他花一生心血，力學(xué)六經(jīng)、諸子及史集等書(shū)，對(duì)理學(xué)家程顥、程頤、朱熹等人的著作，研讀尤精。他在泉州開(kāi)元寺結(jié)社研究《易》學(xué)，李廷機(jī)、張?jiān)馈⒘窒Ｔ�、陳琛等都是其中的成員。該社有28人，號(hào)稱(chēng)“清源治《易》二十八宿”。他們出版 論著達(dá)90多部，所以當(dāng)時(shí)人稱(chēng)“今天下言《易》都皆推晉江；成、宏間，士大夫談 理學(xué)，唯清尤為精詣�！辈糖逶谌�州成為研究理學(xué)的中心人物，且形成清源學(xué)派， 其影響遍及全國(guó)，是明代理學(xué)的下個(gè)代表人物。 蔡清的理學(xué)，主要是繼承朱熹的學(xué)說(shuō)。他在泉州清平鋪樓上潛心著述，寫(xiě)成《 四書(shū)蒙引》，捍衛(wèi)朱熹的學(xué)說(shuō)。在他的力倡下，朱熹的《四書(shū)集注》成為明、清時(shí) 期以經(jīng)術(shù)取士的科舉考試的標(biāo)準(zhǔn)答案。他對(duì)朱熹的理學(xué)思想也有創(chuàng)造性的發(fā)展。例 如朱熹主張“理（精神）先”、“氣（物質(zhì)）后”，即認(rèn)為精神先于物質(zhì)而存在。 蔡清則認(rèn)為盡六合皆氣也，理則是此氣之理耳。即先有氣而后有理，體現(xiàn)了唯物主 義的思想。 蔡清重視培養(yǎng)人才。他“官轍所至，隨杖履者數(shù)百人”。甚至歸家養(yǎng)病期間， 也在泉州開(kāi)元寺講學(xué)。因此“有志之士，不遠(yuǎn)數(shù)千里從之”。在他的教育下，“出 其門(mén)者，皆能以理學(xué)名于時(shí)。”。他對(duì)貧困學(xué)生不收學(xué)費(fèi)，還供給膳宿，寒來(lái)暑往 ，還為他們添置衣裳。他教育學(xué)生“學(xué)宜養(yǎng)正性，持正行。虛心、涵泳、切己、體 察”。意即讀書(shū)的人要把自己培養(yǎng)成品質(zhì)好，行為端正的人。還要虛心求教，深入 鉆研，領(lǐng)會(huì)實(shí)質(zhì)，聯(lián)系自己，積極實(shí)踐，方能有所成說(shuō)。 他為官清廉，反對(duì)謀私利。

他常說(shuō)：“一身之利無(wú)謀也，而利天下者則謀之�！� 他敢于揭露明代封建治者把“取于民”的錢(qián)財(cái)，都落入“庸將之家”、“權(quán)幸之門(mén) ，”以致造成“兵弱”不振作祟賈誼和諸葛孔明的正直。熱切希望最高統(tǒng)治者“當(dāng) 大有以振作之”，使人民安居樂(lè)業(yè)。 蔡清為人正直，不畏權(quán)貴，不趨炎附勢(shì)。在江西任職時(shí)，有一次寧王朱宸濠生 日，屬下均穿朝服稱(chēng)賀，唯他一人穿便服，且說(shuō)是為了與朝拜皇上有所區(qū)別。當(dāng)時(shí) 每月初一、十五日，寧王屬下要先朝寧王，次日才進(jìn)文廟孔子。蔡清卻先拜孔子， 而后謁寧王。一日寧王當(dāng)嘲弄蔡清不會(huì)作詩(shī)。他當(dāng)面對(duì)曰：“某平生于人無(wú)私�！� 原來(lái)“私”與“詩(shī)”諧音，寧王反而受辱。終因得罪寧王而備受迫害，最終不得不 辭歸故里。 他一生著述多為闡發(fā)六經(jīng)本旨。主要有《四書(shū)蒙引》、《易蒙引》和《虛齋文集》等。

清代北京“泉州會(huì)館”有副對(duì)聯(lián)：“清紫葵羅鐘間氣，蒙存淺達(dá)有遺書(shū)”。上聯(lián)夸耀泉州山川鐘靈，有清源山、紫帽山、葵山、羅裳山四大名山;下聯(lián)稱(chēng)贊泉州名人薈萃，重要著述有蔡清的《易經(jīng)蒙引》、林希元的《易經(jīng)存疑》、陳琛的《四書(shū)淺說(shuō)》、蘇 的《四書(shū)達(dá)說(shuō)》，這四部著作，有的欽命刊行，有的收入《四庫(kù)全書(shū)》，成為泉州人的驕傲。

蔡清，字介夫，別號(hào)虛齋，福建泉州人。他著《易經(jīng)蒙引》的地方，后人稱(chēng)為“蒙引樓”。樓在泉州西街裴巷口西側(cè)，原屬水陸寺，寺廟后來(lái)荒廢，這座樓卻保留至今。

