1906年從日本回國，積極參與昆明人楊振鴻等組織的“興漢會”，成為中堅力量。1920年重視云南省的文化教育，支持唐繼堯創(chuàng)辦東陸大學(今云南大學)參與籌備東陸大學工作。1922年被任命為東陸大學名譽校長，并連續(xù)擔任三屆校董事會董事。1923年孫傳芳、段祺瑞、張作霖的代表與各省的代表在上海會談，聯(lián)名通電曹錕賄選，仍然作為云南省的代表出席。

1925年3月任命其(時任云南財政總長兼仕學館副館長)為執(zhí)政政府教育總長。時正值以北京女師大為首的學 ?潮風起，上任即引起北京各學校師生的強烈反對。在魯迅《兩地書》中有記載：4月10日因北女師大校長事，許廣平寫信給魯迅說：“此君(指王九齡)手里能夠得個好校長么？”4月22日魯迅回信說：“由我看來，王九齡要好得多罷。校長之事，部中毫無所聞，此人之來，以整頓教育自命，或當別有一反從前一切之新法(他是大不滿于今之學風的)。”4月底托辭離職回云南，由章士釗暫兼教育總長。1927年任云南省省務委員。

先后歷任云南省總檢察廳總裁委員，云南省鹽運使，云南省高等法院委員，蒙自海關(guān)監(jiān)督，云南省議會聯(lián)署議員，云南省云龍縣顧問，云南省佛教會理事長、佛教院董，云南省參議會第一屆三次會議議員等職務。

晚年息政退隱，潛心佛學研究，與虛云法師過從甚密。1945年將所珍藏的全部佛經(jīng)捐贈給華亭寺。雖離開家鄉(xiāng)較早，但無時不在關(guān)心家鄉(xiāng)的發(fā)展。1946年經(jīng)多方努力，功果吊橋得以建成。1949年任云南人民和平促進會理事，為云南的和平解放作出了貢獻。

中華人民共和國成立后，他于1950年將一生所收藏的文物古籍捐贈給人民政府，以宗教界人士參加政協(xié)云南省第一屆委員會議。

1951年9月17日，因腦溢血在昆明逝世，終年71歲。