1646年（明隆武二年、紹武元年，清順治三年），南明軍據(jù)錢塘江抗擊清兵，御史兼余姚知縣王正中薦他為職方主事，參加江防。江防失守，與黃宗羲等率部入四明山，結(jié)寨于大蘭，至海濱招兵，圖堅(jiān)持抗清。次年十二月，清兵逼大蘭，引軍退避。1648年（明永歷二年，清順治五年）正月回師大蘭山，三月破上虞城。時(shí)浙東抗清義軍山寨達(dá)百余部，兵源復(fù)雜，時(shí)有擾民，唯李長(zhǎng)祥、張煌言及王翊三部不擾民，而翊部最眾。清軍首襲翊部，山寨破。后會(huì)合馮京第合守杜岙，未幾清軍再攻，突圍400余人，遂向天臺(tái)會(huì)合俞國(guó)望，途中招集萬人。尋率部回師杜岙，破清軍團(tuán)練，次年春再占上虞。六月至健跳（今三門縣東南）朝魯王，授河南道御史、副都御史。1650年（明永歷四年，清順治七年）三月，授兵部右侍郎。八月攻克新昌。未幾清軍由奉化、余姚道入，會(huì)攻大蘭山，軍帳彌漫30里。不敵，退至舟山。次年（1651年，明永歷五年，清順治八年）至天臺(tái)招兵，七月二十四日于北溪被俘，八月十四日被害。首級(jí)懸寧波城門，陸宇煸等以計(jì)得之秘藏12年，后與馮京第、董志寧同葬于寧波城北馬公橋畔，稱“三忠墓”。

公元1646年（明隆武二年、紹武元年，清順治三年），清兵大舉南下，明軍據(jù)錢塘江抗擊清兵。御史兼余姚知縣王正中推薦他擔(dān)任職方主事，參加江防。江防失守，敗居大蘭山，自號(hào)“大蘭洞主”。其時(shí)，寧波抗清志士董志寧、華夏計(jì)劃會(huì)合山寨諸軍，請(qǐng)王翊與李長(zhǎng)祥合兵據(jù)守浙東。因事機(jī)不密，有人向清軍告發(fā)。1647年（明永歷元年，清順治四年）12月清軍集結(jié)大隊(duì)兵馬直搗大蘭山，王翊寡不敵眾，為保存實(shí)力，引軍退避。次年（1648年，明永歷二年，清順治五年）正月，王翊會(huì)合各路抗清義軍回師突擊，三月襲破上虞縣城。當(dāng)時(shí)，李長(zhǎng)祥駐軍上虞東山，張煌言駐軍上虞平岡，章欽成駐軍會(huì)稽，俞國(guó)望、金湯駐軍臺(tái)州。整個(gè)浙東地區(qū)抗清義軍計(jì)有百余部，軍威大振。然而，由于兵源復(fù)雜，往往出現(xiàn)搶掠事件。只有李長(zhǎng)樣和張煌言、王翊的部隊(duì)嚴(yán)守軍紀(jì)，從不擾民。而李長(zhǎng)祥、張煌言所率部隊(duì)較弱小，唯王翊所率部隊(duì)力量最為雄厚。

清軍因一連打了幾次敗仗，便集結(jié)大隊(duì)兵力，并以主力襲擊王翊所率領(lǐng)的義軍。王翊部隊(duì)抵擋不住，以至兵敗，損失士兵四百余人。王翊雖然損兵折將，但抗清意志堅(jiān)不可摧，待清軍主力一撤退，他便立即招募義軍，部隊(duì)又迅速發(fā)展起來。他聯(lián)絡(luò)抗清義士馮京弟，合軍據(jù)守杜澳，打擊清兵。清軍害怕王翊軍形成氣候，便再次集中主力進(jìn)攻王翊所率義軍。王翊抵擋不住清軍兵多將廣，便邊戰(zhàn)邊退，當(dāng)他突出重圍時(shí)，身邊只剩四百多人了。

王翊雖然屢遭挫折，但抗清意志不減。他見當(dāng)?shù)匾央y立足，便率領(lǐng)所部往天臺(tái)與俞國(guó)望會(huì)合，沿途又招集流亡者，共達(dá)一萬余人。1649年（明永歷三年，清順治六年）春，他與俞國(guó)望等部出師夾擊，再破上虞，使之震動(dòng)浙東，軍威大振。此時(shí)，兵力增加，王翊把所率軍隊(duì)分為五營(yíng)，由他統(tǒng)率，并在山區(qū)屯墾，準(zhǔn)備長(zhǎng)期堅(jiān)持抗清斗爭(zhēng)。

