揚(yáng)·巴普蒂斯塔·范·海爾蒙特在化學(xué)理論和實(shí)踐上都有卓越貢獻(xiàn)，從而成為煉金術(shù)向近代化學(xué)轉(zhuǎn)變時(shí)期的代表人物。他所做的柳樹實(shí)驗(yàn)也是生物研究上劃時(shí)代的工作。他將四元素說(shuō)中的四種元素削減為水和空氣，區(qū)分了空氣和其他化學(xué)反應(yīng)產(chǎn)生的氣體，研究了多種氣體性質(zhì)，常被認(rèn)為是氣體化學(xué)研究的奠基人，他強(qiáng)調(diào)控制實(shí)驗(yàn)條件和對(duì)質(zhì)量進(jìn)行分析，進(jìn)行過(guò)著名的柳樹實(shí)驗(yàn)，是煉金術(shù)向近代化學(xué)轉(zhuǎn)變時(shí)期的代表人物之一。他的醫(yī)學(xué)著作則傾向于排除當(dāng)時(shí)醫(yī)學(xué)中的神秘和宗教因素，希冀以運(yùn)動(dòng)的力量解釋癥狀與治療。

父親克里斯蒂安·范·海爾蒙特是公共檢察官和布魯塞爾法庭成員，母親瑪麗亞·斯塔薩爾特是布拉班公國(guó)最顯赫的家族的后代。1567年兩人在圣彌額爾圣古都勒主教座堂成婚，海爾蒙特是他們的第五個(gè)孩子。1580年克里斯蒂安·范·海爾蒙特去世，他在天主教魯汶大學(xué)接受教育，接觸過(guò)當(dāng)時(shí)各學(xué)科的課程后，他選擇了醫(yī)學(xué)，但進(jìn)而發(fā)現(xiàn)無(wú)論是教材還是課上講授的內(nèi)容都是已經(jīng)和實(shí)際脫節(jié)甚多的蓋倫體系。

1599年，范·海爾蒙特拿到了魯汶大學(xué)的醫(yī)學(xué)博士學(xué)位，隨后開始在歐洲進(jìn)行壯游。1600-1605年間他在瑞士、意大利、法國(guó)和英國(guó)游歷，仍覺(jué)得自己沒(méi)有接觸到什么新的東西。1605年安特衛(wèi)普發(fā)生瘟疫，海爾蒙特回鄉(xiāng)參與救治。瘟疫過(guò)后他拒絕了科隆主教和魯?shù)婪蚨�世的延攬�?609年他在維爾烏德舉行盛大婚禮，與富商之女瑪格麗特·范·蘭斯特結(jié)婚，之后隱居于當(dāng)?shù)剡M(jìn)行化學(xué)和醫(yī)學(xué)研究。

海爾蒙特隱居后讀到了煉金術(shù)士帕拉塞爾蘇斯的著作，經(jīng)常進(jìn)行煉金術(shù)的研究。按照他兒子的記載，1618年隱居在布魯塞爾北郊小鎮(zhèn)Neder-over-Heembeek的他接待了一位深夜來(lái)客，客人給了他一些神秘的粉末，他將粉末與八盎司的汞混合加熱，得到了同樣重的黃金。這堅(jiān)定了他深入研究煉金術(shù)的信心。

除了帕拉塞爾蘇斯的影響以外，他也深受威廉·哈維、伽利略·伽利萊和弗朗西斯·培根等人通過(guò)實(shí)驗(yàn)研究探索科學(xué)的思想影響。這讓他較少用艱澀的哲學(xué)概念而更傾向于描述實(shí)驗(yàn)和觀察到的現(xiàn)象來(lái)得出結(jié)論。對(duì)于四元素說(shuō)，他認(rèn)為其中只有空氣和水可以稱得上是元素。他第一個(gè)區(qū)分了不同的氣體和空氣，將前者使用“gas”一詞稱呼，比如他認(rèn)為木頭在密閉的房間中燃燒所產(chǎn)生的氣體（二氧化碳）與平時(shí)所說(shuō)的空氣不同，而與植物發(fā)酵產(chǎn)生的，醋和貝殼反應(yīng)產(chǎn)生的是同一種氣體，而和加熱有機(jī)物產(chǎn)生的可燃性氣體（烴的混合物）是不同種氣體。范·海爾蒙特對(duì)氣體化學(xué)的研究影響了羅伯特·波義耳，波義耳在1661年出版的《懷疑派的化學(xué)家》中高度贊揚(yáng)了范·海爾蒙特的貢獻(xiàn)。

