孫章教授長期從事交通運(yùn)輸規(guī)劃與管理學(xué)科的教學(xué)、科研工作。創(chuàng)辦了《城市軌道交通研究》雜志，主持創(chuàng)辦了全國第一個城市軌道交通學(xué)院，主編出版了《城市軌道交通系列叢書》(共9本)。2000年8月由中國鐵道出版社出版了《城市軌道交通概論》。

孫章教授與他人共同提出的關(guān)于上海提前建設(shè)地鐵11號線以形成環(huán)線的建議已被采納，這就是已完成一期工程的軌道交通明珠線。他所主持的“新亞歐大陸橋系統(tǒng)分析”的國家科委研究課題完成后，不僅在新亞歐大陸橋國際會議上作報告，《人民日報》、《解放日報》對此發(fā)了內(nèi)參，《人民日報》和《文匯報》均作了公開報道。

孫章教授在教學(xué)、科研之余積極參加國內(nèi)外的學(xué)術(shù)交流活動。

例如，1996年10月在韓國漢城舉行的環(huán)太平洋城市發(fā)展第8屆學(xué)術(shù)年會上，作了學(xué)術(shù)報告，題為"上海的跨江靠海城市發(fā)展戰(zhàn)略"；

1998年7月在國際公共交通東京會議上，向與會者報告了中國城市軌道交通的制式與選型；

1998年10月在香港舉行的交通運(yùn)輸學(xué)術(shù)會議上，作了"中國鐵路與中國發(fā)展"的學(xué)術(shù)報告；還應(yīng)邀為香港"高級鐵路工程與管理培訓(xùn)班"講課；

2000年9月參加第8屆海峽兩岸都市交通學(xué)術(shù)研討會，在臺灣成功大學(xué)會場作了題為"磁懸浮技術(shù)的交通功能定位"的學(xué)術(shù)報告，受到歡迎。 孫章教授作為長期分管科技工作的大學(xué)副校長，對科技管理以及管理學(xué)也有一些獨(dú)到的見解。

由他主筆的《科學(xué)學(xué)基礎(chǔ)》在科學(xué)出版社出版后，被臺灣學(xué)者評為"最受臺灣讀者歡迎的十本大陸書"之一；他的《領(lǐng)導(dǎo)創(chuàng)造論》在北京出版后，上海的《報刊文摘》、《社會科學(xué)報》等都作過介紹。