍攻一向宗本山石山本愿寺，為了救援盟友本愿寺，於天正四年時(shí)毛利家組成下令水軍眾對(duì)石山本愿寺進(jìn)行物資輸送的工作。由于來(lái)島村上多是信奉曹洞宗，通總對(duì)救援一向宗并不積極，僅由重臣村上吉繼出戰(zhàn)，毛利家也讓村上武吉任主將，率領(lǐng)三島村上水軍組成的八百艘船隊(duì)出發(fā)，并在木津川口大敗織田水軍。

織田信長(zhǎng)為了壓制毛利方在水上的優(yōu)勢(shì)，信長(zhǎng)采用剛?cè)岵��?jì)的手段，一方面讓九鬼嘉隆與瀧川一益著手開(kāi)發(fā)新武器鐵甲船。一方面，其麾下進(jìn)攻西國(guó)的主將羽柴秀吉也對(duì)長(zhǎng)年有著心結(jié)的來(lái)島、能島兩家村上水軍施行分化策略，游說(shuō)勸誘村上通總。天正六年，三島村上水軍在木津川口為織田水軍的鐵甲船大敗，使毛利方痛失以往在水上的戰(zhàn)斗優(yōu)勢(shì)。同時(shí)，河野家也意圖削減村上通總征收帆別錢的利益，要求上繳一部份給主家河野氏。至此，村上通總自父輩以來(lái)對(duì)河野氏長(zhǎng)年來(lái)的不滿終於爆發(fā)。就心理學(xué)角度來(lái)分析，村上通總對(duì)河野氏當(dāng)主之位有著潛在的渴望，對(duì)本有機(jī)會(huì)卻又不再可能入手的利益有著最大的不甘與野心，對(duì)父親本來(lái)有機(jī)會(huì)可繼為河野當(dāng)主卻不成，有著相當(dāng)?shù)脑箽�，尤其�?dāng)時(shí)通總年紀(jì)仍小，所以更容易因?yàn)閷?duì)事情的看法不成熟而有著自我判斷黑白的刻板印象留存，而在心中潛藏了對(duì)河野氏的不忿，甚至有意愿替父親奪來(lái)這家督之位，這樣的心理狀態(tài)其實(shí)就跟東晉時(shí)桓溫逼位不成，後來(lái)其幼子桓玄繼而行之的行為相若。

村上通總聯(lián)合風(fēng)早郡鹿島城城主二神豐前守和來(lái)島村上氏一族的葛籠屑城主村上吉高向河野氏樹(shù)起反旗，透過(guò)秀吉的使者接觸織田方，并且攻滅靈仙山城的中川氏和幸門城正岡氏，後二神豐前守意圖襲殺野間郡高仙山城主池原通成，但是以失敗告終，於是二神豐前守隨即進(jìn)攻高仙山城，但是再度兵敗，投入來(lái)島城依附通總。當(dāng)時(shí)通總起兵，未得到重臣村上吉繼的認(rèn)同，於是以吉繼為首，仍有一部份家臣依然留在河野家。翌八年，葛籠屑城主村上吉高被河野氏攻破，同年九月通總進(jìn)攻風(fēng)早郡柳原時(shí)也為橫山城主南通師所阻。

村上通總，正式投向織田家，毛利家為防因島、能島兩家村上水軍有相同行為，於是要求兩家再度重申盟約，後聯(lián)合出兵聲討來(lái)島村上家，同時(shí)以能島村上氏為主攻入越智郡大島、風(fēng)早郡忽那島和來(lái)島村上氏交戰(zhàn)，盡管村上通總和二神重成一度擊退來(lái)犯的毛利軍，但是在因島村上氏、河野氏也加入戰(zhàn)局後，在兵力懸殊下村上通總先於惠良山城戰(zhàn)敗，後於當(dāng)年六月，龍門城、靈仙山城相繼陷落，連居城來(lái)島城亦不保，最後村上通總為逃生與兄長(zhǎng)得居通年持舟越海至備中上岸，投向羽柴秀吉陣營(yíng)。後在京都時(shí)，羽柴秀吉以「來(lái)島」代稱時(shí)任秀吉側(cè)近的通總，於是通總遂於此改以居地為姓，將姓氏由「村上」易為「來(lái)島」改名來(lái)島通總。