1649年（明永歷三年，清順治六年）春，明魯王至健跳，王翊前往朝見，被封為河南道御史、副都御史。

清朝廷見王翊頑強(qiáng)抗清，便改用招降之策，派出使者以高官厚祿作誘餌招降王翊�？墒�，當(dāng)清廷使者一進(jìn)入上虞城，王翊便立即下令：“縛起來斬首示眾！”以示與清廷絕無妥協(xié)可言，并以此激勵(lì)將士抗清到底。

1650年（明永歷四年，清順治七年）3月，王翊再次朝見魯王，升為兵部右侍郎。是年8月，王翊又率領(lǐng)部隊(duì)破新昌縣城，并占領(lǐng)虎山。清軍把王翊視為心腹之患，于是派遣清將金礪、提督田雄，以團(tuán)練為前峰會(huì)攻大蘭山。王翊屢次帶兵抵?jǐn)�，終不能勝，于是帶領(lǐng)親兵退到滃洲。1651年（明永歷五年，清順治八年）秋，清兵分三路夾擊滃洲，殺聲連天。當(dāng)清兵攻下滃州時(shí)，王翊所率領(lǐng)的將士已死散殆盡。他沖出重圍后，為重組抗清義軍，便悄然往奉化招兵，不幸于7月24日在途中被清兵俘獲。

王翊被捕以后，清兵以為去了心腹之患，便會(huì)師定海。王翊在獄中，每天從容自若，把服飾穿戴得整整齊齊，梳理鬢發(fā)，洗滌面容。清兵知道他是快要死的人了，問他為什么還要這樣注意修飾。王翊說：“我這樣做，是想讓你們這些人見識(shí)見識(shí)漢官的威儀！”當(dāng)清兵結(jié)集完畢，便審問王翊。王翊坐在地上，從容地訓(xùn)斥首：“不必多言！成敗利鈍，是天意造成的。你等知道些什么！”清軍主帥見王翊志不可奪，不禁惱羞成怒。清軍劉帥拉開強(qiáng)弓向王翊射去，箭中肩；接著，清軍田帥又向王翊射去一箭，中頰，王翊依然挺著胸，如同一根直木，不稍晃動(dòng)。清兵無法，便殘忍地把王翊的氣管割斷。王翊從容就義，年僅三十六歲。死后被梟首寧波城頭示眾。住在寧波月湖邊有一位參加過復(fù)明抗清活動(dòng)的志士叫陸宇火鼎，他冒著生命危險(xiǎn)，把王翊的頭偷回，藏在自己住宅里達(dá)十二年之久。每逢寒食節(jié)和重陽節(jié)，他都要邀集一些志士，慟哭拜祭。

王翊壯烈就義后，浙東史學(xué)家鼻祖黃宗羲為他寫了傳。寧波著名文學(xué)家全祖望為他的墓碑撰文。與王翊相繼起義的鄞縣人董志寧、慈溪人馮京第，自弘光元年（隆武元年，順治二年，公元1645年）抗清人浙起，與錢肅樂、華夏、王家勤等分頭組織武裝力量，從事抗清復(fù)明活動(dòng)。到了永歷五年（順治八年，公元1651年），困守在舟山的董志寧，終因力量耗盡。誓不投降，自刎就義。馮京第也同時(shí)殉難。以后，鄉(xiāng)人找回董志寧的尸體和王翊的頭、馮京第的臂，合葬于寧波江北北郊鄉(xiāng)馬公橋邊，三人為國(guó)盡忠，至死不變，世稱“三忠墓”。清人袁陶軒曾在“那北雜詩”中寫道：

馬公橋畔冢累累，江上三忠識(shí)者誰？

馮臂王頭同葬處，新題獨(dú)有董君碑。

王翊后代情況：“道一女，年十三，字黃忠義子，以例沒入勛貴家。參領(lǐng)某憐其為忠臣女，撫之如所生，有劉弁者求之，女不可，參領(lǐng)難之，女突出所佩劍自刎死。參領(lǐng)大驚，以劍殉葬焉。”（海東逸史列傳6王翊傳）