哈珀于1856年7月24日出生在美國俄亥俄州新康科德，他的父母擁有愛爾蘭-蘇格蘭的血統(tǒng)。哈珀從小被譽為“神童”， 年僅14歲就從大學畢業(yè)(Muskingum College)，獲得語言學和音樂雙學位。16歲考入 耶魯大學研究生院，并于四年后順利畢業(yè)獲得語言學博士。畢業(yè)后哈珀在各大學擔任語言學（希伯來語等）教職，包括母校耶魯大學，直到1891年起開始籌辦芝加哥大學。

1891年， 約翰·洛克菲勒選中年僅35歲的哈珀幫助建立芝加哥大學，而哈珀也隨后被推舉為芝加哥大學的第一任校長。利用卓越的口才和大刀闊斧的改革（比如提高教授工資等），哈珀為芝加哥大學在短時間內(nèi)吸引了大量頂尖學術人才，使得芝加哥大學這所比哈佛大學晚建校約250年的大學在短短數(shù)十年間一躍成為世界最頂級的大學之一。

哈珀在芝加哥大學建立了美國大學里第一個社會學系和古埃及學系，并創(chuàng)立了后來鼎鼎大名的 芝加哥大學出版社（The University of Chicago Press）。哈珀強烈支持終身學習(life-long learning), 推行一學年“三學期”制度，而他的一些教育理念也成為后來 美國社區(qū)大學體系的基礎。

哈珀鼓勵雇用女性教職員工，這也為后來為爭取教師平等權(quán)利的“芝加哥教師聯(lián)盟 （Chicago Teachers Union）”的成立奠基。

哈珀一身中編寫了眾多教科書。他的專著包括:

哈珀在耶魯大學求學期間遇見了他未來的妻子Ella Paul Harper， 二人于1875年結(jié)婚。哈珀和妻子育有四個子女。