正德十二年（1517）進(jìn)士，改吉士，授廣德知州。嘉靖史，歷官南京吏部郎中、陜西提學(xué)僉事、固原兵備副使、陜西參政。升右僉都御中，巡撫寧夏。召為兵部右侍郎、改吏部左、右侍郎。嘉靖二十九年（1550）八月，俺答犯都城，王邦瑞奉命總督京城九門(mén)，代攝兵部尚書(shū)，兼督團(tuán)營(yíng)。京師取消戒嚴(yán)之后，上疏極言團(tuán)營(yíng)之弊，世宗納其言，遂罷十二團(tuán)營(yíng)，恢復(fù)三大營(yíng)建制。并改王邦瑞為兵部左侍郎，專(zhuān)督營(yíng)務(wù)。又疏言宦官典兵為自古以來(lái)之大害，盡撤宦官監(jiān)軍。世宗亦從之。進(jìn)兵部尚書(shū)，協(xié)理京營(yíng)戎政。時(shí)大將軍咸寧候仇鸞跋扈專(zhuān)橫，欲節(jié)制諸軍，王邦瑞堅(jiān)持灑可。于是為仇鸞所誣陷，落職家居十年。嘉靖三十九年六月初一日，乃起故官。嘉靖四十年十二月十三日卒于官，年七十七，贈(zèng)太子少保，謚襄毅。

王邦瑞六七歲時(shí)，常和小朋友在街上用磚塊石礫做修城筑堡游戲。

有一次，他們正玩得起勁，忽見(jiàn)衙皂鳴鑼喝道，一乘八抬大橋過(guò)來(lái)了。這時(shí)，其他孩子們和街上百姓都紛紛躲避，王邦瑞卻坐在他們玩筑的“城堡”里穩(wěn)穩(wěn)不動(dòng)。一衙皂怒沖沖地喝道：“誰(shuí)家這無(wú)管教的狂生，大老爺?shù)酱诉�不讓路�！蓖醢钊鹨宦�(tīng)，站起來(lái)沖著他說(shuō)：“世上只有官躲城，哪里會(huì)有城躲官。”衙皂只得將此話如實(shí)回稟大老爺，大老爺覺(jué)得這孩子年紀(jì)雖小，倒也頗有膽識(shí)，便繞“城堡”而過(guò)。

王邦瑞十二三歲時(shí)，因家境貧困，一直沒(méi)有入塾讀書(shū)。他每天打柴回家，總到私塾門(mén)口，靜聽(tīng)學(xué)生們讀書(shū)，常常很晚才回家。有一次，王邦瑞正倚在私塾門(mén)旁的石獅上，全神貫注地聽(tīng)讀，塾師責(zé)問(wèn)道：“哪家的野孩子，在這里干什么？”邦瑞微微一笑道：“聽(tīng)讀”。塾師道：“你這野孩子，還能聽(tīng)出點(diǎn)意思嗎？”王邦瑞順口背誦了兩段經(jīng)文給他聽(tīng)。塾師聽(tīng)后，甚覺(jué)王邦瑞聰明，就問(wèn)道：“你這樣聰明，為何不上學(xué)呢？”邦瑞聽(tīng)了一聲不響地低下頭去，眼里閃出了晶瑩的淚花，塾師憐憫地問(wèn)：“是家庭不便嗎？”邦瑞這才慢吞吞地說(shuō)：“家里窮，爹不讓我來(lái)！”塾師見(jiàn)他衣服襤褸，不再問(wèn)下去了。以后塾師與他父母商量，收他作了校友，邊耕邊讀，深夜不息，日復(fù)一日，終于成名。

王邦瑞居官后，嘉靖皇帝對(duì)他很器重，即派他作寧夏巡撫之職。他見(jiàn)到寧夏雖處在黃河之濱，但大部分土地卻不能澆灌，加之連年旱災(zāi)，百姓生活十分艱苦。于是他身先士卒從黃河岸邊的山巖上挖掘隧道開(kāi)渠引水澆田。由于工程大，沒(méi)經(jīng)驗(yàn)，見(jiàn)效慢，有人竟說(shuō)是勞民傷財(cái)，他被罷了官。當(dāng)他離職時(shí)，就在寧夏官府門(mén)前的大照壁上題了“虎去山還在，山在虎重來(lái)”10個(gè)大字，表明他治理山河的雄心壯志。后來(lái)，他又奏明皇上闡述了他要治理寧夏的決心和理由。皇上聞奏大悅，二次派他出任寧夏。他用了很短的時(shí)間，開(kāi)挖了3條干渠，縱橫灌溉800余里，對(duì)發(fā)展寧夏水利事業(yè)起到了很大作用。寧夏人民為紀(jì)念他的功績(jī)，便在地頭蓋起了“尚書(shū)廟”，每逢過(guò)年過(guò)節(jié)，都要擺上供品紀(jì)念他。