1906年從日本回國(guó)，積極參與昆明人楊振鴻等組織的“興漢會(huì)”，成為中堅(jiān)力量。1920年重視云南省的文化教育，支持唐繼堯創(chuàng)辦東陸大學(xué)(今云南大學(xué))參與籌備東陸大學(xué)工作。1922年被任命為東陸大學(xué)名譽(yù)校長(zhǎng)，并連續(xù)擔(dān)任三屆校董事會(huì)董事。1923年孫傳芳、段祺瑞、張作霖的代表與各省的代表在上海會(huì)談，聯(lián)名通電曹錕賄選，仍然作為云南省的代表出席。

1925年3月任命其(時(shí)任云南財(cái)政總長(zhǎng)兼仕學(xué)館副館長(zhǎng))為執(zhí)政政府教育總長(zhǎng)。時(shí)正值以北京女師大為首的學(xué) ?潮風(fēng)起，上任即引起北京各學(xué)校師生的強(qiáng)烈反對(duì)。在魯迅《兩地書(shū)》中有記載：4月10日因北女師大校長(zhǎng)事，許廣平寫(xiě)信給魯迅說(shuō)：“此君(指王九齡)手里能夠得個(gè)好校長(zhǎng)么？”4月22日魯迅回信說(shuō)：“由我看來(lái)，王九齡要好得多罷。校長(zhǎng)之事，部中毫無(wú)所聞，此人之來(lái)，以整頓教育自命，或當(dāng)別有一反從前一切之新法(他是大不滿于今之學(xué)風(fēng)的)�！�4月底托辭離職回云南，由章士釗暫兼教育總長(zhǎng)。1927年任云南省省務(wù)委員。

先后歷任云南省總檢察廳總裁委員，云南省鹽運(yùn)使，云南省高等法院委員，蒙自海關(guān)監(jiān)督，云南省議會(huì)聯(lián)署議員，云南省云龍縣顧問(wèn)，云南省佛教會(huì)理事長(zhǎng)、佛教院董，云南省參議會(huì)第一屆三次會(huì)議議員等職務(wù)。

晚年息政退隱，潛心佛學(xué)研究，與虛云法師過(guò)從甚密。1945年將所珍藏的全部佛經(jīng)捐贈(zèng)給華亭寺。雖離開(kāi)家鄉(xiāng)較早，但無(wú)時(shí)不在關(guān)心家鄉(xiāng)的發(fā)展。1946年經(jīng)多方努力，功果吊橋得以建成。1949年任云南人民和平促進(jìn)會(huì)理事，為云南的和平解放作出了貢獻(xiàn)。

中華人民共和國(guó)成立后，他于1950年將一生所收藏的文物古籍捐贈(zèng)給人民政府，以宗教界人士參加政協(xié)云南省第一屆委員會(huì)議。

1951年9月17日，因腦溢血在昆明逝世，終年71歲。