為了證明植物來(lái)源于水這種他認(rèn)為的元素，他在盆中裝了200磅用爐子干燥過(guò)的土，在其中種了一棵5磅重的柳樹，稱量了土壤和加入的蒸餾水的重量。五年之后，他再次稱量干燥后的土壤發(fā)現(xiàn)仍為200磅，而柳樹的重量增加了大約164磅，從而得出結(jié)論，柳樹的質(zhì)量增加僅是因?yàn)榧尤氲乃�。盡管從現(xiàn)代觀點(diǎn)來(lái)看，這一推理并不完備，重量增加主要來(lái)自于光合作用產(chǎn)生的糖，其不僅源于水，還來(lái)源于空氣中的二氧化碳，并且他也忽略的土壤中的無(wú)機(jī)鹽組分。

1608年德國(guó)學(xué)者，同為帕拉塞爾蘇斯信徒的魯?shù)婪颉じ呖颂m紐斯（英語(yǔ)：Rudolph_Goclenius_the_Younger）出版了一本小冊(cè)子，列舉了“weapon-salve”方法治療創(chuàng)傷的實(shí)例，認(rèn)為這是一種自然的力量。1609年弗拉芒學(xué)者雅安·羅伯蒂撰文駁斥，認(rèn)為這不屬于醫(yī)學(xué)，而是屬于魔法的范疇，兩人為此論戰(zhàn)許久，1621年范·海爾蒙特出版了小冊(cè)子《論磁性治療》,在這本仍然具有神秘色彩的小冊(cè)子中，他認(rèn)為羅伯蒂的抨擊過(guò)于苛刻，但高克蘭紐斯將其歸為自然的力量也證據(jù)不足，但仍堅(jiān)持“weapon-salve”是一種有效的療法，從而卷入了兩方的論戰(zhàn)之中。

范·海爾蒙特是帕拉塞爾蘇斯的崇拜者這一身份使?fàn)幷撈�離了正常軌道，1623年魯汶醫(yī)學(xué)行會(huì)譴責(zé)范·海爾蒙特此書是一本罪惡的小冊(cè)子。1625年西班牙宗教裁判所則認(rèn)定他的著作中的二十余條說(shuō)法有異端的嫌疑，禁止他的著作出版。1627年和1630年范·海爾蒙特兩次承認(rèn)自己有過(guò)錯(cuò),但在同時(shí)期他寫給馬蘭·梅森的信中可以看出，他的基本觀點(diǎn)并無(wú)改變。1634年3月他因“借助化學(xué)哲學(xué)在世上傳播黑暗”被捕入獄四天，后來(lái)一直被軟禁到1642年。1644年他出版了自己的荷蘭語(yǔ)著作《Dageraad ofte Nieuwe Opkomst der Geneeskunst》 （《黎明,或稱醫(yī)學(xué)的新興》)。同年冬天，范·海爾蒙特自知不起，囑咐兒子弗朗西斯科斯·墨丘里爾斯·范·海爾蒙特（英語(yǔ)：Franciscus_Mercurius_van_Helmont）要把自己的其它著作整理出版。

1646年范·海爾蒙特去世兩年之后，才被平反。1648年他兒子以拉丁文出版了《Ortus medicinae, vel opera et opuscula omnia (《醫(yī)學(xué)的源頭,或稱全集》)，匯集了《黎明,或稱醫(yī)學(xué)的新興》的主要內(nèi)容和范·海爾蒙特的其他作品，頓時(shí)成為17世紀(jì)影響很大的醫(yī)學(xué)著作，被翻譯成各國(guó)語(yǔ)言，到1707年為止出了五版。在這本書里，范·海爾蒙特批評(píng)亞里斯多德和蓋倫在對(duì)自然現(xiàn)象的研究中使用了過(guò)多地?cái)?shù)學(xué)理論，認(rèn)為星象對(duì)病人的疾病只有間接的影響而非直接的對(duì)應(yīng)關(guān)系，自然現(xiàn)象和疾病均來(lái)自于“blas”，他用這個(gè)詞表達(dá)一種運(yùn)動(dòng)的力量，不同的物質(zhì)如人體、植物、礦產(chǎn)具有不同種的blas，故顯示出不同。他還提到了他對(duì)消化過(guò)程的看法，當(dāng)時(shí)普遍的觀點(diǎn)認(rèn)為是身體給予的熱量消化了攝入的食物，范·海爾蒙特問(wèn)道“那冷血?jiǎng)游飳⑷绾紊�存？”，�?jù)此他認(rèn)為應(yīng)該是身體產(chǎn)生的某種化學(xué)物質(zhì)幫助消化了食物。

2003年歷史學(xué)家麗薩·扎丁在倫敦自然歷史博物館中發(fā)現(xiàn)了一副肖像，她認(rèn)為這幅肖像是科學(xué)史家一直尋覓不得的物理學(xué)家羅伯特·胡克的畫像。但辛辛那提大學(xué)的威廉·延森和美因茨大學(xué)的學(xué)者安德里斯·派徹特認(rèn)為這幅肖像實(shí)際上描繪的是范·海爾蒙特。