自織田信長(zhǎng)於本能寺之變中橫死後，毛利家與羽柴秀吉再不敵對(duì)，而秀吉也在山崎會(huì)戰(zhàn)討伐明智光秀、賤岳之戰(zhàn)打敗柴田勝家後成功取代信長(zhǎng)的地位，天正十二年時(shí)在秀吉的命令下來(lái)島通總自村上武吉處取回了失去兩年多的來(lái)島城。後於天正十三年秀吉發(fā)起四國(guó)討伐時(shí)，來(lái)島通總隨毛利軍進(jìn)行伊予侵攻，擔(dān)任小早川軍的先鋒活躍。戰(zhàn)後來(lái)島通總因功領(lǐng)伊予野間郡一萬(wàn)四千石，其兄得居通年領(lǐng)風(fēng)早郡三千石，成為秀吉麾下大名之一。後在天正十六年，羽柴秀吉頒布海賊停止令，村上武吉因強(qiáng)烈反對(duì)這項(xiàng)律法被秀吉下令流放至長(zhǎng)門，而來(lái)島通總則作為秀吉家臣，在參加天正十五年的九州征伐參加毛利軍攻下豐前宇留津城、十八年的小田原征伐時(shí)與九鬼嘉隆、加藤嘉明組成水軍自海上對(duì)小田原城進(jìn)攻，建立戰(zhàn)功。

豐臣秀吉起兵侵略朝鮮，來(lái)島通總攜兄長(zhǎng)得居通年和長(zhǎng)子康親率七百水軍與同為四國(guó)大名的福島正則、蜂須賀家政、生駒親正組成兩萬(wàn)四千的第五隊(duì)大軍越過(guò)對(duì)馬海峽，主要負(fù)責(zé)人馬和兵糧的輸送。

來(lái)島通總在秀吉的奏請(qǐng)下敘任從四位出云守。慶長(zhǎng)二年，日朝之間的和談破裂，來(lái)島通總於八月下旬率六百人和藤堂高虎、中川秀成、菅達(dá)長(zhǎng)組成水軍再度侵朝攻打南原城，後呼應(yīng)陸軍沿全羅道的南海岸行進(jìn)，於九月六日在蘭浦一帶與李舜臣率領(lǐng)的朝鮮水軍遭遇，朝鮮軍伺機(jī)退向鳴梁渡，十四日移進(jìn)右水營(yíng)沖，藤堂高虎遂於九月十六日發(fā)動(dòng)全軍沖擊朝鮮水軍，但是卻被熟悉當(dāng)?shù)睾Ｓ虻睦钏闯祭�用逆流時(shí)游走炮擊，戰(zhàn)斗中來(lái)島通總身中流矢陣亡，享年三十七歲，也成為整個(gè)文祿、慶長(zhǎng)之役中唯一戰(zhàn)死的大名。

通總戰(zhàn)死後，領(lǐng)地由長(zhǎng)子康親繼承，後於關(guān)原之戰(zhàn)中因?yàn)楹兔�利家的關(guān)系加入西軍，戰(zhàn)後被除封，最後透過(guò)妻子的伯父福島正則請(qǐng)德川家康側(cè)近本多正信斡旋加上片桐且元的緩頰方於慶長(zhǎng)六年在豐後得到玖珠、日田、速見(jiàn)三郡一萬(wàn)四千石的領(lǐng)地，是為森藩，并於二代通春時(shí)將名字由「來(lái)島」改為「久留島」，在明治維新後被列為子爵，昭和時(shí)期的名童話作家久留島武彥就是其後裔。