1927年11月，鄒琦參加方志敏召開的弋陽、橫峰等五縣中共黨員會議，任中共五縣工作委員會委員兼平債委員會主任，負責培養(yǎng)農(nóng)民武裝。1928年1月弋橫起義打響后，鄒琦參加會攻橫峰葛源戰(zhàn)斗。當農(nóng)民起義軍被國民黨沖為兩截、一時混亂的情況下，鄒琦挺身而出，揮手帶領(lǐng)農(nóng)軍向敵軍沖去，勇猛拼殺，嚇得敵軍紛紛棄槍逃跑，農(nóng)軍一舉占領(lǐng)葛源。4月，方志敏創(chuàng)建了土地革命第2軍第2師第14團第1營第1連，鄒琦任營長兼連長，率部轉(zhuǎn)戰(zhàn)在磨盤山區(qū)。年底，部隊發(fā)展至2個連。鄒琦任團長。

1929年10月25日，鄒琦任贛東北信江軍政學校校長。為了提高贛東北紅軍的軍政素質(zhì)，鄒琦嘔心瀝血，親自任教。首批畢業(yè)學員140多名，成為贛東北紅軍的骨干。

1930年1月，鄒琦任贛東北紅軍第1團團長。秋，任紅10軍旅政治委員，參與領(lǐng)導(dǎo)贛東北紅軍和蘇區(qū)反“圍剿”斗爭。12月下旬，紅10軍進攻鉛山河口鎮(zhèn)。鄒琦奉命率教導(dǎo)隊奪取河口浮橋。由于橋頭堡敵人用機槍封鎖橋面，部隊幾次沖殺未果。鄒琦決定改強攻為智取，對戰(zhàn)斗部署安排好后，便乘敵射擊間隙，向浮橋匍匐前進，飛快接近敵堡，未讓敵醒悟，迅速通過浮橋，將橋頭堡炸毀，后續(xù)部隊擁而上，攻進河口，消滅新編13師李紳團，為打通贛東北蘇區(qū)和閩北蘇區(qū)的聯(lián)系，創(chuàng)造了條件。

1931年初，率部開赴閩北堅持斗爭。入閩后，鄒琦任閩北分區(qū)革命委員會主席和軍委會主席，肩負領(lǐng)導(dǎo)閩北紅軍獨立團和地方武裝恢復(fù)閩北蘇區(qū)、開展艱苦斗爭的重任。2月，國民黨福建省防軍錢玉光旅進攻崇安縣坑口一帶蘇區(qū)，鄒琦與團長謝傳泉率部在梭羅洋與敵激戰(zhàn)，謝傳泉犧牲。閩北分區(qū)黨政機關(guān)和獨立團撤至閩贛邊界，崇安各鄉(xiāng)鎮(zhèn)幾乎被敵占領(lǐng)，在危急關(guān)頭，鄒琦派黃富武化裝到贛東北求援。紅10軍遂入閩作戰(zhàn)。鄒琦率獨立團配合，打了十幾個勝仗，為恢復(fù)閩北蘇區(qū)奠定了基礎(chǔ)。5月，獨立團進行整頓，黃立貴任團長，鄒琦任政委。6月14日，獨立團首次攻克崇安城。不久，部隊發(fā)展到數(shù)千人。

1932年11月，閩北紅軍獨立團擴編為閩北紅軍獨立師，黃立貴任師長，鄒琦任政委。率部征戰(zhàn)閩贛邊。1933年3月，鄒琦、黃立貴奉命配合中央紅軍攻打光澤縣城，率部在東關(guān)實施阻擊，一舉殲敵1個團。接著，乘勝攻打坑口，殲敵2個團。鄒琦在作戰(zhàn)中負重傷。4月，當選為閩贛省省委委員。

1934年10月，中央紅軍主力長征后，鄒琦調(diào)任閩浙贛軍區(qū)參謀長，留在原地堅持斗爭。11月，方志敏領(lǐng)導(dǎo)的紅10軍和執(zhí)行抗日先遣隊任務(wù)的紅7軍團在閩浙贛地區(qū)組成紅10軍團，由方志敏率領(lǐng)繼續(xù)北上后，閩浙贛地區(qū)形勢更加嚴重。鄒琦率部尋機打擊敵人。在轉(zhuǎn)戰(zhàn)皖南的兩個月中，由于敵反復(fù)的“清剿”，已到了彈盡糧絕的地步。但鄒琦始終樂觀堅定，曾寫一首打油詩：

“蘭天作屋頂，

大地當床鋪，

高山是墻壁，

哪怕敵圍攻”，

鼓舞部隊堅持斗爭。

1935年7月，鄒琦與軍區(qū)司令員唐在剛等率部轉(zhuǎn)戰(zhàn)在贛東北，腳部再一次負傷，柱杖行軍。20日，由于叛徒出賣，在弋橫交界的蘇源山遭敵重兵圍攻，鄒琦與唐在剛率部死戰(zhàn)，眾寡懸殊，彈盡糧絕，部隊被打散，唐在剛犧牲，鄒琦不幸被俘。

鄒琦被關(guān)押在上饒監(jiān)獄時，對來勸降的駐軍敵師長、黃埔軍校同期畢業(yè)的同學說：“我們雖然都是黃埔軍校出來的，但走的不是一條路，我是共產(chǎn)黨，你是國民黨，我們永遠走不到一塊的！”表現(xiàn)出堅定的革命信仰和為革命視死如歸的精神。10月14日，國民黨又以在《東南日報》要聞上刊登“共黨匪首鄒琦已投誠……”的卑鄙伎倆迫降，遭到鄒琦的痛斥。

1936年4月的一天，國民黨把鄒琦押往南昌軍法處監(jiān)獄。臨刑前，他高呼“中國共產(chǎn)黨萬歲”，敵人怕他再喊，塞住他的口，將其秘密殺害，時年31歲。