正德十二年（1517）進(jìn)士，改吉士，授廣德知州。嘉靖史，歷官南京吏部郎中、陜西提學(xué)僉事、固原兵備副使、陜西參政。升右僉都御中，巡撫寧夏。召為兵部右侍郎、改吏部左、右侍郎。嘉靖二十九年（1550）八月，俺答犯都城，王邦瑞奉命總督京城九門，代攝兵部尚書，兼督團(tuán)營。京師取消戒嚴(yán)之后，上疏極言團(tuán)營之弊，世宗納其言，遂罷十二團(tuán)營，恢復(fù)三大營建制。并改王邦瑞為兵部左侍郎，專督營務(wù)。又疏言宦官典兵為自古以來之大害，盡撤宦官監(jiān)軍。世宗亦從之。進(jìn)兵部尚書，協(xié)理京營戎政。時(shí)大將軍咸寧候仇鸞跋扈專橫，欲節(jié)制諸軍，王邦瑞堅(jiān)持灑可。于是為仇鸞所誣陷，落職家居十年。嘉靖三十九年六月初一日，乃起故官。嘉靖四十年十二月十三日卒于官，年七十七，贈(zèng)太子少保，謚襄毅。

王邦瑞六七歲時(shí)，常和小朋友在街上用磚塊石礫做修城筑堡游戲。

有一次，他們正玩得起勁，忽見衙皂鳴鑼喝道，一乘八抬大橋過來了。這時(shí)，其他孩子們和街上百姓都紛紛躲避，王邦瑞卻坐在他們玩筑的“城堡”里穩(wěn)穩(wěn)不動(dòng)。一衙皂怒沖沖地喝道：“誰家這無管教的狂生，大老爺?shù)酱诉�不讓路。”王邦瑞一聽，站起來沖著他說：“世上只有官躲城，哪里會(huì)有城躲官�！毖迷碇坏脤⒋嗽捜鐚�(shí)回稟大老爺，大老爺覺得這孩子年紀(jì)雖小，倒也頗有膽識(shí)，便繞“城堡”而過。

王邦瑞十二三歲時(shí)，因家境貧困，一直沒有入塾讀書。他每天打柴回家，總到私塾門口，靜聽學(xué)生們讀書，常常很晚才回家。有一次，王邦瑞正倚在私塾門旁的石獅上，全神貫注地聽讀，塾師責(zé)問道：“哪家的野孩子，在這里干什么？”邦瑞微微一笑道：“聽讀”。塾師道：“你這野孩子，還能聽出點(diǎn)意思嗎？”王邦瑞順口背誦了兩段經(jīng)文給他聽。塾師聽后，甚覺王邦瑞聰明，就問道：“你這樣聰明，為何不上學(xué)呢？”邦瑞聽了一聲不響地低下頭去，眼里閃出了晶瑩的淚花，塾師憐憫地問：“是家庭不便嗎？”邦瑞這才慢吞吞地說：“家里窮，爹不讓我來！”塾師見他衣服襤褸，不再問下去了。以后塾師與他父母商量，收他作了校友，邊耕邊讀，深夜不息，日復(fù)一日，終于成名。

王邦瑞居官后，嘉靖皇帝對(duì)他很器重，即派他作寧夏巡撫之職。他見到寧夏雖處在黃河之濱，但大部分土地卻不能澆灌，加之連年旱災(zāi)，百姓生活十分艱苦。于是他身先士卒從黃河岸邊的山巖上挖掘隧道開渠引水澆田。由于工程大，沒經(jīng)驗(yàn)，見效慢，有人竟說是勞民傷財(cái)，他被罷了官。當(dāng)他離職時(shí)，就在寧夏官府門前的大照壁上題了“虎去山還在，山在虎重來”10個(gè)大字，表明他治理山河的雄心壯志。后來，他又奏明皇上闡述了他要治理寧夏的決心和理由�；噬下勛啻髳�，二次派他出任寧夏。他用了很短的時(shí)間，開挖了3條干渠，縱橫灌溉800余里，對(duì)發(fā)展寧夏水利事業(yè)起到了很大作用。寧夏人民為紀(jì)念他的功績(jī)，便在地頭蓋起了“尚書廟”，每逢過年過節(jié)，都要擺上供品紀(jì)念他。