蔡清在明成化十三年(公元1477年)參加鄉(xiāng)試名列第一，成化二十年中進(jìn)士后，他不想做官，因病告假，請(qǐng)求回歸鄉(xiāng)里。后來(lái)遵母命出來(lái)做官，歷任禮部祠祭主事、吏部稽勛主事、祠祭司員外郎、南京文選郎中、江西提學(xué)副使等官職。父母相繼去世后，他便歸鄉(xiāng)守制，在家教授學(xué)生。蔡清在泉郡成為理學(xué)的中心人物，形成清源學(xué)派，其影響遍及全國(guó)。在他做官時(shí)，就有很多人前來(lái)求學(xué);如今在家，四方學(xué)子爭(zhēng)著拜蔡清為師，有的不遠(yuǎn)千里而來(lái)。蔡清一一以禮接待。他講授儒家經(jīng)典著作時(shí)，注重提綱挈領(lǐng)，闡明要旨，使學(xué)子易于領(lǐng)會(huì)，透徹理解。他認(rèn)為五經(jīng)之首是《易》，所以他對(duì)《易》有很深的研究，有許多獨(dú)到的見(jiàn)解，他把自己的見(jiàn)解著成書(shū)，就是《易經(jīng)蒙引》。他自己說(shuō)：“寫(xiě)作《蒙引》就是要讓剛剛學(xué)習(xí)《易經(jīng)》的年輕人把書(shū)上的道理真正地領(lǐng)會(huì)了，并慢慢地融會(huì)貫通，在自己的思想行為中體現(xiàn)出來(lái)�！彼�在教授中非常注重培養(yǎng)學(xué)生的人品和應(yīng)用能力。

蔡清認(rèn)為，讀《易》，一是正心術(shù)，二是在運(yùn)用。一次在講授時(shí)，他以《岳忠武朱仙鎮(zhèn)班師論》為題，分析岳飛不知權(quán)變。他對(duì)學(xué)生說(shuō)：“真正的忠臣應(yīng)該是聽(tīng)從正確的命令，而不應(yīng)該聽(tīng)從錯(cuò)誤的命令。當(dāng)時(shí)，高宗以肺腑之言囑托岳飛：u2018中興的事，全部委托卿了。u2019如今卻一日十二道金牌催促班師，這不是秦檜所為是誰(shuí)?將在外君命有所不受，高宗被秦檜所蒙蔽，岳飛就應(yīng)該懂權(quán)變而不從命。順從君命與為君主報(bào)萬(wàn)世不共戴天之仇，哪一個(gè)更忠呢?《易》曰：u2018大過(guò)之時(shí)大矣哉。大過(guò)君子以獨(dú)立不懼。u2019意思是說(shuō)，非常之時(shí)一定會(huì)有非常之人，敢于做平常人不敢做的事。只有不循規(guī)蹈矩才能成就大事業(yè)。所以，把天下讓位給別人，前世從來(lái)沒(méi)人做過(guò)，可是堯卻敢于去做;君主昏庸無(wú)道就討伐他，前世也沒(méi)人敢做，商湯就敢于做;國(guó)君觸犯了國(guó)家法律就流放他，他知道認(rèn)罪了再恢復(fù)他的職位，前世更沒(méi)人敢做，而伊尹卻敢于這樣做。他們得到了世人的稱(chēng)頌，卻從來(lái)沒(méi)有人說(shuō)他們是名教的罪人。岳飛當(dāng)時(shí)如果能夠不聽(tīng)君命，全力抗敵，等到功成之后，再率領(lǐng)將士向朝廷請(qǐng)罪，那時(shí)要烹要?dú)�，粉身碎骨，萬(wàn)死不辭，也不失一個(gè)忠臣的本分。這叫做u2018權(quán)u2019，u2018權(quán)u2019出于不得已。如果不得已卻還不懂得權(quán)變，即使是圣人也不能成就大事。”

這一通議論，振聾發(fā)聵，使學(xué)生們深受觸動(dòng)。有的奮然而起，有的汗流浹背。蔡清接著又懇切地對(duì)他們說(shuō)：“學(xué)《易》，我是靠悟出來(lái)的。一個(gè)人文章雖然寫(xiě)的好，可是心術(shù)不正，品行與學(xué)業(yè)就都隨著壞了。一個(gè)人立身處世，可貴者還在立志。你們都不知道我的一段經(jīng)歷。我在成化丁酉年中解元，甲辰年中進(jìn)士，洞房花燭，接著又金榜題名，當(dāng)時(shí)真感到躊躇滿志。恰好有點(diǎn)病，我便告假回家，陪伴嬌妻，侍養(yǎng)慈母，往來(lái)官府，接待名流，自以為人生能夠如此，也就知足了。—日閑居無(wú)事，為慈母作畫(huà)。母親站在我身旁，郁郁不樂(lè)地對(duì)我說(shuō)：u2018我聽(tīng)說(shuō)母以子貴，你卻熱心于兒女瑣事，我能依靠你嗎?u2019說(shuō)罷—聲長(zhǎng)嘆。我聽(tīng)了這話，慚愧得無(wú)地自容，慟哭失聲，知道自己立志不堅(jiān)，目標(biāo)不遠(yuǎn)，有負(fù)慈母的厚望。第二天，我就啟程進(jìn)京赴任了。直到這個(gè)時(shí)候，我才真正懂得立志是什么，也才真正懂得治學(xué)為什么。幾十年過(guò)去了，在治學(xué)上我得出的結(jié)論是：學(xué)宜養(yǎng)正性，持正行;要訣在于：虛心、涵泳、切己、體察八個(gè)字而已。青出于藍(lán)而勝于藍(lán)，我殷切地寄希望于你們啊!”

當(dāng)時(shí)蔡清的學(xué)生中有陳琛、易時(shí)中、王宣、林同、蔡烈、李墀、張?jiān)�璽、趙錄等。由于蔡清的精心教導(dǎo)，言傳身教，這群學(xué)生，后來(lái)人人居官清正，個(gè)個(gè)有著作傳世。甚至影響他們所教的學(xué)生，也都卓有成就。易時(shí)中的學(xué)生王慎中為明代古文運(yùn)動(dòng)的領(lǐng)袖，王宣的學(xué)生俞大猷是明代捍衛(wèi)邊疆的名將。