哈珀于1856年7月24日出生在美國俄亥俄州新康科德，他的父母擁有愛爾蘭-蘇格蘭的血統(tǒng)。哈珀從小被譽為“神童”， 年僅14歲就從大學(xué)畢業(yè)(Muskingum College)，獲得語言學(xué)和音樂雙學(xué)位。16歲考入 耶魯大學(xué)研究生院，并于四年后順利畢業(yè)獲得語言學(xué)博士。畢業(yè)后哈珀在各大學(xué)擔任語言學(xué)（希伯來語等）教職，包括母校耶魯大學(xué)，直到1891年起開始籌辦芝加哥大學(xué)。

1891年， 約翰·洛克菲勒選中年僅35歲的哈珀幫助建立芝加哥大學(xué)，而哈珀也隨后被推舉為芝加哥大學(xué)的第一任校長。利用卓越的口才和大刀闊斧的改革（比如提高教授工資等），哈珀為芝加哥大學(xué)在短時間內(nèi)吸引了大量頂尖學(xué)術(shù)人才，使得芝加哥大學(xué)這所比哈佛大學(xué)晚建校約250年的大學(xué)在短短數(shù)十年間一躍成為世界最頂級的大學(xué)之一。

哈珀在芝加哥大學(xué)建立了美國大學(xué)里第一個社會學(xué)系和古埃及學(xué)系，并創(chuàng)立了后來鼎鼎大名的 芝加哥大學(xué)出版社（The University of Chicago Press）。哈珀強烈支持終身學(xué)習(xí)(life-long learning), 推行一學(xué)年“三學(xué)期”制度，而他的一些教育理念也成為后來 美國社區(qū)大學(xué)體系的基礎(chǔ)。

哈珀鼓勵雇用女性教職員工，這也為后來為爭取教師平等權(quán)利的“芝加哥教師聯(lián)盟 （Chicago Teachers Union）”的成立奠基。

哈珀一身中編寫了眾多教科書。他的專著包括:

哈珀在耶魯大學(xué)求學(xué)期間遇見了他未來的妻子Ella Paul Harper， 二人于1875年結(jié)婚。哈珀和妻子育有四個子女。